一、致病疫霉线粒体DNA单倍型的分子鉴别（论文文献综述）
田荟遥[1]（2019）在《北方5省区致病疫霉生理小种监测及遗传多样性分析》文中研究指明伴随着我国马铃薯主粮化的全面推进,将给作为马铃薯主产区的北方地区带来更多的机遇与挑战。但由致病疫霉（Phytophthora infestans（Mont.）de Bary）引起的马铃薯晚疫病是该区域马铃薯生产中的重点防控对象。而该致病菌的群体表型、遗传结构多样性与病害的发生和流行程度密切相关。因此本试验旨在通过以上两方面的研究为当地马铃薯晚疫病的防控和科学育种提供一定参考。本试验的主要研究内容为:（1）采集、分离并纯化2017年北方五省区（河北、吉林、辽宁、黑龙江和内蒙古）的马铃薯致病疫霉,明确其生理小种组成和毒力情况,尤其是超级生理小种的分布与动态变化;（2）通过改变鉴别寄主培养基部分成分的含量及选择不同转接时期对组培苗的培养条件进行初步优化,使含有R1至R11单基因抗性的一整套马铃薯组培苗鉴别寄主能整齐一致的生长,及时准确地用于致病疫霉生理小种的鉴定;（3）利用SSR分子标记技术对2016年及2017年采自5省区197株致病疫霉的基因型进行鉴定和命名,并对其进行遗传多样性分析,明确北方5省区马致病疫霉在DNA分子水平上的遗传差异;（4）采用PCR-RFLP方法分析2016年和2017年5省区197株致病疫霉菌株的线粒体DNA（mt DNA）单倍型类型,并比较其不同温度下不同线粒体单倍型菌株的菌丝生长量、产孢量以及对马铃薯离体叶片的致病力,明确北方5省区马铃薯致病疫霉线粒体DNA单倍型组成和分布以及不同线粒体单倍型与其生物学特性之间的关系。本试验获得的研究成果如下:1、2017年北方5省区采集病叶数137株,分离纯化出的菌株数82株,鉴定小种的菌株总数82株。监测到致病疫霉生理小种的类型数为35种,其中优势生理小种为超级生理小种R1.2.3.4.5.6.7.8.9.10.11,出现的频率为35.37%,且优势生理小种在5省区均有分布。2、明确了2017年北方5省区采集的菌株中存在已知11个主效抗性基因对应的毒力基因,即Vir1-Vir11。抗性基因R7、R9、R10、和R11能被80%-88%的分离测试菌株所克服;而R1则被90%以上的分离株所克服。3、改良后的鉴别寄主培养基为:当MS培养基中琼脂的量从7 g/L增至10 g/L时,可显着促进组培苗扎根及生长,同时降低了杂菌对11个鉴别寄主组培苗的污染,染菌率由30.56%下降至13.89%;将培养基中蔗糖的量从30 g/L降为26 g/L时适宜于其中7个寄主组培苗的生长,而生长较慢的R1和R11最适的蔗糖含量分别为28 g/L和27g/L,生长较快的R3和R5最适的蔗糖含量分别为24 g/L和23 g/L。4、对2016年和2017年共197株致病疫霉进行SSR基因型测定,在SSR位点Pi4B和Pi4G上共检测到10个等位基因。鉴定出的14个SSR基因分别为A-03、A-10、B-01、D-03、E-01、F-01、F-02、F-06、G-02、G-03、G-07、K-01、L-01、N-01,其中A-10和N-01为这些地区之前未见报道的新基因型;F-06为主导基因型,占24.3%。5、SSR扩增结果的聚类分析表明:5省区的菌株的聚类与地理来源并无相关性。通过Popgene1.32软件对5省区的群体遗传多样性进行分析,显示它们之间的遗传差异较小,但2017年与2016年相比,致病疫霉群体的遗传多样性在增加。6、物种表型由基因型所控制,因此对致病疫霉SSR基因型与生理小种之间的关系进行研究,但两者之间并无一一对应关系。7、对2016-2017年两年间北方5省区内的不同地区致病疫霉线粒体单倍型的组成进行测定,共检测出三种类型,即Ⅱa、Ⅱb和Ⅰa。且两年间明显优势的mt DNA单倍型都为Ⅱa,平均出现频率为64.2%。两年间均未检测到Ⅰb型线粒体单倍型菌株。8、比较了不同线粒体单倍型菌株的菌丝生长量、产孢量以及对马铃薯离体叶片的致病力,4种线粒体单倍型菌株均在20℃时生长最快,其中Ⅱa型菌株的生长速度最快（6.43mm/d）、平均产孢量也最多（33.5×104个/m L）,I b型菌株生长速度最慢（3.41mm/d）,产孢量也最少（6.4×104个/m L）;不同线粒体单倍型菌株均可以使马铃薯离体叶片产生病斑,但致病能力有一定差异,从强到弱顺序依次为Ⅱa、Ⅱb、Ⅰa、Ⅰb。
杨露[2]（2019）在《贵州马铃薯晚疫病菌群体遗传多样性的研究》文中研究表明马铃薯晚疫病是马铃薯生产上最严重的毁灭性病害,严重影响马铃薯产量和品质,该病由马铃薯晚疫病菌（Phytophthora infestans（Mont.）de Bary）引起。了解马铃薯晚疫病菌群体表现型的组成、遗传结构组成以及群体遗传多样性水平情况,可为马铃着晚疫病的有效防治提供重要科学依据。近年来国内外对马铃薯晚疫病菌的起源、迁移、发生、预测及防治等均有较深入的研究,但目前贵州在马铃薯晚疫病菌的生理小种、交配型、线粒体DNA单倍型、SSR分子标记等方面没有较为系统的研究。本试验从贵州32个县、市收集到74株菌株;在赫章品种抗病性鉴定圃收集到54株菌株;从生理小种、线粒体DNA单倍型、交配型、SSR基因型四个方面来研究其群体结构特征,分析群体遗传多样性。1、利用鉴别寄主法对贵州74株马铃薯晚疫病菌进行生理小种测定,实验结果表明:贵州马铃薯晚疫病菌生理小种存在多样性,被测菌株中共鉴定出18种生理小种,2.4.6.8.9为贵州的优势生理小种。贵州复合型生理小种占主导地位,其中2.4.6.8.9共检测出13株菌株,占的比例最大,为17.57%,出现的地域最广,在都匀、麻江和威宁等9个县均有分布;单基因生理小种出现比例非常小,只出现一种单基因类型生理小种,其组成为2,共检测出3株,频率为4.05%,分布在水城和盘县;频率最小的生理小种是2.3.4.6.10、2.3.4.6.9、2.4.5.6,它们的频率均为1.35%。2、选用两对引物S1、PHYB对贵州74株马铃薯晚疫病菌菌株进行分析,结果表明:贵州马铃薯晚疫病菌群体交配型存在多样性,被测菌株中共检测出3种交配型,即A1交配型、A2交配型、A1A2交配型,其中A1交配型、A2交配型各36株,占比均为48.65%,A1A2交配型只检测到2株,占比为2.70%。3、选用两对引物（F2、R2,F4、R4）对贵州74株马铃薯晚疫病菌菌株的线粒体DNA进行鉴定,试验初步结果表明:贵州马铃薯晚疫病菌群体线粒体DNA单倍型只存在Ⅰa和Ⅱb型两种单倍型,未发现其它线粒体DNA单倍型、具有多态性。其中、Ⅰa型频率最高,47株,占63.51%,Ⅱb型27株,占36.49%,Ⅰa型是贵州优势线粒体DNA单倍型群体。Ⅰa分别来自都匀、普安、水城、普定、盘县、威宁、息烽、遵义、沿河县、纳雍、织金、金沙、黔西、毕节、赫章、兴义、桐梓、修文、德江、湄潭。Ⅱb型,分别来自荔波、平坝、普定、六枝、遵义、三都、贵阳、德江、惠水、三穗、福泉、榕江、天柱、大方、威宁,同时检测出有Ⅰa型和Ⅱb型的地区有普定、遵义、威宁。4、采用17对SSR引物对贵州74株致病疫霉菌株,CBS购买菌株1株进行多态性条带扩增,按区域分布将其分为10个群体,有16对引物能够扩增出多态性条带,占94.12%;群体的遗传多样性指数为0.3989,基因流为1.1049;遗传结构结果显示,10个群体的最佳K值均为6,可分为6个亚群,各亚群所占比例不同;遗传距离结果显示,贵州菌群体之间的遗传距离各不相同,大多在0.9004-0.9936之间,少部分群体间的遗传距离处于0.8841-0.8947;聚类结果显示,遗传系数为0.974时,可划分为5个分支,以上SSR分子标记数据表明贵州菌群体存在遗传多样性。赫章54株菌株共鉴定出10种生理小种类型,生理小种类型较为丰富,存在多样性。从生理小种与寄主的关系来看,生理小种类型与寄主无一定的相关性,即不同的菌株在相同的寄主上,生理小种类型可能相同也可能不同,不同的菌株在不同的寄主上生理小种类型也可能相同也可能不同。从赫章54株菌株的交配型与寄主的关系来看,交配型类型全部为A2交配型,无多样性,表明菌株的交配型类型与寄主品种没有相关性。从赫章地区54株菌株的线粒体DNA单倍型类型与寄主的关系来看,单倍型类型全部为Ⅰa单倍型,无多样性,表明菌株的线粒体DNA单倍型类型与寄主品种没有相关性。赫章的54株马铃薯晚疫病菌株菌按寄主品种分类将其分为29个群体,从SSR分子标记其预测结构与品种多样性的关系来看,不存在多样性,表明菌株的遗传多样性与寄主品种没有相关性。从贵州马铃薯晚疫病菌群体生理小种类型、交配型类型、线粒体DNA单倍型类型、SSR分子标记遗传多样性等总体分析,贵州马铃薯晚疫病菌存在多样性。在马铃薯抗病性鉴定圃中,马铃薯晚疫病菌除了生理小种存在多样性外,线粒体DNA单倍型、交配型和SSR标记不存在多样性。
李璐[3]（2019）在《致病疫霉群体结构及诱导剂与杀菌剂对晚疫病防效研究》文中研究指明马铃薯晚疫病是马铃薯生产上的毁灭性病害,在病害大爆发年份可以造成绝产,其病原菌致病疫霉可异宗配合进行有性生殖,导致晚疫病菌群体结构发生变化。本试验研究了马铃薯晚疫病菌的生物学特征及马铃薯晚疫病的防治相关,以期为马铃薯主产区的高产高效种植及推进产业化进程提供理论依据和技术借鉴。2018年于黑龙江省和内蒙古共采集分离了马铃薯晚疫病菌92株,对菌株的交配型进行了测定。结果显示,92株菌株中共发现了三种交配型。A1交配型占菌株总数的88.1%,A2和自育型交配型分别占5.4%和6.5%。其中,黑龙江省克山县共鉴定出三种交配型,其中,84.5%（49株）为A1交配型,5.2%（3株）为A2交配型,10.3%（6株）为自育型。黑龙江省依安县100%菌株均为A1型（8株）。内蒙古牙克石共测定出A1、A2两种交配型,分别占89.5%（17株）和10.5%（2株）。内蒙古室韦100%的菌株均为A1型（7株）。以上结果显示,黑龙江省克山县与内蒙古牙克石两个马铃薯产区相比其他两个地区的晚疫病菌交配型相对丰富,而其他两个主产区未发现马铃薯晚疫病菌有性生殖。不同地区交配型频率存在明显差异。测定92个菌株对甲霜灵抗药性,结果显示,甲霜灵高抗菌株占67.4%,中抗菌株占30.4%,敏感菌株占2.2%,没发现高度敏感菌株。根据采集地点分析晚疫病菌甲霜灵抗药性,结果显示,黑龙江省克山县65.5%为高抗菌株,31.1%为中抗菌株;黑龙江省依安县62.5%为高抗菌株,37.5%为中抗菌株;内蒙古牙克石84.2%为高抗菌株,15.8%为中抗菌株;内蒙古室韦42.9%为高抗菌株,57.1%为中抗菌株。由此可见,黑龙江省和内蒙古的晚疫病菌对甲霜灵已产生抗性。mtDNA单倍型测定结果显示共发现Ia和IIa两种mtDNA单倍型。其中,IIa单倍型菌株占89.1%（82株）,Ia单倍型菌株占10.9%（10株）。黑龙江省分离的66个菌株中,IIa单倍型有56株（84.8%）,Ia单倍型有10株（15.2%）。内蒙古分离的26株（100%）菌株均为IIa单倍型。结果说明,黑龙江省存在两种晚疫病菌mtDNA单倍型,优势单倍型为IIa单倍型;内蒙古的马铃薯晚疫病菌的mtDNA单倍型较之更单一,只有IIa单倍型。利用两对引物Pi4G和Pi4B,共鉴定出8种SSR基因型,分别为G-02、D-03、D-02、F-06、F-05、F-03、F-02和F-01。其中,在黑龙江省分离的66个菌株中发现8种SSR基因型,F-01基因型有41个,占该省的62.12%,居绝对优势。内蒙古26个菌株,存在2种SSR基因型:F-01（22个占84.62%）和G-02（4个占15.38%）。可见黑龙江省马铃薯晚疫病菌的遗传多样性更复杂化。进一步分析不同地区马铃薯晚疫病菌的SSR基因型与交配型及甲霜灵抗性的关系可知,在黑龙江省和内蒙古测定得到的SSR优势基因型F-01中,存在三种交配型,同时存在对甲霜灵高抗、抗性和敏感的菌株。说明SSR基因型与交配型、对甲霜灵抗性均没有直接相关性。采用生长速率法测定晚疫病菌对氟噻唑吡乙酮、烯酰·吡唑酯和氟吡菌胺·霜霉威3种杀菌剂的敏感性。结果表明,2017年于黑龙江省分离的105株马铃薯晚疫病菌,对氟噻唑吡乙酮的敏感性无显着差异,EC50值在0.0001490.000640μg/mL之间,平均EC50值为（0.000359±0.000114）μg/mL,氟噻唑吡乙酮对晚疫病菌的活性较高。其次分别是烯酰·吡唑酯和氟吡菌胺·霜霉威,EC50值分别为0.16180.2177μg/mL和0.16230.7089μg/mL,平均EC50值分别为（0.1908±0.0132）μg/mL和（0.3811±0.1078）μg/mL。3种杀菌剂与甲霜灵均没有产生交互抗性。杀菌剂单剂处理对马铃薯晚疫病的田间防治效果显示,连续4次喷施同一杀菌剂,单剂防效从高到低依次为:增威赢绿>银法利>福帅得>阿克白>凯特>金谷>萨谱特。不同杀菌剂组合处理对马铃薯晚疫病的田间防治效果显示,在田间每隔7 d分别喷施不同杀菌剂,防效较好的药剂组合有:福帅得、阿克白、增威赢绿和银法利组合,金络、增威赢绿、福帅得和银法利组合,福帅得、银法利、凯特和增威赢绿组合,金络、银法利、凯特和增威赢绿组合,金络、阿克白、福帅得和银法利组合。杀菌剂与BABA混合处理对马铃薯晚疫病的田间防治效果显示,在田间出现中心病株时,4次分别喷施金络+BABA、增威赢绿+BABA、福帅得+BABA和银法利+BABA时,末次防效可达70.07%,总产量达2911.08 kg/667 m2,商品薯率和增产率分别达到76.45%和60.72%。室内毒力测定时,抗病诱导剂BABA处理对马铃薯晚疫病菌的孢子囊萌发和菌丝生长均没有抑制作用,说明诱抗剂BABA对病原菌无直接毒性,病情指数的下降和产量的增加主要是它诱导马铃薯抗病性引起的。因此,杀菌剂与抗病诱导剂混合处理将成为马铃薯晚疫病田间防治的又一安全且高效的方向。以上结果表明黑龙江省的马铃薯晚疫病菌群体结构日益复杂,内蒙古地区的群体遗传结构较为单一。化学防治目前仍然是高效防治晚疫病的最有效途径,同时化学杀菌剂与抗病诱导剂BABA混合处理进行马铃薯晚疫病的田间防治,成为未来可期达到更高效且安全的防治策略之一。
王伟伟[4]（2019）在《马铃薯晚疫病菌有性生殖后代群体结构比较分析》文中研究说明由致病疫霉（Phytophthora infestans,P.infestans）引起的晚疫病（Potato late blight,PLB）是世界范围内马铃薯的毁灭性病害之一。本研究采集并分离、纯化来自于云南省昆明市马铃薯主产区的PLB病样,利用形态学和ITS序列定种后,确定其染色体倍性、交配型、线粒体单倍型、毒性和甲霜灵敏感性。选取其中5株菌株,利用改良的卵孢子萌发方法得到有性生殖F1代群体;然后对F1代群体的表型（交配型、致病性、甲霜灵敏感性）和基因型（染色体倍性、线粒体单倍型、SSR标记）进行测定并用相关性分析解析基因型和表型之间的联系。在得到上述结果的基础上,利用1对P.infestans亲本诱导有性生殖得到的F1代交配型分离群体（A1、A2、A1A2、自育型）进行全基因组重测序和比较分析。本研究的主要结果有:1.2017年7月中旬,在云南省昆明市寻甸县和嵩明县不同马铃薯品种上采集晚疫病发病叶片,分离纯化和鉴定得到共19株P.infestans。对峙培养后鉴定出A1交配型3株,A2交配型12株,A1A2交配型1株,自育型3株。对19株P.infestans线粒体DNA单倍型进行测定,发现19株P.infestans线粒体DNA单倍型均为Ⅰa型,为云南省的优势群体。2.实验采用低温诱导卵孢子萌发的实验方法,利用6对亲本组合,得到冷冻处理24 h为最佳条件,卵孢子的平均萌发率达5.80%±0.20%。在萌发的F1代群体中,所有菌株染色体都为二倍体,所有线粒体单倍型都没有发生重组,均和亲本一致。结果还发现,F1代的交配型、甲霜灵敏感性和毒性都发生了分离,其中交配型分离比为A1:A2:A1A2:自育=16:5:17:22,对甲霜灵的敏感性分离比为抗:感=1:14,毒性分离比为抗:感=5:19,三个表型的分离均明显偏离孟德尔单基因显性遗传特点。利用8对SSR多态性引物对有性生殖F1代群体的基因型分析表明,在遗传相似系数为0.98时,可将所有菌株分为14个基因型;在遗传相似系数为0.95时,可将有性生殖F1代群体分为6个分支,其中优势群体为S1,占分离群体的61.67%;相关性分析进一步表明,8对SSR所代表的基因型和几个重要表型有较好相关性（R2=0.6667）。3.利用Illumina PE150二代测序技术对4种交配型的分离群体（BSA1、BSA2、BSA3和BSA4）做全基因组10X重测序,利用CLC genomic workbench 11.0.1,以NCBI中A1交配型菌株T30-4为参考基因组进行拼接、注释及混合分组法分析,结果发现在4个BSA分离群体中总共存在528712个SNP;InDels数量最多的是BSA4,为20849,最少的是BSA2,为17746;SV数量最多的是BSA4,为6613,最少的是BSA2,为5097;两两比较发现,BSA1和BSA2之间的SNP数量最多,达到了38551个,最少的为BSA2和BSA4,仅有19630个。综上所述,本研究结果表明2017年在云南省昆明市寻甸县和嵩明县采集的19株马铃薯晚疫病菌中4种（A1、A2、A1A2、自育型）交配型都有,但A1交配型的菌株相对其他交配型的较少,并且这19株菌株的线粒体DNA单倍型都为Ⅰa型;采用低温处理的方法诱导卵孢子的萌发,通过对有性生殖F1代群体的表型和基因型的研究分析,解析了有性生殖的遗传规律;还通过对有性生殖F1代的4个和交配型连锁的分离群体进行全基因组重测序、组装,进一步可以利用比较基因组法解析控制交配型这一重要性状的功能基因或紧密连锁的相关决定位点。
田荟遥,蒋继志,李成斌,侯宁,申芬,李岩[5]（2018）在《东北三省致病疫霉线粒体DNA单倍型鉴定分析及生物学特性研究》文中进行了进一步梳理为明确东北三省马铃薯致病疫霉线粒体DNA单倍型组成和分布以及不同线粒体单倍型与其生物学特性之间的关系,采用PCR-RFLP方法分析了2017年从东北三省分离纯化的137株马铃薯致病疫霉菌株的线粒体DNA单倍型类型,并比较4种线粒体单倍型菌株在不同温度下的菌丝产孢量、生长量以及对马铃薯离体叶片的致病力。结果显示,Ⅱa型为主要单倍型,占71.5%,其次是Ⅱb型,占21.2%,最少的为Ⅰa型,占7.3%,没有检测到Ⅰb型。4种线粒体单倍型菌株均在20℃时生长最快,其中Ⅱa型菌株的生长速度最快（6.43mm/d）、平均产孢量也最多（33.5×104个/mL）,I b型菌株生长速度最慢（3.41mm/d）,产孢量也最少（6.4×104个/mL）,且不同类型之间差异性显着（P<0.05）;侵染马铃薯离体叶片后形成的病斑面积也以II a型菌株的最大（53%）,约占叶片面积的一半以上,而I b型菌株的最小。这些结果表明东北三省致病疫霉线粒体单倍型有3种,且不同类型单倍型与其菌丝生长、孢子囊产生尤其是致病力之间存在明显相关性。
贾京珠[6]（2015）在《2013-2014年东北和华北地区致病疫霉群体遗传多样性及生物学特性的研究》文中研究表明伴随着我国马铃薯主粮化战略的实施,马铃薯产业面临着巨大机遇与挑战。东北和华北是我国北方马铃薯主产区及种薯的重要生产基地,是我国马铃薯机械化大面积种植集中区,晚疫病是该区域马铃薯生产中的重点防控对象。马铃薯晚疫病由致病疫霉引起,该菌群体结构、遗传多样性与病害的发生和流行程度密切相关。本研究拟通过对我国东北和华北地区马铃薯主产区晚疫病菌的采集和分离,从致病疫霉群体线粒体单倍型和SSR指纹确定其群体的遗传结构和遗传多样性水平;并分析不同线粒体单倍型菌株对温度的适应性及其致病力的差异,为该区域晚疫病防控策略的制定提供科学依据。本研究的主要结果如下:1.致病疫霉的采集与菌株的分离培养:2013-2014年共分离纯化获得河北、内蒙古、黑龙江、吉林和辽宁共五省十二个县（市）致病疫霉463株。2.东北、华北地区致病疫霉线粒体单倍型的测定与分析:采用PCR法测定了2013-2014年东北和华北311株致病疫霉的线粒体单倍型,共发现IR3、IIR3、IIR2、IR1和IR2五种单倍型。其中以IR3和IIR3两种单倍型为主,分别占群体的40.83%和50.16%,共计293株。IR1、IIR2和IR2单倍型菌株所占比例总计为9.01%。在五省致病疫霉群体中,黑龙江与辽宁群体的线粒体单倍型类型较多,分别存在5种和4种单倍型。两年度致病疫霉群体中,除河北与吉林外,其它三省致病疫霉群体单倍型的种类及所占比例年度间变化较大。3.东北、华北地区致病疫霉群体SSR基因型的测定与分析:利用12对SSR引物对2013-2014年东北和华北地区305株致病疫霉进行分析,共鉴定出97种基因型,其中基因型G-07的菌株有83株,占总数的27.31%,是主要基因型;次要基因型包括G-16、G-34、G-59、G-66、G-68、G-69共92株,占总数的30.26%,说明该群体的基因型以G-07为主,占统治地位。2013和2014年致病疫霉群体分别检测到62和42种SSR基因型,两年中相同的SSR基因型仅6种,说明致病疫霉年度间群体差异极大。五省致病疫霉群体的遗传多样性存在一定差异,遗传多样性由高到低依次为辽宁、黑龙江、吉林、河北和内蒙古,其香浓指数分别为0.8319、0.7350、0.5866、0.5286和0.4594,说明东北致病疫霉群体遗传多样性高于华北地区。五个群体间的基因流为4.1167,表明各省致病疫霉群体间菌源交流较强。群体间的遗传变异为6.67%,群体内遗传变异为93.33%,说明群体内变异是致病疫霉群体遗传变异的主要来源。4.不同单倍型致病疫霉菌株温度适应性及致病力的测定:对四种线粒体单倍型致病疫霉的菌落形态、生长量进行测定,发现IR3、IIR3型菌株与IR1、IIR2型菌株在菌落形态上差异明显。IR3、IIR3型菌株的生长速率低于IR1、IIR2型菌株,15℃、20℃、25℃、27℃条件下不同线粒体单倍型菌株的生长率均存在显着性或极显着性差异。但IR3、IIR3型菌株产孢量与致病力均高于IR1和IIR2型菌株,这表明该区域优势基因型IR3和IIR3具有很强的竞争优势。
贾京珠,杨志辉,朱杰华,赵冬梅,蒋继志[7]（2015）在《利用PCR技术测定东北、华北致病疫霉线粒体单倍型》文中进行了进一步梳理为了明确东北、华北地区致病疫霉群体的线粒体单倍型组成与多样性,采用PCR的方法对2013年采自两地区5省（区）的163株致病疫霉菌株的线粒体单倍型进行了测定和分析。由高变区HVRi所区分的Ⅰ型菌株所占比例为38.65%,Ⅱ型菌株占61.35%;高变区HVRii所区分的R1型、R2型和R3型菌株所占比例分别为1.85%、4.90%和93.25%。东北和华北两地区的优势线粒体单倍型均为ⅠR3型与ⅡR3型,其在群体中的比例分别为36.81%和56.44%。不同省（区）间致病疫霉线粒体单倍型组成存在一定差异,ⅡR2型菌株仅在河北和辽宁省有少量分布,所占比例仅为4.91%;ⅠR1型菌株仅存在于黑龙江,所占比例仅为1.84%。东北和华北地区致病疫霉线粒体单倍型整体表现一致,不同省（区）之间多态性不同,说明致病疫霉的线粒体单倍型与地理来源之间有很大关系。
田月娥[8]（2015）在《我国西北马铃薯主产区晚疫病菌群体遗传多样性研究》文中提出由植物病原卵菌致病疫霉[Phytophthora infestans（Mont.）de Bary]引起的晚疫病是世界范围内马铃薯生产上的头号毁灭性病害,也是所有引起粮食作物产量损失的病害中最严重的病害,全球每年因晚疫病造成的直接经济损失达百亿美元,我国约10亿美元。晚疫病属低温高湿病害,其发生与气候条件密切相关。我国西北马铃薯主产区的降水期主要集中在7月至8月下旬,与较高的湿度与相对较低的温度出现时期相吻合,非常有利于病害的发展。因此,西北地区也是马铃薯晚疫病的常发区。病害的发生与流行和病原菌群体遗传结构的组成与变化密切相关。因此,充分了解马铃薯晚疫病菌群体遗传多样性水平及遗传结构的组成情况,对明确马铃薯主产区晚疫病菌的初侵染来源,制定有效的马铃薯晚疫病防治措施具有重要的意义。本研究连续三年对西北商品薯产区（甘肃和宁夏）,宁夏固原马铃薯种质资源圃,青海马铃薯种薯产区,陕北新兴马铃薯产区的晚疫病病样进行了系统密集的采集。采用SSR分子标记技术,对包括我国南方三个马铃薯产区（福建,贵州,云南）收集的306个分离物在内的共计1815个晚疫病菌分离物进行了DNA指纹分析。用多种反映遗传多样性的参数,结合多态性位点间的连锁平衡关系分析、遗传分化分析、分子方差分析、聚类分析及主坐标分析等方法,对上述晚疫病菌群体的遗传多样性和遗传结构进行了深入系统的研究。所取得的主要研究结果如下:1、西北商品薯产区晚疫病菌群体总的遗传多样性水平较低。群体内年度间交配型比例呈现波动变化趋势。利用9个通用的SSR标记将959个晚疫病菌分离物划分为151个基因型。2010和2011年群体中观测杂合度（HO）均高于期望杂合度（HE）,负的近交系数值说明群体中存在明显的杂合子过剩现象。多态性位点间的连锁平衡关系分析说明,2010和2011晚疫病菌群体中多态性位点间处于连锁不平衡状态,表明西北商品薯产区晚疫病菌群体不存在随机交配现象,病菌进行无性繁殖;但在2009年的群体中多态性位点间处于连锁平衡状态,表明可能存在有性生殖。大多数采集自不同年份和地区的晚疫病菌分离物具有相同的基因型,同时,不同年份群体间不存在遗传分化现象,这说明不同地区晚疫病菌群体间存在病菌迁移现象。AMOVA分析结果说明,晚疫病菌群体中的遗传变异主要存在于群体内部。综合分析,我们推断种薯带菌和种薯调运（带菌种薯的迁移）可能是西北商品薯产区晚疫病主要的初侵染来源和传播途径。2、在宁夏固原马铃薯种质资源圃病样采集中我们发现,绝大多数当地马铃薯品种和一系列新育成的马铃薯品系均对当前流行的晚疫病菌群体不具有抗性。交配型分析结果表明,种植资源圃群体中存在A1、A2和自育型三种交配型。9对SSR引物在种质资源圃群体中共扩增到27个等位基因,将所有分离物划分为26个不同的基因型。病菌群体的遗传多样性水平较低,两个年份的群体具有相同的共享优势基因型。群体中负的近交系数值（-0.378-0.770）说明种质资源圃晚疫病菌群体中存在杂合子过剩现象。多态性位点间的连锁平衡关系分析进一步说明,群体中多态性位点间处于连锁不平衡状态,这表明种质资源圃中晚疫病菌群体进行无性繁殖。病菌群体中的遗传变异主要存在于群体内部,群体间遗传分化水平低。本部分集中于种质资源圃晚疫病菌群体遗传多样性和遗传结构的研究进一步证实了我们的推断,即种薯带菌是种质资源圃中晚疫病主要的初侵染来源。因此,种植健康种薯可有效控制晚疫病的发生,从而减轻由此造成的经济和产量损失。3、青海马铃薯种薯产区晚疫病菌群体中检测到以A2交配型和Ia单倍型为特征的“新”群体。群体中总的遗传多样性水平相对较高,但不存在明显的优势群体。群体中观测杂合度（HO）值均高于期望杂合度值（HE）,群体中的近交系数FIS值均小于0,这说明群体中存在杂合子过剩现象。群体中多态性位点间处于连锁不平衡状态,表明西北高海拔地区晚疫病菌群体中不存在随机交配。AMOVA分析表明,群体中的遗传变异主要存在于群体内。综合分析表明,青海马铃薯种薯生产区晚疫病菌群体的遗传结构发生了明显的变化,病菌群体组成变得更为复杂。4、陕北新兴马铃薯产区晚疫病菌群体遗传多样性低,群体中以A1交配型为主,出现频率占96.9%。利用7个SSR标记,将125个分离物划分为7个基因型,其中优势基因型SG-1在陕北地区四个不同的地理区域均有分布,所有菌株的线粒体DNA为IIa型。所测22个分离物中只鉴定到两种致病型,且以致病型3.4.10出现频率最高。陕北地区晚疫病菌群体主要进行无性繁殖,种薯带菌仍是主要的病原菌初侵染来源和传播途径。5、利用SSR分子标记技术对我国西北和南方马铃薯主产区晚疫病菌群体遗传多样性和遗传结构分析发现,晚疫病菌群体整体遗传多样性水平不高。西北群体和南方群体之间几乎不存在基因交流。基于分子方差分析和遗传分化情况的分析结果说明,西北和南方马铃薯产区晚疫病菌群体间的遗传变异占总遗传变异的20.0%,主要的遗传变异存在于群体内部。这表明地理隔离在病原菌群体遗传结构分化中可能起着重要的作用。基于共有等位基因距离构建的UPGMA系统进化树说明,我国西北和南方晚疫病菌群体和国外代表菌株间的亲缘关系较远,表明中国菌株和国外代表菌系间的遗传背景存在显着差异。
齐明星[9]（2014）在《致病疫霉线粒体单倍型PCR检测方法的建立及应用》文中研究说明本研究在对4个致病疫霉线粒体单倍型（Ia，Ib，IIa和IIb）基因组序列多态性系统分析和对已有的3种线粒体单倍型检测方法系统分析的基础上，提出并建立了以PCR为基础的致病疫霉线粒体单倍型快速检测的新方法。本研究通过分析致病疫霉线粒体多态性，发现了致病疫霉线粒体基因组中由大片段插入/缺失引起的2个高变区即HVRi和HVRii，并将其确定为线粒体单倍型检测方法的目标区域。第一个高变区HVRi由长度为1885bp的片段插入/缺失引起，该高变区用于直接确定1990年Carter等人限制性内切酶酶切发现的用于区分由线粒体基因组长度引起的不同线粒体类型，即type I和type II。而第二个高变区HVRii不同数目（n=1,2,3）由36bp重复单元构成。该区域扩增子长度多态性应用于线粒体新类型的确定。综合致病疫霉线粒体两个高变区，将其单倍型划分为6种类型即I R1，I R2，I R3，II R1，II R2和II R3。本研究以23株致病疫霉菌株为例，用PCR方法检测出5种线粒体单倍型，未发现II R1型。同时，在被测的23株代表性菌株中也发现了6个type I型菌株的错误鉴定，它们是由于PCR-RFLP方法中P4产物第二个酶切位点识别序列中的碱基C突变为T而造成的。利用新建的PCR方法测定我国10个省、市、自治区共459株致病疫霉菌株的线粒体单倍型。其中，引起马铃薯晚疫病菌共计434株，共发现了5种线粒体单倍型，仍未发现II R1；引起番茄晚疫病的共25株并且其中仅发现1种单倍型即I R3。本研究基于PCR技术建立的病疫霉线粒体单倍型检测方法，简单、快速、准确，可广泛用于致病疫霉群体结构、动态变化和演化研究。此外，分析序列发现II型通过不同方式的大片段缺失而形成I型，我们推断II型线粒体比较古老。
徐小虎,杨志辉,朱杰华,张维宏,王春一[10]（2013）在《致病疫霉超级生理小种遗传多样性分析》文中研究表明通过交配型和甲霜灵抗性以及线粒体DNA单倍型、SSR和AFLP基因型分析对40个超级生理小种菌株进行了遗传多样性分析。在被测菌株中发现了A1、A2和自育3种不同类型的交配型。其中,A1和自育型菌株数量多,分别为21株和14株,而A2交配型仅5株。甲霜灵抗性测定检测出高抗菌株26株,敏感菌株14株。线粒体DNA单倍型测定出Ia型和IIa型两种,比例接近1:1。基于5个基因座被测40个超级生理小种菌株共鉴定出了7种SSR基因型。利用6对荧光引物共检测到258条AFLP谱带,其中多态性谱带204条,多态性为79.1%。将供试的40个菌株划分为38个基因型,几乎每个菌株都为1个特有基因型。而且,我国南方和北方超级生理小种群体存在着明显的遗传差异。结果表明我国致病疫霉超级生理小种具有丰富的遗传多样性,可以推断致病疫霉中的任何小种都可在多个抗病基因的强大选择压力下,在短时间内通过与之对应的无毒基因快速突变而成为超级生理小种。当前对致病疫霉生理小种的鉴定及监测对生产上利用抗病品种防控晚疫病的指导意义不大。
二、致病疫霉线粒体DNA单倍型的分子鉴别（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、致病疫霉线粒体DNA单倍型的分子鉴别（论文提纲范文）
（1）北方5省区致病疫霉生理小种监测及遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 马铃薯与马铃薯晚疫病 |
| 1.1.1 马铃薯 |
| 1.1.2 马铃薯晚疫病 |
| 1.1.3 致病疫霉 |
| 1.1.4 马铃薯晚疫病发病过程 |
| 1.2 致病疫霉表现型生理小种 |
| 1.3 致病疫霉群体遗传多样性 |
| 1.3.1 SSR基因型分析 |
| 1.3.2 线粒体单倍型分析 |
| 1.4 致病疫霉线粒体单倍型与生物学特性 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 北方5省区致病疫霉生理小种的鉴定及分布 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 供试菌株 |
| 2.1.2 供试培养基 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.1.4 实验仪器 |
| 2.1.5 供试马铃薯品种及鉴别寄主 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 马铃薯晚疫病病叶样本的采集 |
| 2.2.2 致病疫霉的分离纯化与保存 |
| 2.2.3 鉴别寄主的培养与管理 |
| 2.2.4 供试菌株的准备 |
| 2.2.5 接种游动孢子囊悬浮液 |
| 2.2.6 生理小种类型的划分 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 马铃薯晚疫病病叶的采集 |
| 2.3.2 菌株的分离纯化、鉴定及保存 |
| 2.3.3 鉴别寄主的培养 |
| 2.3.4 生理小种的鉴定结果 |
| 2.3.5 致病疫霉生理小种的组成及分布 |
| 2.4 讨论 |
| 第三章 北方5 省区致病疫霉SSR基因型分析 |
| 3.1 试验材料及仪器 |
| 3.1.1 供试致病疫霉菌株 |
| 3.1.2 供试培养基 |
| 3.1.3 实验试剂 |
| 3.1.4 实验仪器 |
| 3.1.5 SSR引物 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 致病疫霉基因组DNA的提取 |
| 3.2.2 基因组DNA浓度与纯度的检测 |
| 3.2.3 SSR反应体系扩增及PCR产物检测 |
| 3.2.4 SSR基因型的划分及其聚类分析 |
| 3.2.5 SSR基因型遗传多样性分析 |
| 3.2.6 致病疫霉生理小种与SSR基因型相关性分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 致病疫霉基因组DNA |
| 3.3.2 基因组DNA浓度与纯度 |
| 3.3.3 PCR产物测定结果 |
| 3.3.4 SSR基因型鉴定结果及聚类分析 |
| 3.3.5 SSR基因型遗传多样性分析 |
| 3.3.6 致病疫霉生理小种与SSR基因型相关性分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 北方5 省区致病疫霉线粒体DNA单倍型鉴定及其生物学特性 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试菌种 |
| 4.1.2 供试培养基 |
| 4.1.3 实验试剂 |
| 4.1.4 实验仪器 |
| 4.1.5 线粒体DNA扩增引物 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 致病疫霉基因组DNA的提取 |
| 4.2.2 线粒体DNA的 PCR扩增 |
| 4.2.3 扩增产物片段的酶切 |
| 4.2.4 线粒体单倍型的确定方法 |
| 4.2.5 RA上不同线粒体单倍型的致病疫霉菌落特征观察 |
| 4.2.6 不同线粒体单倍型菌株菌丝生长与温度适应性的测定 |
| 4.2.7 不同线粒体单倍型孢子囊产生与温度适应性的测定 |
| 4.2.8 不同线粒体单倍型孢子囊形态与萌发能力的测定 |
| 4.2.9 不同线粒体单倍型致病性的测定 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 致病疫霉基因组DNA的提取 |
| 4.3.2 线粒体DNA的 PCR扩增结果 |
| 4.3.3 线粒体DNA(mt DNA)单倍型的类型与分布 |
| 4.3.4 RA上不同线粒体单倍型菌株的菌落特征比较 |
| 4.3.5 不同线粒体单倍型菌丝生长与温度的关系 |
| 4.3.6 不同线粒体单倍型孢子囊产生与温度的关系 |
| 4.3.7 不同线粒体单倍型孢子囊形态与萌发能力的关系 |
| 4.3.8 不同线粒体单倍型致病性的比较 |
| 4.4 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 |
（2）贵州马铃薯晚疫病菌群体遗传多样性的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文章综述 |
| 1.1 马铃薯晚疫病概述 |
| 1.2 马铃薯晚疫病菌概述 |
| 1.2.1 生殖方式 |
| 1.2.1.1 有性生殖 |
| 1.2.1.2 无性生殖 |
| 1.2.2 传播与流行 |
| 1.3 马铃薯晚疫病菌生理小种研究 |
| 1.4 马铃薯晚疫病菌交配型研究 |
| 1.5 马铃薯晚疫病菌线粒体DNA研究 |
| 1.6 马铃薯晚疫病菌SSR分子标记的研究进展 |
| 1.7 本课题的研究内容及意义 |
| 1.7.1 研究内容 |
| 1.7.2 研究意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料和仪器 |
| 2.1.1 培养基 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 技术路线 |
| 2.2.2 标本采集 |
| 2.2.3 病原菌分离 |
| 2.2.4 菌种保存 |
| 2.2.5 生理小种测定 |
| 2.2.5.1 鉴别寄主 |
| 2.2.5.2 接种方法 |
| 2.2.5.3 病情调查以及生理小种的确定 |
| 2.2.6 交配型测定 |
| 2.2.6.1 对峙培养 |
| 2.2.6.2 分子标记 |
| 2.2.6.2.1 DNA的提取 |
| 2.2.6.2.2 引物的选择和反应体系 |
| 2.2.6.2.3 酶切及电泳 |
| 2.2.7 线粒体DNA单倍型测定 |
| 2.2.7.1 DNA的提取及引物的选择及反应体系 |
| 2.2.7.2 酶切及其电泳 |
| 2.2.8 SSR分子标记 |
| 2.2.8.1 DNA的提取及SSR引物的选择 |
| 2.2.8.2 PCR反应体系及扩增条件 |
| 2.2.8.3 毛细管电泳仪电泳及数据分析 |
| 2.2.8.3.1 毛细管电泳仪电泳 |
| 2.2.8.3.2 片段长度的读取 |
| 2.2.8.3.3 群体遗传多样性分析方法 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 菌株分离 |
| 3.2 贵州马铃薯晚疫病菌生理小种分析 |
| 3.3 贵州马铃薯晚疫病菌交配型分析 |
| 3.3.1 交配型测定方法选择 |
| 3.3.2 交配型分子标记结果分析 |
| 3.4 贵州马铃薯晚疫病菌MTDNA单倍型结果分析 |
| 3.5 贵州马铃薯晚疫病菌SSR分子标记结果分析 |
| 3.5.1 基因型多样性分析 |
| 3.5.2 遗传结构分析 |
| 3.5.3 遗传距离分析 |
| 3.5.4 遗传聚类分析 |
| 3.6 不同品种上P. INFESTANS遗传多样性分析 |
| 3.6.1 寄主品种多样性与生理小种的关系 |
| 3.6.2 交配型与寄主品种多样性关系分析 |
| 3.6.3 线粒体DNA单倍型与品种多样性的关系 |
| 3.6.4 SSR分子标记遗传结构与品种多样性的关系 |
| 第四章 结论与讨论 |
| 4.1 马铃薯晚疫病菌的分离 |
| 4.2 马铃薯晚疫病菌生理小种的研究 |
| 4.3 马铃薯晚疫病菌交配型的研究 |
| 4.4 马铃薯晚疫病菌MTDNA单倍型的研究 |
| 4.5 马铃薯晚疫病菌SSR分子标记的研究 |
| 4.6 本研究的亮点与创新之处 |
| 4.7 本研究存在的问题与今后打算 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
（3）致病疫霉群体结构及诱导剂与杀菌剂对晚疫病防效研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 英文摘要 |
| 1 前言 |
| 1.1 马铃薯晚疫病概况 |
| 1.1.1 致病疫霉形态特征及生物特性 |
| 1.1.2 马铃薯晚疫病的发生与危害 |
| 1.2 马铃薯晚疫病菌研究现状 |
| 1.2.1 马铃薯晚疫病菌的交配型研究 |
| 1.2.2 马铃薯晚疫病菌对杀菌剂的抗药性研究 |
| 1.2.3 马铃薯晚疫病菌的遗传多样性研究 |
| 1.2.4 化学杀菌剂对马铃薯晚疫病的防治研究 |
| 1.2.5 抗病诱导剂对马铃薯晚疫病的防治研究 |
| 1.3 研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 供试菌株及植物品种 |
| 2.1.2 供试培养基 |
| 2.1.3 供试试剂 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 马铃薯晚疫病菌的分离及纯化 |
| 2.2.2 交配型测定 |
| 2.2.3 对甲霜灵的抗药性测定 |
| 2.2.4 基因组DNA的提取 |
| 2.2.5 线粒体DNA单倍型的分析 |
| 2.2.6 SSR基因型测定 |
| 2.2.7 对杀菌剂的室内敏感性测定 |
| 2.2.8 甲霜灵与其他杀菌剂的交互抗药性测定 |
| 2.2.9 抗病诱导剂BABA对晚疫病菌的抑制作用测定 |
| 2.2.10 杀菌剂单剂与药剂组合对晚疫病的田间防效测定 |
| 2.2.11 杀菌剂与BABA混合处理对马铃薯晚疫病的田间防效以及产量的测定 |
| 2.2.12 数据的处理及分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 马铃薯晚疫病菌的分离 |
| 3.2 马铃薯晚疫病菌交配型的测定 |
| 3.3 马铃薯晚疫病菌对甲霜灵抗药性的测定 |
| 3.4 马铃薯晚疫病菌的基因型分析 |
| 3.4.1 马铃薯晚疫病菌基因组DNA提取 |
| 3.4.2 马铃薯晚疫病菌线粒体DNA单倍型分析 |
| 3.4.3 马铃薯晚疫病菌SSR基因型分析 |
| 3.5 马铃薯晚疫病菌的杀菌剂室内敏感性测定 |
| 3.5.1 马铃薯晚疫病菌对氟噻唑吡乙酮的室内敏感性测定 |
| 3.5.2 马铃薯晚疫病菌对氟吡菌胺·霜霉威的室内敏感性测定 |
| 3.5.3 马铃薯晚疫病菌对烯酰·吡唑酯的室内敏感性测定 |
| 3.5.4 甲霜灵与3种杀菌剂的交互抗药性测定 |
| 3.5.5 抗病诱导剂BABA对马铃薯晚疫病菌的抑制作用 |
| 3.6 马铃薯晚疫病的田间防效测定 |
| 3.6.1 杀菌剂单剂处理对马铃薯晚疫病的防治效果 |
| 3.6.2 不同杀菌剂组合处理对马铃薯晚疫病的防治效果 |
| 3.6.3 杀菌剂与BABA混合处理对马铃薯晚疫病的防治效果 |
| 3.6.4 杀菌剂与BABA混合处理对马铃薯晚疫病的产量测定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 马铃薯晚疫病菌交配型 |
| 4.2 马铃薯晚疫病菌对甲霜灵的抗药性 |
| 4.3 马铃薯晚疫病菌的基因型分析 |
| 4.4 化学杀菌剂对马铃薯晚疫病的防治研究 |
| 4.5 抗病诱导剂对马铃薯晚疫病的防治研究 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（4）马铃薯晚疫病菌有性生殖后代群体结构比较分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 术语及符号说明 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 马铃薯晚疫病概述 |
| 1.1.1 马铃薯重要性、晚疫病的危害症状及流行方式 |
| 1.1.2 马铃薯晚疫病菌的分类地位及生活史 |
| 1.2 马铃薯晚疫病菌有性生殖的概述 |
| 1.2.1 马铃薯晚疫病菌有性生殖的发生条件 |
| 1.2.2 马铃薯晚疫病菌卵孢子萌发条件 |
| 1.3 马铃薯晚疫病菌群体结构的概述 |
| 1.3.1 P.infestans表型的研究 |
| 1.3.1.1 P.infestans交配型的研究 |
| 1.3.1.2 P.infestans抗药性的研究 |
| 1.3.1.3 P.infestans致病性和致病力的研究 |
| 1.3.2 P.infestans基因型的研究 |
| 1.3.2.1 P.infestans基于胞质线粒体DNA单倍型的研究 |
| 1.3.2.2 P.infestans基于蛋白质水平的同工酶的研究 |
| 1.3.2.3 P.infestans基于核基因组的限制性片段长度多态性的研究 |
| 1.3.2.4 P.infestans基于核基因组的扩增片段长度多态性的研究 |
| 1.3.2.5 P.infestans基于核基因组的微卫星标记的研究 |
| 1.3.2.6 P.infestans基于核基因组的单核苷酸多态性的研究 |
| 1.4 相关性分析及基于全基因组的比较分析 |
| 1.5 本研究内容及目的 |
| 第二章 P.infestans有性生殖后代诱导方法研究 |
| 2.1 P.infestans分离与鉴定 |
| 2.1.1 材料及方法 |
| 2.1.1.1 病样采集 |
| 2.1.1.2 培养基 |
| 2.1.1.3 病原菌的分离纯化 |
| 2.1.1.4 病原菌形态学及分子生物学鉴定和保存 |
| 2.1.1.5 交配型的测定 |
| 2.1.2 结果与分析 |
| 2.2 P.infestans线粒体DNA单倍型的测定 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 实验方法 |
| 2.2.2.1 P.infestans基因组DNA的提取 |
| 2.2.2.2 DNA质量的检测 |
| 2.2.2.3 P.infestans线粒体DNA单倍型的测定 |
| 2.2.3 结果与分析 |
| 2.2.4 讨论 |
| 2.3 P.infestans卵孢子萌发条件的优化 |
| 2.3.1 实验材料 |
| 2.3.2 实验方法 |
| 2.3.2.1 卵孢子的收集 |
| 2.3.2.2 卵孢子萌发条件 |
| 2.3.2.3 卵孢子活性测定方法 |
| 2.3.3 结果与分析 |
| 2.3.3.1 卵孢子产生情况及无性结构死亡处理 |
| 2.3.3.2 卵孢子活力测定的结果 |
| 2.3.3.3 卵孢子的萌发率 |
| 2.3.4 讨论 |
| 第三章 P.infestans有性生殖F_1 代群体结构表型特点及分析 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 供试菌株 |
| 3.1.2 培养基 |
| 3.1.3 鉴定寄主 |
| 3.1.4 实验试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 染色体倍性测定的方法 |
| 3.2.2 P.infestans有性生殖F_1 代菌株交配型测定的方法 |
| 3.2.3 P.infestans有性生殖F_1 代菌株甲霜灵敏感性测定的方法 |
| 3.2.4 P.infestans有性生殖F_1 代菌株毒性测定的方法 |
| 3.2.4.1 鉴别寄主的准备 |
| 3.2.4.2 供试菌株的准备 |
| 3.2.4.3 人工接种的方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 P.infestans有性生殖F_1 代菌株核染色体倍性的测定结果 |
| 3.3.2 P.infestans有性生殖F_1 代菌株交配型的测定结果 |
| 3.3.3 P.infestans有性生殖F_1 代菌株甲霜灵敏感性的测定结果 |
| 3.3.4 P.infestans有性生殖F_1 代菌株毒性的测定结果 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 P.infestans有性生殖F_1 代菌株基因型及基因型与表型的相关性分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 供试菌株 |
| 4.1.2 培养基 |
| 4.1.3 供试引物 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 P.infestans有性生殖F_1 代菌株基因组DNA的提取 |
| 4.2.2 P.infestans有性生殖F_1 代菌株线粒体DNA单倍型的测定 |
| 4.2.3 PCR反应体系和扩增程序 |
| 4.2.4 数据统计及分析 |
| 4.2.5 P.infestans有性生殖F_1 代群体基因型和表型的关联分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 P.infestans有性生殖F_1 代菌株线粒体单倍型的测定结果 |
| 4.3.2 P.infestans有性生殖F_1 代菌株SSR基因型结果 |
| 4.3.3 P.infestans有性生殖F_1 代菌株表型与基因型结果 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 P.infestans有性生殖F_1 代交配型分离群体比较基因组分析 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 有性生殖F_1 代基因组提取 |
| 5.2.2 有性生殖F_1 代全基因组序列测定、编辑、拼接和注释 |
| 5.2.3 有性生殖F_1 代群体全基因组变异检测 |
| 5.2.4 基于10 个全基因组序列的聚类分析 |
| 5.2.5 基于4个BSA群体的PCA分析 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 有性生殖F_1 代基因组提取的结果检测 |
| 5.3.2 有性生殖F_1 代全基因组序列测定、编辑、拼接和注释的结果 |
| 5.3.3 有性生殖F_1 代全基因组变异检测的结果 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 全文总结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间研究成果 |
| 致谢 |
（5）东北三省致病疫霉线粒体DNA单倍型鉴定分析及生物学特性研究（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试菌株及培养方法 |
| 1.2 致病疫霉基因组DNA的提取及纯度测定 |
| 1.3 致病疫霉mt DNA单倍型的测定 |
| 1.4 线粒体单倍型的鉴定原则 |
| 1.5 4种线粒体单倍型的晚疫病菌菌丝生长与其温度相关性检测 |
| 1.6 4种线粒体单倍型致病疫霉产孢量与温度适应性的测定 |
| 1.7 4种线粒体单倍型致病疫霉致病性的测定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 致病疫霉线粒体DNA (mt DNA) 单倍型的类型与分布 |
| 2.2 不同线粒体单倍型致病疫霉菌丝生长与温度的关系 |
| 2.3 4种线粒体单倍型菌株孢子囊产量与温度的相关性 |
| 2.4 不同线粒体单倍型病菌与致病性的关系 |
| 3 讨论与结论 |
（6）2013-2014年东北和华北地区致病疫霉群体遗传多样性及生物学特性的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1. 引言 |
| 1.1 线粒体DNA单倍型的研究 |
| 1.1.1 线粒体DNA多态性早期研究及线粒体突变与表型的关系 |
| 1.1.2 线粒体DNA在真菌分类中的应用 |
| 1.1.3 线粒体DNA单倍型在致病疫霉群体中的研究 |
| 1.2 致病疫霉群体遗传多样性的研究 |
| 1.3 植物病原真菌温度适应性的研究 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 供试培养基 |
| 2.1.2 供试马铃薯品种 |
| 2.1.3 供试试剂 |
| 2.1.4 供试仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 致病疫霉菌株的采集和分离 |
| 2.2.2 致病疫霉基因组DNA提取及检测 |
| 2.2.3 致病疫霉mtDNA单倍型的测定 |
| 2.2.4 致病疫霉SSR基因型的测定 |
| 2.2.5 东北地区不同线粒体单倍型致病疫霉温度适应性及致病性的测定 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 致病疫霉的采集和分离 |
| 3.2 东北和华北地区致病疫霉线粒体DNA单倍型的测定与分析 |
| 3.2.1 东北和华北地区致病疫霉群体代表性菌株的凝胶电泳 |
| 3.2.2 东北、华北两区致病疫霉在线粒体两个高变区类型的比较 |
| 3.2.3 东北和华北两区不同省份致病疫霉线粒体单倍型的比较 |
| 3.3 东北和华北地区致病疫霉群体SSR基因型的测定与分析 |
| 3.3.1 致病疫霉群体SSR等位基因及发生频率 |
| 3.3.2 东北和华北地区致病疫霉群体SSR基因型分析 |
| 3.3.3 东北和华北地区各省致病疫霉群体遗传多样性分析 |
| 3.3.4 东北和华北地区各省致病疫霉群体遗传分化 |
| 3.4 东北地区不同线粒体单倍型致病疫霉温度适应性和致病力的测定 |
| 3.4.1 不同线粒体单倍型致病疫霉菌株温度适应性的测定 |
| 3.4.2 不同线粒体单倍型致病疫霉菌株致病力的测定 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 致病疫霉线粒体单倍型与地理来源之间的关系 |
| 4.2 我国致病疫霉群体遗传多样性 |
| 4.3 致病疫霉线粒体单倍型与表型之间的关系 |
| 5. 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录A DNA提取所用试剂的配制 |
| 在读期间发表的学术论文 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（7）利用PCR技术测定东北、华北致病疫霉线粒体单倍型（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验时间、地点 |
| 1.2 试验材料 |
| 1.3 方法 |
| 1.3.1 致病疫霉基因组DNA的提取及检测 |
| 1.3.2 致病疫霉线粒体DNA(mt DNA)单倍型的测定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 代表性致病疫霉菌株的mt DNA单倍型测定结果 |
| 2.2 东北、华北地区致病疫霉在线粒体2个高变区类型的比较 |
| 2.3 东北和华北不同省(区)致病疫霉线粒体单倍型的比较 |
| 3 结论与讨论 |
| 3.1 致病疫霉线粒体单倍型不同检测方法的比较 |
| 3.2 东北和华北地区致病疫霉线粒体多态性分析 |
（8）我国西北马铃薯主产区晚疫病菌群体遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRAST |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 马铃薯晚疫病概述 |
| 1.2 致病疫霉概述 |
| 1.2.1 致病疫霉的分类地位 |
| 1.2.2 致病疫霉的生物学特征及生活史 |
| 1.2.3 致病疫霉的传播 |
| 1.3 群体遗传学研究的理论基础 |
| 1.3.1 变异来源 |
| 1.3.2 迁移 |
| 1.3.3 遗传漂变 |
| 1.3.4 选择作用 |
| 1.3.5 生殖方式 |
| 1.4 致病疫霉群体遗传研究中的标记技术概述 |
| 1.4.1 表型标记 |
| 1.4.2 分子标记 |
| 1.5 致病疫霉群体遗传学研究进展 |
| 1.5.1 基于表型性状的研究进展 |
| 1.5.2 基于分子标记的研究进展 |
| 1.5.3 致病疫霉效应基因及晚疫病控制 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 第二章 西北商品薯产区晚疫病菌群体遗传多样性和遗传结构研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样品采集、分离纯化和保存 |
| 2.1.2 交配型测定 |
| 2.1.3 病组织及土壤中卵孢子的检测 |
| 2.1.4 供试分离株基因组DNA提取 |
| 2.1.5 SSR引物及扩增条件 |
| 2.1.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.1.7 特异性片段的克隆和测序 |
| 2.1.8 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 交配型在年度间的分布 |
| 2.2.2 西北商品薯产区晚疫病菌群体遗传多样性分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 宁夏马铃薯种质资源圃晚疫病菌群体遗传多样性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 样品采集、分离纯化和保存 |
| 3.1.2 交配型测定 |
| 3.1.3 抗药性测定 |
| 3.1.4 供试分离株基因组DNA的提取 |
| 3.1.5 SSR引物及PCR扩增条件 |
| 3.1.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.1.7 SSR特异性条带的核苷酸序列测定 |
| 3.1.8 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 种质资源圃中晚疫病菌群体特征 |
| 3.2.2 种质资源圃中晚疫病菌群体生殖方式分析 |
| 3.2.3 种质资源圃中晚疫病菌群体间遗传分化分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 青海马铃薯种薯产区晚疫病菌群体遗传多样性和遗传结构研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品采集、分离纯化和保存 |
| 4.1.2 供试分离株基因组DNA的提取 |
| 4.1.3 SSR引物 |
| 4.1.4 PCR扩增PCR反应体系PCR扩增条件 |
| 4.1.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 4.1.6 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 青海种薯产区晚疫病菌群体特征 |
| 4.2.2 青海种薯产区晚疫病菌群体遗传结构分析 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 陕北新兴马铃薯产区晚疫病菌群体遗传多样性和遗传结构研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 样品采集、分离纯化和保存 |
| 5.1.2 供试分离株基因组DNA的提取 |
| 5.1.3 SSR引物 |
| 5.1.4 PCR扩增PCR反应体系PCR扩增条件 |
| 5.1.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 5.1.6 数据分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 陕北新兴马铃薯产区晚疫病菌群体中交配型分布 |
| 5.2.2 陕北新兴马铃薯产区晚疫病菌群体中遗传多样性水平较低 |
| 5.2.3 陕北新兴马铃薯产区晚疫病菌群体遗传结构分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 我国西北和南方马铃薯主产区晚疫病菌群体遗传多样性和遗传结构研究 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 样品采集、分离纯化和保存 |
| 6.1.2 供试分离株基因组DNA的提取 |
| 6.1.3 SSR引物 |
| 6.1.4 PCR扩增PCR反应体系PCR扩增条件 |
| 6.1.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 6.1.6 数据分析 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 南方马铃薯产区晚疫病菌群体特征 |
| 6.2.2 我国西北和南方马铃薯主产区晚疫病菌群体遗传结构分析 |
| 6.2.3 我国西北和南方马铃薯主产区晚疫病菌群体遗传结构分析 |
| 6.2.4 我国马铃薯产区晚疫病菌和国外代表菌系晚疫病菌群体遗传关系分析 |
| 6.3 讨论 |
| 第七章 总结与展望 |
| 7.1 总结论 |
| 7.2 创新点 |
| 7.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（9）致病疫霉线粒体单倍型PCR检测方法的建立及应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 线粒体遗传学及线粒体基因组研究进展 |
| 1.1.1 线粒体的遗传学 |
| 1.1.2 线粒体基因组研究进展 |
| 1.2 线粒体单倍型测定在致病疫霉研究中的应用 |
| 1.2.1 单倍型在群体结构中的研究 |
| 1.2.2 单倍型在群体的起源、迁移及遗传图谱构建中的研究 |
| 1.2.3 单倍型与地理来源的关系 |
| 1.3 已建立的致病疫霉线粒体单倍型的检测方法 |
| 1.3.1 RFLP 酶切法 |
| 1.3.2 Southern 杂交法 |
| 1.3.3 PCR-RFLP 限制性片段长度法 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 致病疫霉线粒体基因组序列 |
| 2.1.2 供试菌株 |
| 2.1.3 供试培养基 |
| 2.1.4 供试试剂 |
| 2.1.5 供试仪器 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 致病疫霉的分离及纯化 |
| 2.2.2 致病疫霉基因组 DNA 提取及检测 |
| 2.2.3 致病疫霉线粒体基因组间多态性分析 |
| 2.2.4 线粒体高变区扩增子特异性引物设计 |
| 2.2.5 PCR 扩展体系的建立及引物特异性检测 |
| 2.2.6 PCR 法对致病疫霉线粒体单倍型的测定 |
| 2.2.7 PCR-RFLP 法对致病疫霉线粒体单倍型的测定 |
| 2.2.8 单游动孢子的分离 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 致病疫霉线粒体单倍型 PCR 检测方法的建立 |
| 3.1.1 致病疫霉线粒体基因组多态性分析 |
| 3.1.2 线粒体单倍型 PCR 检测方法建立的理论依据 |
| 3.1.3 引物设计及单倍型命名 |
| 3.1.4 PCR 体系和条件的建立 |
| 3.1.5 线粒体两个高变区引物特异性检测 |
| 3.1.6 以 PCR 技术为基础的致病疫霉线粒体单倍型的检测 |
| 3.2 PCR 法与 PCR-RFLP 法对致病疫霉线粒体单倍型测定的比较 |
| 3.2.1 PCR-RFLP 法对致病疫霉单倍型的测定 |
| 3.2.2 致病疫霉菌株的选择 |
| 3.2.3 以 PCR 方法发现 PCR-RFLP 方法中线粒体型 I 和 II 间的错误鉴定 |
| 3.3 中国致病疫霉线粒体单倍型的检测与分析 |
| 3.3.1 中国致病疫霉线粒体单倍型的测定 |
| 3.3.2 致病疫霉线粒体单倍型与地理位置的关系 |
| 3.4 PCR 法对致病疫霉单病斑分离物单倍型测定中杂合条带分析 |
| 3.5 线粒体高变区 HVRI 不同单倍型类型的演化关系 |
| 4 讨论 |
| 4.1 线粒体单倍型不同检测方法的比较 |
| 4.2 致病疫霉 MTDNA 基因组序列缺失的原因及机理 |
| 4.3 新建 PCR 法所测单倍型与表型间的相关性 |
| 4.4 基于线粒体基因组长度多态性所建立单倍型分型方法的生物学意义 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录A DNA 提取所用试剂的配制 |
| 附录B 微量粗提取缓冲液 TE |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（10）致病疫霉超级生理小种遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 供试菌株 |
| 1.2 供试培养基及药剂 |
| 1.3 交配型测定 |
| 1.4 甲霜灵抗性测定 |
| 1.5 DNA提取与检测 |
| 1.6 线粒体DNA单倍型测定 |
| 1.7 SSR和AFLP测定 |
| 1.8 荧光产物检测 |
| 1.9 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 致病疫霉超级生理小种菌株的交配型和甲霜灵抗性测定 |
| 2.2 线粒体DNA单倍型的测定 |
| 2.3 SSR基因型测定 |
| 2.4 AFLP基因型分析 |
| 3 讨论 |
四、致病疫霉线粒体DNA单倍型的分子鉴别（论文参考文献）
- [1]北方5省区致病疫霉生理小种监测及遗传多样性分析[D]. 田荟遥. 河北大学, 2019(08)
- [2]贵州马铃薯晚疫病菌群体遗传多样性的研究[D]. 杨露. 贵州大学, 2019(03)
- [3]致病疫霉群体结构及诱导剂与杀菌剂对晚疫病防效研究[D]. 李璐. 东北农业大学, 2019(09)
- [4]马铃薯晚疫病菌有性生殖后代群体结构比较分析[D]. 王伟伟. 云南师范大学, 2019(01)
- [5]东北三省致病疫霉线粒体DNA单倍型鉴定分析及生物学特性研究[J]. 田荟遥,蒋继志,李成斌,侯宁,申芬,李岩. 河北农业大学学报, 2018(05)
- [6]2013-2014年东北和华北地区致病疫霉群体遗传多样性及生物学特性的研究[D]. 贾京珠. 河北农业大学, 2015(02)
- [7]利用PCR技术测定东北、华北致病疫霉线粒体单倍型[J]. 贾京珠,杨志辉,朱杰华,赵冬梅,蒋继志. 河南农业科学, 2015(05)
- [8]我国西北马铃薯主产区晚疫病菌群体遗传多样性研究[D]. 田月娥. 西北农林科技大学, 2015(01)
- [9]致病疫霉线粒体单倍型PCR检测方法的建立及应用[D]. 齐明星. 河北农业大学, 2014(03)
- [10]致病疫霉超级生理小种遗传多样性分析[J]. 徐小虎,杨志辉,朱杰华,张维宏,王春一. 菌物学报, 2013(05)