一、乳腺癌患者血清蛋白质芯片检测（论文文献综述）
张燕[1]（2013）在《乳腺癌转移的蛋白质组学研究及其关键因子的功能研究》文中认为乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤，其发病率逐年提高，已成为严重威胁女性健康的重大疾病之一。乳腺癌转移是致死的首要原因，转移一旦发生就预后不佳，极难治愈。高通量蛋白质组学技术的发展为乳腺癌转移研究提供了良好的技术支持，使人们能够系统地研究转移过程中蛋白质的组成及变化规律，进而筛选能够用于靶向药物设计的候选蛋白质。在本论文研究中，我们利用蛋白质组学研究技术，紧紧围绕乳腺癌转移相关的生物学问题，开展了一系列寻找转移关键因子的研究。我们在实验室已有的微升级质谱分析平台基础上，升级硬件系统，完善软件系统，搭建适用于复杂蛋白质样品鉴定的纳升级液相色谱串联质谱（LC‐MS/MS）蛋白质组学研究平台。标准样品检验表明，该平台能够实现复杂蛋白质组样品的纳升水平稳定分离，并且蛋白质检测灵敏度达到飞摩尔水平。该平台的建立，为我们实验室有效开展蛋白质组学研究奠定了基础，也成为本论文开展蛋白质组学研究的前提。首先，本论文应用2D‐LC‐MS/MS的技术线路进行乳腺癌血清样品的蛋白组学研究，筛选乳腺癌早期转移的生物标志物。通过对三组血清样品（健康对照组、淋巴结未转移DCIS、淋巴结转移DCIS）的样品处理、质谱鉴定和数据分析，筛选得到了一系列在不同血清样品组间存在显着差异表达的蛋白质。通过大规模血清样品的ELISA验证表明，TNXB在淋巴结转移的乳腺癌病人血清中含量显着降低，是有潜力的乳腺癌早期转移生物标志物。接着，本论文应用GeLC‐MS/MS的技术线路通过比较不同转移潜能细胞的分泌组学，筛选介导乳腺癌骨定向转移的关键因子，并对某些因子进行了功能验证。我们选用在人源乳腺癌细胞株MDA231基础上经过单细胞筛选得到的具有不同骨转移能力的单细胞克隆株SCP2、SCP4、SCP6和SCP46，运用蛋白质组学技术鉴定每种细胞的分泌蛋白。经过基于非标记定量分析，我们筛选得到了128个与乳腺癌骨转移密切相关的分泌蛋白，其中有118个蛋白质在转录组学研究中没有被鉴定到。通过生物学功能分析，我们发现在这些差异表达分泌蛋白中，酶活性调节功能被显着富集，其中包括多个cystatin家族成员。我们进一步验证其中的CST6在乳腺癌骨转移中的功能。利用CST6过表达或沉默细胞株，在动物水平研究表明，CST6过表达/沉默能显着抑制/促进乳腺癌的骨转移，减弱/增强溶骨性损毁，提高/降低小鼠的生存率。我们的工作揭示CST6是一个在乳腺癌骨转移中发挥抑制作用的重要蛋白质。最后，本论文通过比较4T1系列细胞株的分泌组学筛选肿瘤诱导机体免疫抑制的关键因子，并进行功能验证。肿瘤介导的机体免疫抑制在肿瘤转移过程中发挥重要作用。髓源抑制性细胞（MDSCs）是继Tregs、TAMs、TADCs后发现的另一类肿瘤介导的免疫抑制细胞。我们选用来源于同一小鼠自发乳腺癌的具有相同遗传背景、不同转移能力的4T1系列细胞株（67NR，168FARN，4TO7，4T1）开展研究。四种细胞株的荷瘤小鼠实验表明，细胞株的转移能力与其体内诱导MDSCs的能力成正比，而且诱导因子来源于具有转移能力肿瘤细胞的分泌蛋白。通过对四种细胞株的分泌组学研究，我们得到了26个与乳腺癌转移密切相关的蛋白质，其中包括多种细胞因子、免疫调节蛋白质及酶活性调节相关蛋白质。我们挑选其中的G‐CSF、uPA和LIF，进一步验证这几个因子在小鼠中诱导MDSCs的能力。结果表明在转移性乳腺癌细胞株中高表达的G‐CSF能够在体内强烈诱导MDSCs的增殖、动员和募集，并且其诱导的MDSCs具有免疫抑制活性。我们的工作表明G‐CSF是诱导MDSCs介导机体免疫抑制、促进肿瘤转移的关键因子。综上所述，在本论文的研究工作中，我们搭建了适用于微量复杂蛋白质样品鉴定的纳升级蛋白质组学研究平台，并将其应用于乳腺癌转移的相关问题研究。我们基于血清蛋白质组学，筛选得到可用于乳腺癌早期转移预后的生物标志物。通过鉴定比较不同转移能力的乳腺癌细胞株的分泌蛋白质组，并结合免疫调节或器官定向转移的特征，我们获得了一系列与乳腺癌转移相关的关键因子，并对其中的某些关键因子进行深入的功能研究。此外，本论文的研究将促进我们对乳腺癌转移的进一步认识和了解，为针对乳腺癌转移的靶向药物设计提供了更多的信息。
郭霞[2]（2012）在《宫颈癌早期预警分子指标的血浆蛋白质组学研究》文中研究指明研究目的维吾尔族妇女宫颈癌发病率与死亡率高,被列为新疆特高发肿瘤之一,早期发现是宫颈癌有效防治的关键,而肿瘤分子标志物的筛查研究是建立早期诊断方法的前提。肿瘤细胞的诞生和生存是机体免疫监视系统失败的结果,整体上进入一种病理状态的标志,其动态信息不仅包含在肿瘤细胞自身的调控网络被“扰动”之中,而且整体病理信息更可能反映在血浆/清蛋白质组的“微调”变化,表现为血浆（血清）蛋白标志物（plasma/serum protein markers）,其研究开发是建立无创伤性诊断标准的重要切入点。从系统生物学研究思路出发,通过血浆蛋白质组的高通量、准确、快速分离与鉴定,发现肿瘤分子标志物,建立早期分子诊断方法,并探讨宫颈癌的发病机理,对新疆宫颈癌的综合防治具有重大社会经济意义。本研究以新疆维吾尔族妇女宫颈病变患者血浆为对象,联合运用多种蛋白质组学筛查技术和策略,旨在建立蛋白质组差异表达谱基础上,筛选出宫颈癌及癌前病变特异性的血浆蛋白指标,丰富宫颈癌早期筛查与预警体系。利用系统生物学分支学科——生物信息学方法,针对血浆蛋白指标进行功能注释与富集,构建功能网络,寻找主要调控通路或途径,进一步揭示宫颈病变的发生与发展的生物学本质,为宫颈癌的预防和早期诊疗提供科学依据。方法1.收集维吾尔族妇女宫颈鳞癌（cervical squamous cell carcinoma,CSCC）、宫颈内上皮瘤样病变（cervical intraepithelial neoplasia,CIN）Ⅱ和Ⅲ级和宫颈炎患者的血浆标本共69例,制备血浆低丰度蛋白质组样品,应用基于蛋白质二维液相色谱技术的ProteomeLabTM PF-2D系统,通过低丰度血浆蛋白的蛋白质组学筛查分析,建立宫颈癌早期及癌前病变特异性血浆蛋白质组差异表达谱,鉴别与收集差异蛋白组分,进一步通过差异蛋白组分的胰蛋白酶切及高分辨率质谱（linear trap quadrupole mass spectrometry,LTQ-MS）鉴定,获得血浆差异蛋白信息。依托IPA@（Ingenuity Pathway Analysis）在线生物信息学软件,分析血浆差异蛋白调控网络、典型通路、生物功能以及生物标志物,明确宫颈病变病理进程与差异蛋白质功能或异常变化的关系。2.联合运用双向荧光差异电泳（two-dimensional differential ingel electrophoresis,2D-DIGE）分离及基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrum,MALDI-TOF MS）鉴定技术,建立宫颈癌（早期）与癌前病变特异性血浆2D-DIGE差异图谱,筛选出差异蛋白位点,鉴定出血浆差异蛋白。3.对以上两种蛋白质组学筛查分析结果进行总结,选取所谓的核心差异蛋白（专业术语）,采用MetaCoreTM Analysis生物信息学专业软件,从细胞定位、生物学功能注释、生物功能富集、信号通路网络、生物标志物筛选等5个方面对对核心差异蛋白进行分析,构建血浆差异蛋白相互作用和调控网络图,筛选出肿瘤候选标记蛋白。4.选择6种由上述研究综合分析获得的血浆差异蛋白指标,利用酶联免疫吸附试验（enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA）,通过宫颈病变患者的血浆样本的定量筛查及数据分析,确定不同宫颈病变之间的单一血浆蛋白指标含量差异和统计学意义,评价其对宫颈癌的早期预警或临床应用价值。结果1.在构建高质量血浆低丰度蛋白质组待测样品基础上,以宫颈炎患者为对照,通过蛋白质二维液相色谱分析,建立了 CINⅡ/ⅢⅢ及宫颈早期患者特异性蛋白质组差异表达谱。将大于2倍峰值变化设为蛋白质组差异组分的量化标准,发现宫颈癌早期患者血浆中8个蛋白组分含量显着上升,1个组分含量下降,而CINⅡ/Ⅲ患者血浆中3个蛋白组分含量显着上升,1个组分含量下降。通过以上蛋白组分的特异性酶切及其肽谱的质谱鉴定,发现宫颈癌早期患者特异性血浆蛋白质103种,CINⅡ/Ⅲ特异性蛋白质31种。利用IpA@在线生物信息学软件分析,进一步挖掘血浆差异蛋白功能相关的在线数据库信息,发现CINⅡ/Ⅲ特异性血浆差异蛋白生物功能涉及炎症反应等7个功能模块;生物功能有细胞装配与组织、癌症等;典型通路分析主要涉及急性期反应通路、JAK/Stat通路和IL-4通路等。发现宫颈癌患者特异性血浆差异蛋白质生物功能与肿瘤、炎症反应和基因异常等9个功能模块相关;生物功能涉及遗传缺陷、眼睛疾病、癌症、生殖系统疾病多种生物过程,涉及众多受体通路的激活,急性期反应通路、B细胞发育和免疫缺陷通路等。基于IPA@软件的生物标志物筛查分析,发现在宫颈癌早期患者特异性103种血浆差异蛋白中,宫颈癌发生可能与14种候选生物标记蛋白的血浆含量变化存在密切关系,包括代谢相关蛋白（APOA1、DCD、UBR4）、细胞骨架相关蛋白（ADCY2、VIL1）、转录与翻译相关蛋白（ANK2、ANK3、RelB）、信号转导相关蛋白（MADD、SHC1）、增殖和凋亡相关蛋白（BIRC6）和免疫功能相关蛋白（HLA-DQBI）,而CIN Ⅱ/Ⅲ特异性31种血浆差异蛋白中,病变进程可能与2种候选生物标记蛋白的血浆含量变化有关,包括代谢相关蛋白（APOA1）和信号转导相关蛋白（mTOR）。2.依托2D DIGE蛋白质组学技术平台,以宫颈炎为对照,建立了宫颈癌早期及CIn Ⅱ/Ⅲ特异性血浆低丰度蛋白质组差异谱,发现宫颈癌早期患者血浆蛋白质组有43个差异蛋白位点,其中18个位点含量上升,25个位点含量下降,而CIN Ⅱ/Ⅲ患者血浆蛋白质组有47个差异位点,其中20个位点含量上升,27个位点含量下降。进一步通过宫颈癌早期患者特异性差异蛋白质位点的酶切及质谱鉴定,发现16种血浆蛋白,其中7种蛋白质含量上升,9种蛋白质含量下降。3.利用以上两种蛋白质组学方法筛选的血浆差异蛋白指标,通过MetaCoreTM生物信息学软件及其数据库分析,发现宫颈癌早期患者特异性血浆核心差异蛋白43种,其蛋白质功能相关的信息如下:①生物学功能多样,主要与细胞内构成的负调节、胆固醇反向转运、应激反应的负调节等15个方面存在密切关系;②细胞内分布主要集中在高密度脂蛋白颗粒等12个方面。③主要参与脂代谢、炎症补体系统、细胞骨架肌动蛋白纤维、ESR1膜受体转导途径和炎症反应IL-6途径;④构建蛋白质相互作用网络图,主要涉及8个功能网络模块。⑤通过“子宫颈疾病”进行过滤,发现宫颈癌及宫颈病变可能与4种候选标记蛋白质存在密切关系,包括是抗凝血酶Ⅲ（AT Ⅲ）、凝集素（CLU）、绒毛蛋白1（VIL1）和免疫球蛋白κ（IGK@）,并进一步通过蛋白质相互作用网络分析,发现CLU、VIL1和IGK@均参与NFκB和COX-2激活,而CLU或IGK@参与BCL-XL、BAX或BCL-6介导的细胞凋亡抑制（或细胞生存）过程。4.通过ELISA法验证分析,发现伴随宫颈病变进程的发展,血浆APOA1与ATⅢ含量逐渐下降,APOE、CLU、mTOR和VIL1含量上升,其变化差异有统计学意义（P<0.05）。与对照组宫颈炎组相比,发现APOA1含量在宫颈癌早期、宫颈癌晚期组中含量逐渐下降,而ATⅢ的表达在CINⅡ/Ⅲ、宫颈癌早期和宫颈癌晚期患者血浆中逐渐降低,差异有显着的统计学意义（P<0.01）。APOE在CINⅡ/Ⅲ、宫颈癌早期组与宫颈炎组相比含量升高,有显着的差异（P<0.01）。发现与宫颈炎患者相比,CLU、mTOR和VIL1在CINⅡ/Ⅲ时期就有不同程度的升高,在宫颈癌早期和宫颈癌晚期患者血浆中逐渐升高,差异有统计学意义（P<0.05）。结论1.宫颈癌及癌前病变（CINⅡ/Ⅲ）与多种血浆低丰度蛋白质含量的动态变化存在密切关系。2.宫颈癌及癌前病变特异性血浆差异蛋白可能参与人体的多种生物学过程,包括炎症和应激反应、炎症相关补体和信号通路的激活、能量代谢障碍、脂代谢紊乱、细胞转导途径异常、免疫系统的免疫应答、多种受体通路的激活,是进一步揭示宫颈癌发病分子机理的重要科学依据。3.宫颈癌及癌前病变与APOA1、APOE、CLU、AT Ⅲ、mTOR和VIL 1等6种血浆蛋白质含量变化的定量关系有较高的特异性和灵敏度,可望成为宫颈癌早期诊断的血浆检测临床指标。4.联合运用二维液相色谱、2D DIGE和高分辨率质谱等高通量技术手段是肿瘤蛋白质组学研究的重要策略,而IPA@和MetaCoreTM等生物信息学软件及其数据库是重要的辅助分析工具,在高通量数据处理及筛选生物标志物方面,能够提供有效的技术支撑。
朱乾文,郭丽英[3]（2012）在《血清蛋白质组学在乳腺癌研究中的应用进展》文中提出随着肿瘤生物学的研究进展,乳腺癌的治疗和预后判断研究进入了一个新的阶段。血清蛋白质组学为肿瘤的研究提供了新的技术平台和研究思路,应用蛋白质组学技术可以发现不同细胞间蛋白质的变化,寻找肿瘤相关蛋白,进而分析肿瘤发生、发展的可能机制,还可以通过特异性的差异蛋白作为疾病诊断治疗
张涛[4]（2012）在《新疆地区肾癌血清肿瘤标志物的筛查及其维、汉民族差异的研究》文中提出目的：通过探索新疆地区肾癌患者与健康者之间血清蛋白表达谱的变化，汉族与维吾尔族肾癌患者之间血清蛋白表达谱的变化以及肾癌患者手术治疗前后的血清蛋白表达谱变化，①筛选并建立新疆地区肾癌血清标志物诊断模型；②建立维吾尔族、汉族不同民族肾癌血清诊断模型并筛查两个不同民族肾癌患者之间的差异蛋白；③筛选肾癌术后复发、转移及预后监测指标。方法：采用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术和弱阳离子交换蛋白芯片（CM10）检测血清标本，所得到的数据采用浙江大学蛋白质质谱数据分析系统软件包进行分析研究。蛋白质指纹图诊断模型建立是应用支持向量机方法来完成的，模型判别效果的评估采用留一法交叉验证。采用Wilconxon秩和检验进行两组间的蛋白质峰的比较，P＜0.05有统计学意义。1)对新疆地区44例健康对照与40例肾癌患者血清蛋白表达谱进行检测分析；2)对新疆地区24例维吾尔族肾癌患者与24例维吾尔族健康对照血清蛋白表达谱进行检测分析；对36例汉族肾癌患者与36例汉族健康对照血清蛋白质指纹图谱进行检测分析；3)对新疆地区40例肾癌患者手术治疗前以及手术后血清蛋白表达谱进行检测分析。结果：1)相比于健康对照组血清蛋白质荷比峰值图谱，肾癌组表现出明显差异。其中10个差异性最大的蛋白（P＜0.05），均在健康对照组中低表达，而在肾癌组呈高表达，质荷比分别为5914、5940、8087、8155、5949、8067、5986、5346、15946、6116。建立的诊断模型是由10个蛋白（质荷比分别为：5914、5940、8087、8155、5949、8067、5986、5346、15946、6116）构成。应用十倍交叉留一法进行验证，结果此诊断模型的敏感度为92.50%（37/40），特异度为93.18%（41/44）；2)维吾尔族肾癌组与维吾尔族健康对照组组间得到的有显着性差异的6个蛋白质峰，差异具有统计学意义（P＜0.05），质荷比（M/Z）分别为5935、5945、5911、13766、13965、6887，六个蛋白峰均在维吾尔族肾癌组中高表达，在维吾尔族健康对照组中低表达。建立的诊断模型是由这6个蛋白构成。应用十倍交叉留一法进行验证，结果此诊断模型的敏感度为100.00%（24/24），特异度为91.67%（22/24）；汉族肾癌组与汉族健康对照组组间得到的有显着性差异的4个蛋白质峰，差异具有统计学意义（P＜0.05），质荷比（M/Z）分别为5937、5345、5947、5912，4个蛋白峰均在汉族肾癌组中高表达，在汉族健康对照组中低表达。建立的诊断模型是由这4个蛋白构成。应用十倍交叉留一法进行验证，结果此诊断模型的敏感度为91.67%（33/36），特异度为94.44%（34/36）；维吾尔族与汉族两个不同民族肾癌之间的血清蛋白质指纹图谱存在着较明显的差异。质荷比为6887、13766、13965的3个蛋白峰为维吾尔族肾癌诊断模型所独有，而质荷比为5345的蛋白峰为汉族肾癌诊断模型所独有；3)新疆地区肾癌患者手术治疗前与手术治疗后的血清蛋白质指纹图谱存在着较明显的差异，表达差异最大的19个蛋白质峰（P＜0.05）中质荷比为8777、2748、8646、8734、8701、8087、7982、8155、8072、15946、16141、16306、16116、8135、8017、2760、6672、4301、6471手术后表达低于手术前。其中3个蛋白质峰（质荷比为8155，8087，15946）与此前筛选到的肾癌患者与正常对照之间差异蛋白质峰相同。结论：1)将表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术以及生物信息学分析软件的联合运用是找到肾癌肿瘤标志物的一种有效的方法，建立的诊断模型能够较准确灵敏的区分健康对照与肾癌人群。其中M/Z5914、5940、8067、6116对应的蛋白质可能为β-淀粉样蛋白、人体β-防御素、胃泌素前体以及金属硫蛋白。2)构建的维吾尔族肾癌诊断模型能够较准确灵敏的区分维吾尔族健康对照与维吾尔族肾癌人群，构建的汉族肾癌诊断模型能够较准确灵敏的区分汉族健康对照与汉族肾癌人群；新疆地区维吾尔族肾癌与汉族肾癌患者之间血清蛋白质指纹图谱存在较明显的差异，质荷比为6887、13766、13965、5345的蛋白峰可能是维汉不同民族肾癌的差异蛋白。其中M/Z为6887、13766、13965蛋白峰对应的可能蛋白质分别为为角蛋白、甲状腺素转运蛋白及干扰素诱导的跨膜蛋白-1。3)新疆肾癌患者手术前后血清蛋白质组学变化研究筛选到的3个蛋白质峰（M/Z8155，8087，15946，）可能就是肿瘤分泌的特异性标记物。其对应的可能蛋白质分别为唾液酸转移酶I、CCR4趋化因子受体以及细胞凋亡调节蛋白。
朱辉[5]（2011）在《新疆维吾尔族食管鳞癌蛋白质图谱研究》文中研究说明食管癌是消化系统常见的恶性肿瘤之一。中国是食管癌高发国家,鳞癌约占我国食管癌总数的80%。食管癌流行病学特征除了显着的地域分布差异之外,民族分布差异亦是其主要的特征之一。食管癌的发生在新疆有着显着的地域性和民族聚集性,提示新疆食管癌的发生受环境和遗传因素共同影响。维吾尔族是新疆的主体民族,但是已有的研究对新疆维吾尔族食管癌的相关研究较少。目前仍然缺乏食管癌的早期诊断方法,大部分食管癌患者确诊时已属中晚期,治疗的效果欠佳。手术治疗是食管癌治疗的主要方法,食管癌患者手术后死亡的主要原因是肿瘤复发和转移,肿瘤淋巴结转移是影响食管癌预后的重要因素之一。目前对手术前有无淋巴结转移判断存在不准确的问题,给手术和治疗方式选择带来了一定的盲目性。提高患者手术前TNM分期的准确率,特别是提高对淋巴结转移判断的准确性,对于提高食管癌患者的治疗水准和改善预后具有重要意义。目前还没有找到可以有效应用于食管癌术后复发和转移早期检测的血清标志物。如何提高食管癌早期诊断率、手术前淋巴结转移诊断准确性和有效监测治疗后复发及转移,尤其是寻找方便有效的血清诊断标志物,已经成为目前临床和基础研究的重要要方向。蛋白质是生命活动的具体执行者和体现者,肿瘤的发展过程中往往有蛋白质的动态变化。蛋白质组学能够识别鉴定细胞、组织或机体的全部蛋白质,提供一组蛋白质的功能及其模式的信息,能够同时反映细胞内部的遗传特性和外界因素的影响的结果。因此,可以在蛋白质组的水平进行进一步探索,寻找用于肿瘤的术前诊断、分期和术后随访监测等方面特异、灵敏的标志物。利用差异蛋白质组学的研究方法对肿瘤和正常人群的差异表达蛋白进行定量、定性、表征分析并且筛选出肿瘤相关的蛋白标记物已成为目前研究的热点。随着蛋白质组学相关技术的迅速发展,临床血清蛋白质组学成为当今生命科学领域中极其活跃的学科,临床血清蛋白质组学从新的角度研究肿瘤,寻找肿瘤标志物,为肿瘤的早期诊断、预后和动态监测提供了重要依据。表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱（surface-enhanced laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry, SELDI-TOF-MS或SELDI）技术是一种将生物样品（如细胞液或体液）中的各种蛋白质通过特定的表面基团吸附于蛋白质芯片上,用激光脉冲辐射使芯片上的蛋白质解析形成荷电离子,这些不同质荷比（M/Z）的离子在真空电场中飞行的时间长短不同,据此绘制出质谱图,以获得各种蛋白质的分子量、丰度等信息。将正常人样本的图谱信息同某种疾病患者比较,就有望发现新的疾病相关蛋白质。SELDI-TOF-MS质谱技术已在许多肿瘤标志物研究中应用并取得成功。应用蛋白质组学SELDI-TOF-MS技术对新疆不同民族血清蛋白质指纹图谱的检测结果提示汉族、哈萨克族、维吾尔族食管癌患者间的血清蛋白质指纹图谱存在着明显的差异。本研究采用SELDI-TOF-MS技术对新疆维吾尔族的血清蛋白质指纹图谱进行检测,结合临床以及病理学资料探讨血清目标蛋白质在新疆维吾尔族食管癌患者诊断和术前淋巴结转移判断当中的价值。分析SELDI-TOF-MS技术对食管癌患者手术治疗前后血清蛋白质表达差异检测结果,探讨可能的临床意义。目的：本研究的目的是通过SELDI-TOF-MS质谱技术分析食管癌鳞癌患者和无癌健康者血清蛋白表达谱的改变以及手术前后的血清蛋白表达谱变化,筛选并建立维吾尔族食管鳞癌诊断和患者淋巴结转移诊断的血清标志物模型。寻找食管癌手术前后变化的血清标志物,进一步完善食管癌诊断、淋巴结转移及预后判断意义的食管癌蛋白表达谱系。这将有助于更深层次的理解食管癌基因学、蛋白组学改变以及加深对肿瘤发生机制的认识,为食管癌疾病早期诊断和和检测术后复发提供血清学的依据。本课题主要进行了三个方面的研究：1)新疆地区维吾尔族食管鳞癌患者与健康者血清差异表达蛋白的研究；2)新疆维吾尔族食管鳞癌淋巴结转移血清蛋白质指纹图谱研究；3)食管癌手术前后血清蛋白质组学变化研究。方法：采用弱阳离子交换蛋白芯片（CM10）和表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱（SELDI）技术检测血清样本,应用ZUCI-Protein Chip Data Analyze System软件包分析所得到的数据。用支持向量机方法建立蛋白质指纹图诊断模型,用留—法交叉验证作为评估模型判别效果的方法。两组之间的蛋白质峰的比较采用Wilconxon秩和检验,P<0.05有统计学意义。1)检测分析了43例维吾尔族食管鳞癌患者和22例性别、年龄匹配的正常对照血清蛋白表达谱,建立新疆维吾尔族食管鳞癌诊断模型；2)检测分析了21例维吾尔族食管鳞癌有淋巴结转移、22例维吾尔族食管鳞癌无淋巴结转移的患者和22例维吾尔族正常对照的血清,筛选维吾尔族食管鳞癌淋巴结转移的血清标记物,建立维吾尔族食管癌淋巴结转移诊断模型。3)检测分析45例食管鳞癌患者的手术前和手术后血清蛋白表达谱,筛选手术前后发生变化的蛋白质标志物。结果：1)维吾尔族食管鳞癌组与正常对照血清蛋白M/Z峰值图谱明显不同。所得到差异性最大的10个蛋白中（P<0.05）,有5个峰在食管癌组呈高表达,M/Z为4487.3973、11693.8038、9160.7745、5494.4509、15963.7368。5个峰呈低表达,M/Z为2763.4477、6648.88、8712.8596、6681.2584、8789.2461。建立了由7个蛋白（M/Z分别为：4487.3973、8712.8596、9160.7745、5494.4509、6681.25843、8789.2461、11693.8038）组成的诊断模型。采用十倍交叉留一法验证,该诊断模型的敏感度为86.05%（37/43）,特异度为68.18%（15/22）；2)新疆维吾尔族食管鳞癌淋巴结阳性患者组,淋巴结阴性组和健康人血清的蛋白M/Z峰值图谱明显不同。筛选了6个蛋白质峰（M/Z4487.7591、5494.0576、7992.6041、5874.1964、5899.7251、8584.908）建立了维吾尔族食管癌淋巴结阴性患者诊断模型。用十倍交叉留一法验证,其敏感度为81.82%（18/22）,特异度为86.36%（19/22）；建立了由6个蛋白质峰（M/Z 4487.6122、2763.5209、8713.1525、5494.5497、11693.2483、2750.9962）组成的维吾尔族食管鳞癌淋巴结阳性患者诊断模型。用十倍交叉留一法验证,其敏感度为80.95%（17/21）,特异度为86.36%（19/22）；建立了由3个蛋白质峰（M/Z 3275.3129、9442.91、2046.0471）组成的维吾尔族食管鳞癌淋巴结转移诊断模型。用十倍交叉留一法验证,模型的敏感度为76.19%,特异度为77.27%；3)食管癌患者手术前后血清蛋白质指纹图谱存在明显差异,表达差异最大的10个蛋白质峰（P<0.05）中M/Z 8712.3909、8788.9114、6450.9811、8585.3391、6649.156、6899.7862手术后表达低于手术前,M/Z 11496.6914、16153.17、7993.1528、11418.0658手术后表达高于手术前。其中3个蛋白质峰（M/Z 8712.3909/8714.1856、8788.9114/8789.6786、6649.156/6649.9783）与此前筛选到的维吾尔族食管鳞癌患者与正常对照之间差异蛋白质峰相同。结论：1)表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术和生物信息学分析软件的联合应用是一种寻找食管癌鳞癌生物标志物的有效方法,构成的诊断模型可以准确灵敏的区分维吾尔族食管鳞癌和健康人；2)维吾尔族食管鳞癌淋巴结阳性患者,淋巴结阴性患者和健康对照组血清蛋白质指纹图谱明显不同。其中5个蛋白峰（M/Z为16081.0634、16152.0842、15962.2598、2019.8519、2044.3842）可能对判定病情预后有重要意义；3)新疆维吾尔族食管癌手术前后血清蛋白质组学变化研究筛选到的3个蛋白质峰（M/Z 8712.3909/8714.1856、8788.9114/8789.6786、6649.156/6649.9783）可能并非是肿瘤分泌的特异性标记物,有可能是与肿瘤患者体内原有的受到抑制免疫相关蛋白或因为进食困难较正常已经降低的营养状况相关指标,其分子特征有待进一步研究。
何海飞[6]（2011）在《蛋白质指纹图谱在乳腺癌个体化新辅助化疗中的应用》文中研究指明新辅助化疗,又称术前化疗、诱导化疗、初始化疗等,是指对非转移性的肿瘤,在应用局部治疗前进行的全身性、系统性的细胞毒性药物治疗,是近年乳腺癌治疗中的重要内容,已成为中晚期乳腺癌治疗的标准方案之一,而且已经扩展应用于有保乳意愿的早期可手术乳腺癌患者。虽然乳腺癌新辅助化疗在全世界范围内得到了广泛的关注,并进行了大量的基础研究和临床试验,但是乳腺癌新辅助化疗领域还存在许多分歧和争议,主要是完全缓解率低；无术前疗效评价的确切方法；缺少疗效预测和监测手段、不能个体化选择新辅助化疗；新辅助化疗后影响淋巴结分期等等。由于化疗具有个体差异性,即对于不同的乳腺癌患者新辅助化疗的效果差异很大,但是根据目前的检测手段,尚不能在新辅助化疗实施前或是化疗早期就明确患者对化疗方案的敏感性,只能在临床应用2-3疗程化疗后再行评价,若无效再考虑换行其他方案,这在一定程度上会影响到对部分患者病情的控制。同时新辅助化疗可以使一些患者的腋窝淋巴结消失或者降期,因此,准确的乳腺癌术前／新辅助化疗前淋巴结分期受到人们越来越多的重视。表面加强激光解吸电离-飞行时间质谱技术是近年发展起来的一种新的蛋白质组学研究方法,具有操作简单、样品用量少、灵敏度高、高通量等优点,可以一次性获得某一样品中大量的蛋白质数据,并且能够直接对临床标本进行检测,实现了质谱技术用于临床检测的飞跃。国内外不少研究者已成功将这项技术用于多种恶性肿瘤的诊断,但用于检测化疗敏感性预测因子、监测标志物及术前／新辅助化疗前淋巴结分期的相关性研究仍然比较少见。本课题旨在利用SELDI-TOF-MS,通过对乳腺癌患者新辅助化疗前血清进行蛋白质指纹图谱的检测,结合生物信息学的方法,找到有价值的蛋白质指纹图谱化疗敏感性预测模型,提高乳腺癌新辅助化疗的有效率,实现对乳腺癌患者的个体化治疗,避免化疗药物的毒副作用及无效用药；进一步利用血清蛋白质指纹图谱对化疗过程进行监测,动态观测疗效相关因子的变化,筛选出可用于监测疗效的蛋白质标志物；并且运用SELDI-TOF-MS技术来分析鉴定乳腺癌患者不同淋巴结分期蛋白质表达谱的全貌,进行术前／新辅助化疗前分期,用于指导治疗,判断预后。第一部分血清蛋白质指纹图谱在乳腺癌新辅助化疗疗效预测方面的研究为寻找新辅助化疗疗效相关的预测因子,我们进行了本部分研究。采用SELDI-TOF-MS技术及其配套的CM10蛋白质芯片我们检测了参与新辅助化疗的乳腺癌患者（按RECIST标准化疗有效组19例,化疗无效组15例）的血清蛋白质指纹图谱,筛选出6个差异蛋白质峰（质荷比为5869、3291、5894、9296、5953及2220）并建立了预测模型,其中5869 m/z、3291 m/z、5894 m/z、9296 m/z和5953 m/z这5个蛋白质峰在新辅助化疗有效的乳腺癌患者血清中表达较高,而2220m/z则在新辅助化疗无效的患者血清中表达较高。经过交叉验证,该预测模型的灵敏度为89.5%（17/19）,特异性为73.3%（11/15）,总准确率为82.4%（28/34）。按化疗前后肿块大小实际变化（肿块缩小组有25例,肿块增大组有9例）建立模型,共筛选出了5个有价值的差异蛋白质峰（质荷比为3323、5869、5894、7775及6470）,其中3323 m/z、5869 m/z、5894 m/z和7775 m/z这4个蛋白质峰在肿块缩小组的乳腺癌患者血清中表达较高,而6470 m/z则在肿块增大组的患者血清中表达较高。经过交叉验证,该预测模型的灵敏度为96.0%（24/25）,特异性为77.8%（7/9）,总准确率为91.2%（31/34）5869 m/z和5894 m/z这两个蛋白质峰同时进入了两个疗效预测模型,可能是比较合适的新辅助化疗疗效预测标志物,下一步我们将对这两个蛋白质进行分离、纯化和分析解码,以进一步明确与新辅助化疗敏感或耐药的关系。第二部分血清蛋白质指纹图谱在乳腺癌新辅助化疗过程中的动态监测为了确定乳腺癌患者在新辅助化疗前后血清蛋白质水平上的变化,我们对34例乳腺癌患者新辅助化疗前后的血清进行了蛋白质指纹图谱检测,找出前后表达差异有统计学意义的蛋白质峰,并将蛋白质峰的变化情况在不同疗效组间进行对比,筛选出11个蛋白质峰在新辅助化疗后,两组间的变化趋势不同,因此可能与化疗疗效相关。然后我们进一步考察这11个蛋白质峰在25例参与动态监测的乳腺癌患者中每一例患者每次化疗后的变化情况,形成目标蛋白质在每例患者随化疗疗程表达情况的动态变化趋势图,以后面3次蛋白质峰的平均值与第一次（化疗前）的峰值进行比较,来判断变化趋势是上升还是下降,以减小单次测量所造成的误差。比较每个蛋白质峰的变化趋势在疗效组内和组间的分布情况,找到组内变化情况较一致而组间变化趋势不同的蛋白质峰。最后发现4302 m/z和4645 m/z在有效组中的10/13例（76.9%）患者随化疗进行表达下降,而在无效组中的8/12例（66.7%）患者随化疗进行表达上升；3291 m/z在有效组中的8/13例（61.5%）患者随化疗进行表达下降,而在无效组中的8/12例（66.7%）患者随化疗进行表达上升；5894 m/z在有效组中的8/13例（61.5%）患者随化疗进行表达下降,而在无效组中的9/12例（75%）患者随化疗进行表达上升（见表4.3）。我们认为这4个蛋白质峰在新辅助化疗过程中有监测意义,并且能区分治疗效果。进一步搜索蛋白质数据库,我们发现4302m/z的蛋白质峰可能是肾上腺髓质素-2（adrenomedullin-2, ADM-2）,这个蛋白质有促进细胞生长、增殖和存活及促进血管、淋巴管新生的作用；4645 m/z的蛋白质峰可能是MSSP （myc single strand binding protein）,作为c-Myc基因的调节子,参与DNA的复制和细胞周期从G1期到S期的转化；3291 m/z的蛋白质峰可能是胰高血糖素（glucagon）,有研究发现GLP-2通过对肠上皮完整性的支持,使化疗的有效性不致遭到损坏,从而使肿瘤患者获得治疗方面的优势；5894 m/z这个蛋白质峰可能是活性氧物质调节子1（reactive oxygen species modulator 1）,它通过调节内源性活性氧物质（ROS）影响多种信号通路使细胞生长失控ROMO1表达的增加在肿瘤发生、增殖过程中起着重要作用,而且Hwang等人发现ROMO1的表达可能与5-FU（氟尿嘧啶）的耐药有关。下一步我们将对这4个蛋白质进行分离、纯化和分析解码,并进一步研究其与化疗疗效的关系.第三部分血清蛋白质指纹图谱在乳腺癌患者腋窝淋巴结分期方面的研究为了找到准确、微创的新辅助化疗前腋窝淋巴结分期方法,避免化疗后失去区域淋巴结转移情况这一乳腺癌最重要的预后信息,我们进行了此部分研究。比较18例有淋巴结转移乳腺癌患者和16例无淋巴结转移乳腺癌患者的血清蛋白质质谱数据,筛选出5个蛋白质峰的组合（3164 m/z、3979 m/z、9196 m/z、2734m/z和3963 m/z）建立淋巴结转移的预测模型。其中3164 m/z、3979m/z和3963 m/z这3个蛋白质峰在淋巴结有转移的乳腺癌患者血清中表达较高,而9196 m/z和2734 m/z这2个蛋白质峰则在淋巴结无转移的乳腺癌患者血清中表达较高。交叉验证结果显示该模型的灵敏度为88.9%（16/18）,特异度为87.5%（14/16）,总准确率为88.2%（30/34）进一步比较发现,3979 m/z蛋白质峰的表达水平与淋巴结转移数目相关（R2=0.898）。通过搜索蛋白质数据库我们了解到3979 m/z蛋白质峰可能是一种叫P物质的蛋白质,有研究显示P物质参与乳腺癌细胞的增殖、抵抗放射线损伤、防止凋亡、诱导生长因子和促血管生成因子以及促进乳腺癌骨转移等多种病理进程,因此,P物质与乳腺癌腋窝淋巴结转移的关系值得我们进一步深入研究。结论1、由5869 m/z、3291 m/z、5894 m/z、9296 m/z、5953 m/z和2220 m/z六个蛋白质峰组合所构建的模型能达到预测乳腺癌患者新辅助化疗后临床缓解情况的最佳预测效果,总准确率82.4%。2、由3323 m/z、5869 m/z、5894 m/z、7775 m/z和6470 m/z五个蛋白质峰组合所构建的模型能达到预测乳腺癌患者新辅助化疗后乳腺肿块大小变化的最佳预测效果,总准确率91.2%。3、5869 m/z和5894 m/z这两个蛋白质峰同时进入了两个疗效预测模型,可能是比较合适的新辅助化疗疗效预测标志物,值得进一步研究。4、4302 m/z、4645m/z、3291m/z和5894 m/z这4个蛋白质峰在新辅助化疗有效组和无效组间变化趋势相反,可作为用于新辅助化疗疗效监测的标志物。5、4302 m/z的蛋白质峰可能是肾上腺髓质素-2（adrenomedullin-2,ADM-2）;4645 m/z的蛋白质峰可能是MSSP（myc single strand binding protein）; 3291m/z的蛋白质峰可能是胰高血糖素（glucagon）; 5894 m/z这个蛋白质峰可能是活性氧物质调节子1（Reactive oxygen species modulator 1, ROMO1）。下一步我们将对这4个蛋白质进行分离、纯化和分析解码,并进一步研究其与化疗疗效的关系。6、5894 m/z这个蛋白质峰既可以可以在新辅助化疗前预测疗效,又可以在化疗进行中监测疗效,值得我们在接下来的研究中加以重点关注。7、由3164 m/z、3979 m/z、9196 m/z、2734 m/z和3963 m/z五个蛋白质峰组合所构建的模型能达到预测乳腺癌腋窝淋巴结转移的最佳预测效果,总准确率达88.2%。8、3979 m/z蛋白质峰的表达水平与淋巴结转移数目相关：而且可能是一种叫P物质的蛋白质,它与乳腺癌腋窝淋巴结转移的关系值得我们进一步研究。
应敏刚,陈强,叶韵斌,陈慧菁,陈夏,郑弘宇,吴凡[7]（2010）在《血清蛋白质谱诊断模型在乳腺癌辅助诊断中的价值》文中指出目的建立乳腺癌的血清蛋白质谱诊断模型,评价其在乳腺癌辅助诊断中的价值。方法应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术检测113例乳腺癌患者、103例乳腺良性肿瘤患者及92例健康女性的血清蛋白质谱,采用Biomarker Pattern（BPS）软件分析蛋白质谱,建立分类树模型,然后对模型进行盲筛验证。结果比较乳腺癌患者与健康女性的血清蛋白质谱,筛选出12个差异蛋白质峰。经验证,所建立的分类树模型Ⅰ诊断乳腺癌的灵敏度为91.9%,特异度为81.2%。比较乳腺良性肿瘤患者与健康女性的血清蛋白质谱,筛选出11个差异蛋白质峰。经验证,所建立的分类树模型Ⅱ诊断乳腺良性肿瘤的灵敏度为87.9%,特异度为81.2%。比较乳腺癌与乳腺良性肿瘤患者的血清蛋白质谱,筛选出2个差异蛋白质峰。经验证,所建立的分类树模型Ⅲ诊断乳腺癌的灵敏度为81.8%,特异度为78.3%。应用这些差异蛋白及分类树模型,分别对93例CA15-3阴性乳腺癌患者与36例乳腺良性疾病患者的血清、20例CA15-3阳性乳腺癌患者与36例乳腺良性疾病患者的血清进行盲筛,诊断乳腺癌的敏感度和特异度分别为80.6%和91.7%、75.0%和91.7%,明显高于传统的乳腺癌标志物CA15-3,而CA15-3阴性与CA15-3阳性乳腺癌未见明显的差异蛋白质峰。结论应用SELDI-TOF-MS技术可筛选出乳腺癌、乳腺良性肿瘤和健康女性血清蛋白质谱存在的差异蛋白质峰,据此建立的诊断模型可用于乳腺癌的辅助诊断。
张谦[8]（2010）在《蛋白质组学技术在小儿肾母细胞瘤临床中的应用研究》文中研究指明研究背景：肾母细胞瘤（Nephroblastoma）是婴幼儿最常见的腹部肿瘤,亦称肾胚胎瘤或Wilms瘤,美国国家肾母细胞瘤研究组（NWTS）调查显示：手术切除加术后规范化疗,肾母细胞瘤Ⅰ期患儿8年存活率为90.5%～98.9%,Ⅱ～Ⅲ期为73.4%～88.7%,Ⅳ期仅为45.0%～57.1%。早期筛选及诊断并及时治疗对其预后有显着意义。但目前所使用的临床检查手段,尚不能满足对肾母细胞瘤早期筛选及诊断的要求。NWTS在其2001年的总结中提到：应用CT诊断直径小于3cm的肾母细胞瘤,仍有7%的漏诊率。因此,探索和建立一种简单、快速、敏感性高和特异性强的早期诊断技术已经成了临床医学上的迫切需要。任何疾病在出现病理变化之前,细胞内的蛋白质在成分和数量上都会有相应的改变,因此在理论上,通过对蛋白质的动态观察可以筛选出疾病早期的指标和征兆。当然实现这种诊断的前提是要找到各种疾病的特殊标志的分子,这种筛选是高通量的,用以前的常规方法很难做到。研究显示,肾母细胞瘤与一些基因的表达有关,比如WT1（11p13）,WT2（11p15）,在16p,1p and 17p发生基因突变。但是,由于WT1仅在15%的肾母细胞瘤患儿体内发现,而且目前其机理尚不清楚,这些基因不能被作为肾母细胞瘤早期诊断和判断预后的特异性标记物。蛋白质组学以细胞内全部蛋白质的存在及其活动方式为研究对象,开辟了生命科学研究进入后基因组时代的新天地,也为临床医学研究提供了全新的技术手段和思维模式。目前,对恶性肿瘤蛋白质标记物的检测已经成为肿瘤研究的热点。美国Ciphergen公司研制的表面增强激光解析电离飞行时间质谱SELDI-TOF-MS （Surface Enhanced Laser Desorption/Ionization Time of Flight-Mass Spectrometry）技术,可以非特异性地结合被测样本中的各种蛋白质,当在质谱仪中受激光轰击时,各种结合的蛋白质会被激发而形成气化离子,由于不同质荷比的离子在电场中飞行的时间长短不一,因此接收装置可根据蛋白质质荷比的不同及量的多寡,直观的用位置、强弱不同的峰表现出来,进而形成图谱用于分析。SELDI蛋白指纹技术在吸收传统质谱技术的基础上,克服了常规蛋白检测技术的缺点,增加了特异性蛋白芯片阅读系统和生物信息学分析软件,事实证明,血清、尿液等体液中含有许多疾病早期诊断的标志物,这是因为疾病早期就可在蛋白质水平出现未知的细微但重要的组合改变,蛋白质芯片技术使这种在复杂的背景中捕捉微小差异的研究成为可能。而且整个测定过程可以在几十分钟内完成,具有样品用量小、操作简便、灵敏度高、高通量等优点,目前已成功将其应用于卵巢癌、前列腺癌、肺癌、乳腺癌、甲状腺癌、肝癌等恶性肿瘤的诊断、肿瘤标志物的筛选及其他蛋白质组学研究中。本实验应用SELDI-TOF-MS技术结合支持向量机（SVM）的方法,对各期未经治疗肾母细胞瘤患儿、手术治疗后的肾母细胞瘤患儿和健康儿童血清血清蛋白质组进行检测,筛选出特异的蛋白质标记物,建立用于肾母细胞瘤早期诊断、临床分期及预后监测的血清蛋白质指纹图谱模型。在此基础上,确定待鉴定目标蛋白质；将待鉴定目标蛋白质经多维液相色谱分离纯化（HPLC）、酶解、运用串连液质联用质谱（LTQ）扫描后进行分析获得肽质量指纹图谱（PMF）,通过SEQUEST软件在BIOWORK蛋白质数据库中检索,并运用生物信息学鉴定蛋白质,分析蛋白的生物学意义和生物学功能,作为肾母细胞瘤标志物的候选蛋白。研究目的：检测肾母细胞瘤患儿的血清蛋白质,筛选其特异性蛋白质标记物,构建用于肾母细胞瘤早期诊断、临床分期及预后监测的血清蛋白质指纹图谱模型。并对目标蛋白进行鉴定。材料与方法：1.材料：血清标本130例自2006年6月至2008年12月,在郑州大学第一附属医院小儿外科获得。其中,肾母细胞瘤术前标本30例（Ⅰ期6例,Ⅱ期10例,Ⅲ期10例,Ⅳ期4例）、术后2周24例（行根治术21例,行姑息切除术3例）、术后3月和6月各23例。30例术前肾母细胞瘤标本均经2位以上病理学医师证实。其中男21例,女9例。年龄24 d～10岁,平均2.8±1.6岁。门诊体检的健康儿童30例做为正常对照组。与患儿年龄、性别相匹配,男21例,女9例,平均年龄2.6±0.1岁。外周静脉血标本均于清晨空腹时抽取,静置1小时后3000rpm离心10min,收集血清样本,将样本进行编号,标记后分装储存于-80℃保存。2.主要试剂和仪器：来自中国科学研究院生物物理研究所：三氟乙酸（TFA瑞士Fluka公司）、乙腈（ACN美国Fisher Scientific公司）、细胞色素C（分子量12361.96）、胰岛素（分子量5734.51）、a-氰基-4-羟基肉桂酸（CHCA）、胰蛋白酶（美国Promega）、碘乙酰胺（IAM德国AppliChem公司）、二硫苏糖醇（DTT德国BIO-RAD）、Ziptip C18吸管尖（美国Millipore公司）、SPD SpeedVac真空离心浓缩系统（美国Thermo Electron公司）、液相色谱仪LC-lOAvp（日本—岛津SHIMADZU公司）、新型基质辅助激光电离飞行时间质量分析系统（MALDI-TOF MS） AXIMA-CFRTMplus（英国Kratos Analytical公司）、LTQ线性离子阱液质联用质谱仪（美国Thermo Finnigan公司）。3.质谱分析前样本的制备过程（1）确立目标蛋白质SELDI蛋白芯片操作路线：冰浴中解冻血清标本,4℃10000rpm（离心半径0.5 m）离心2 min。取96孔板置冰盒上,每孔加U9（9 mol／L尿素,2%CHAPS,1%DTT）10μl,血清5μl,4℃层析柜600 rpm振荡30 min。在震荡结束前15 min做芯片预处理,芯片装入Bioprocessor中,记下芯片号,每孔加NaAC （100 mmol/L, pH 4）200μl,层析柜中600 rpm振荡2 min,重复以上操作1次。U9处理后的96孔板置冰上,排枪加NaAC 185μl,层析柜4℃600 rpm震荡2 min。取已处理的样本100μl加到芯片上,置层析柜4℃600 rpm结合1h,甩去残液,快速拍干。加NaAC 200μl,600 rpm振荡5 min后,甩掉,拍干,重复3次。200μl去离子水冲洗各孔2次,快速甩干。每孔分两次加入50%饱和的SPA 1μl,干燥后上机待测。数据收集与处理：用已知分子量的蛋白芯片将SELDI-TOF-MS系统校正到分子量误差小于0.1%。将结合好蛋白质的WCX2蛋白芯片用质谱阅读仪分析。以质控血清作重复性检测。所有数据用Proteinchip Software 3.1做校正,使总离子的强度及分子量均一化。ZUCI-ProteinChip Data Analyze System软件包分析。质谱原始数据经过滤噪音,聚类分析处理后,对初步筛选出的质荷比峰数据做Wilconxon秩和检验,检验标准取a=0.01。使用线性的支持向量机（SVM）分类器,具体设置：采用径向基核函数,Gamma值设为0.6,罚分函数（c）设为19。特征向量的选取采用统计过滤结合模型依赖性筛选的方法,建立判别模型,用留一法交叉验证评估模型的判别效果。（2）纯化目标蛋白质于—80℃冰箱中取出血清样本,冰水浴中解冻。解冻后，取血清100μl,加入350μl超纯水,再加入700μl 1纯ACN。将上述混合液置入—20℃冰箱中,30 min后取出,离心10 min（13000 rpm）。取离心后的上清液移入新试管,置入SPDSpeedVac中冻干约20 min。将冻干后的样品上样至高效液相色谱仪（HPLC）中。收集不同时间的纯化液。将纯化出的蛋白液置入SPD SpeedVac中冻干,冻干至约20μl。将上述样品与CHCA各取1．5μl,两者混合后点样至MALDI靶板上,待干同时用Cytochrome C+CHCA和Insulin+CHCA校样。将靶板置入MALDI-TOF-MS中检测,找出SELDI-TOF-MS所筛质荷峰值的特异样本。（3）蛋白质酶解将蛋白液加超纯水至容积为40μl,再加入配好的浓度为0.1 mol的DTT溶液（11 mol的DTT溶液5μl+45μl的超纯水）4μl后,置于37℃温水中水浴1 h。向44μl的溶液中加入1．6μl的IAM后避光放置1 h。向45．6μl的溶液中依次加入1.6μl的1mol的DTT溶液,150μl的0.1 mol的NH4HCO3（碳酸氢氨）溶液和2μl的胰蛋白酶,然后置于37℃温水中过夜（6-8 h）。4.蛋白质鉴定取经酶解后蛋白液填柱上样。将样品全部上到毛细色谱柱上,经过液质联用质谱扫描后得到得肽质量指纹图谱,经过SEQUST检索程序在Bioworks数据库查询。运用生物信息学鉴定蛋白质,分析蛋白的生物学意义和生物学功能,作为肾母细胞瘤标志物的候选蛋白。5.统计学处理实验数据用x±s表示,根据数据类型采用不同的检验方法。患儿术前与正常对照组；肾母细胞瘤患儿各期；手术前后、术后与正常对照组的质谱数据分析使用t检验,各分期的质谱数据使用单因素方差分析,方差不齐使用秩和检验,以P(0.05做为差异有显着性的检验标准。全部统计计算均在SPSS13.0软件处理包下完成。结果：1.应用SELDI-TOF-MS技术对肾母细胞瘤患儿血清蛋白标记物筛查1.1肾母细胞瘤血清蛋白质指纹图谱实验方法的建立及蛋白质芯片种类的筛选：本研究对血清样本处理时使用了0.5%CHAPS,应用Cibacron Blue 3G特异性地除去血清中的白蛋白,通过对4种不同的蛋白芯片WCX2蛋白芯片、SAX2蛋白芯片、IMAC3蛋白芯片及H4蛋白芯片研究发现,不同芯片所能结合的血清蛋白质的数量不同,H4芯片在本研究中证实能得到更多有意义的峰值,可更好地应用于肾母细胞瘤血清蛋白质指纹图谱的研究,而且具有很好的重复性。1.2本研究首次报道运用SELDI-TOF-MS技术结合SVM建立肾母细胞瘤血清蛋白质指纹图谱模型。60例血清标本的蛋白质指纹图谱经质谱仪收集数据,随机分为训练组和测试组。在收集每次实验数据前用己知分子量的标准蛋白芯片校正,误差小于0.1%。以质控血清作重复性检测,其峰值大小及其强度的变异系数（CVs）均控制在误差范围内（0.05%和15%以下）,应用ProteinChip Software 3.1（Ciphergen Inc）软件同时将所有样本的质谱数据M/Z在2000到30000的峰值进行两次信噪比过滤,找出样本质荷峰,以10%为最小阈值对质荷峰进行聚类。采用Wilcoxon秩和检验分析,根据P值评价各个峰对区分两类样本的相对重要性。将差异显着的质荷峰随机组合输入SVM,筛选标志物,建立判别模型。用留一法交叉验证评估模型,进行盲法测试。按排列顺序依次增加M/Z峰,本研究发现,测试集的youden指数在M/Z的组合为5的时侯最佳,效果可达98.6%的准确率。这5个M/Z峰分别为6455,6984,3221,5639,9190。用30例样本做训练,30例样本做为盲法测试样本。建立模型的特异度为98.3%（95%的可信区间为85%～100%）,敏感度为98.9%（95%的可信区间为89%～100%）,Youden指数值为0.87551,表明该模型在鉴别肾母细胞瘤中有很好的诊断价值。1.3 M/Z峰分别为6455、6984、3221、5639、9190的质谱图显示,它们在肾母细胞瘤中低表达,在健康儿童中高表达。其中,M/Z位于6455,9190的峰值在健康儿童、肾母细胞瘤患儿中表达依次降低,设想M/Z 6455,M/Z 9190的蛋白质可能在肾母细胞瘤的发生发展中起重要作用。2.血清蛋白标记物在肾母细胞瘤患儿临床分期及预后中的应用2.1经过初步筛选,得到肾母细胞瘤Ⅰ期组和肾母细胞瘤Ⅱ期组质谱483个M/Z峰,筛选出3个M/Z峰5022.4、7965.4和8469.6,它们在肾母细胞瘤Ⅰ期组中高表达,在肾母细胞瘤Ⅱ期组中低表达。在测试集上判别模型的敏感性为80.00%,特异性为100.00%。肾母细胞瘤Ⅰ期组和肾母细胞瘤Ⅲ期组质谱496个M/Z峰,筛选出4个M/Z峰4330.7、4303.7、4263.2和4122.8，它们在肾母细胞瘤Ⅰ期组中高表达,在肾母细胞瘤Ⅲ期组中低表达。在测试集上判别模型的敏感性为100.00%,特异性为100.00%。肾母细胞瘤Ⅰ期组和肾母细胞瘤Ⅳ期组质谱565个M/Z峰,筛选出2个M/Z峰8179.1和10836.6,它们在肾母细胞瘤Ⅰ期组中高表达,在肾母细胞瘤Ⅳ期组中低表达。在测试集上判别模型的敏感性为88.89%,特异性为100.00%。肾母细胞瘤Ⅱ期组和肾母细胞瘤Ⅲ期组质谱490个M/Z峰,筛选出2个M/Z峰4143.2和5019.2,它们在肾母细胞瘤Ⅱ期组中高表达,在肾母细胞瘤Ⅲ期组中低表达。在测试集上判别模型的敏感性为88.89%,特异性为100.00%。肾母细胞瘤Ⅱ期组和肾母细胞瘤Ⅳ期组质谱508个M/Z峰,筛选出M/Z峰为7976.5在肾母细胞瘤Ⅱ期组中高表达,在肾母细胞瘤Ⅳ期组中低表达。在测试集上判别模型的敏感性为100.00%,特异性为100.00%。肾母细胞瘤、Ⅲ期组和肾母细胞瘤Ⅳ期组质谱504个M/Z峰,筛选出M/Z峰为8194.4在肾母细胞瘤Ⅲ期组中高表达,在肾母细胞瘤Ⅳ期组中低表达。在测试集上判别模型的敏感性为93.75%,特异性为100.00%。肾母细胞瘤Ⅰ+Ⅱ期组和肾母细胞瘤Ⅲ+Ⅳ期组质谱519个M/Z峰,筛选出2个M/Z峰3257.6和4153.9,它们在肾母细胞瘤Ⅰ+Ⅱ期组中高表达,在肾母细胞瘤Ⅲ+Ⅳ期组中低表达。在测试集上判别模型的敏感性为83.33%,特异性为93.75%。2.2随着患儿临床分期的增高,M/Z位于6455,9190的峰值在肾母细胞瘤患儿血清中表达依次降低。2.3肾母细胞瘤患儿SELDI分期：Ⅰ期6例,Ⅱ期10例,Ⅲ期10例,Ⅳ期4例,30例肾母细胞瘤分期均与病理结果相一致,各期符合率为100.00%。通过病理及手术证实,CT各期符合率依次为100.00%,85.00%,85.00%,75.00%。2.4肾母细胞瘤手术前、后组比较筛选到差异最显着的m/z位于6455.5、9190.8处的蛋白质标志物,在术前组血清中低表达,术后组及健康儿童组中呈高表达,差异有统计学意义（P<0.01）；术后组和正常小儿组间差异无统计学意义（P>0.01）。表明瘤体切除后,这种抑制作用被削弱,蛋白质表达升高。2.5对肾母细胞瘤患儿手术后血清蛋白质谱及健康儿童组比较,发现将21例根治术后与术前患儿标本比较,M/Z峰值位于6455.5表达在术后2周、3个月和6个月,根治术组分别为2087.21±658.33、2189.67±856.42和2232.16±598.32（与对照组比较：P>0.05；与术前组比较：P<0.01）,姑息术组分别为1044.86±533.21、677.86±435.26和431.65±158.31（与对照组比较：P<0.01；与术前组比较：P>0.05）；M/Z峰值位于9190.8表达在术后2周、3个月和6个月,根治术组分别为1101.20±219.69、1078.21±322.43和1066.06±110.45（与对照组比较：P>0.05；与术前组比较：P<0.01）,姑息术组分别为328.11±210.26、289.10±108.09和276.49±92.15（与对照组比较：P<0.01；与术前组比较：P>0．05）。姑息术组在术后2周、3月、6月血清中2个蛋白标记物呈持续低表达；根治术患儿术后3月、6月跟踪复查发现血清蛋白质在此两个峰值表达无明显改变。分期愈低,预后愈好,M/Z强度愈高。考虑3例姑息性切除术由于仍有瘤体存在,被抑制的蛋白质持续受到抑制,蛋白质标记物呈持续低表达,除1例术后2月死亡外,2例术后3及6个月表达继续下降,可能是该蛋白质标记物被抑制加深的结果。3.肾母细胞瘤血清蛋白质标记物的鉴定在本实验中,我们将质荷峰为6455.5、9190.8的血清样本确立为目标蛋白质,通过鉴定二者的氨基酸序列,蛋白质数据库搜索,与这2种差异蛋白质分子量相对应的蛋白质分别为：载脂蛋白C-Ⅰ和触珠蛋白。我们推测,载脂蛋白C-Ⅰ、触珠蛋白可能是判定肾母细胞瘤恶性程度鉴别、治疗转归、预后发展的候选蛋白。结论：用蛋白组学技术筛选出的特异性生物标志物载脂蛋白C-Ⅰ、触珠蛋白是肾母细胞瘤早期诊断、临床分期及预后监测的候选蛋白。
郑弘宇,吴凡,黄伟炜,叶韵斌,陈强[9]（2010）在《血清蛋白质谱模型的建立及在乳腺癌诊断中的应用》文中指出目的建立健康女性人群、乳腺癌患者血清蛋白质谱模型,并探讨对乳腺癌诊断的临床意义。方法应用表面加强激光解析电离化飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术,以弱阳离子交换芯片（CM10）结合血清蛋白质,分析60例乳腺癌患者、60例健康对照女性的血清样本,得到其蛋白质谱,用BioMarkerPattern软件分析蛋白质谱图,建立分类树模型并进行盲筛验证。结果乳腺癌患者与健康对照女性比较,筛选出12个差异蛋白质峰（P<0.001）,其中6个标志蛋白呈高表达,6个标志蛋白呈低表达。BioMarkerPattern软件在设定条件下自动选取3个标志蛋白用于建立乳腺癌诊断的分类树模型,此模型灵敏度为91.90%,特异度为81.25%。结论利用SELDI-TOF-MS技术可筛选出乳腺癌患者和健康对照女性血清蛋白质谱存在的差异蛋白质峰,可作为乳腺癌检测、随访监测的指标。
梁燕[10]（2009）在《基于SELDI-TOF-MS技术的乳腺癌血清蛋白质谱研究》文中进行了进一步梳理乳腺癌是女性发病率最高的恶性肿瘤,严重威胁着患者的健康与生命。寻找能够用于早期诊断、准确预后判断以及预测治疗反应的新的标志物对提高乳腺癌诊断和治疗效果具有重要意义。蛋白质组学能够联系并且反映癌症基因改变以及细胞生理学变化,因此人们对使用蛋白质分析技术寻找肿瘤蛋白标志物的工作给予了极大的希望。新近的质谱技术研究进展,使得高通量的蛋白质组学研究成为可能。本课题利用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）技术,以乳腺癌患者的血清标本为研究对象,研究乳腺癌与非癌对照的血清蛋白质谱差异,以及乳腺癌不同诊疗阶段血清蛋白质谱变化特征,以期寻找乳腺癌相关候选血清蛋白标志物,为乳腺癌的诊断和疗效监测提供一定帮助。一、用SELDI-TOF-MS检测血清蛋白质谱目的获得乳腺癌病例不同病程阶段的血清蛋白质谱,为下一步差异分析打好基础。方法收集乳腺癌不同病程阶段、乳腺良性疾病病例以及正常对照者的血清标本,用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）结合蛋白质芯片技术进行检测。结果得到原发乳腺癌的初诊时血清蛋白质谱图117份,39例TE方案新辅助化疗前后配对血清蛋白质谱图78份,18例未行新辅助化疗的手术前后配对血清蛋白质谱图36份;乳腺癌复发病例血清蛋白质谱图20份;乳腺癌良性疾病血清蛋白质谱图85份;正常对照血清蛋白质谱图56份。结论采用SELDI-TOF-MS技术能够较好地检测乳腺癌相关血清低分子量蛋白质谱。二、乳腺癌与正常对照、乳腺良性疾病血清蛋白质谱的差异和鉴别目的探索乳腺癌与正常对照、乳腺良性疾病血清蛋白质谱的差异,筛选差异蛋白构建分类模型鉴别乳腺癌与非癌病例。方法将乳腺癌、正常对照和良性疾病均各自随机分成训练组和验证组,分别比较乳腺癌与正常,乳腺癌与良性疾病,乳腺癌与正常及良性训练组的血清蛋白质谱差异,分别筛选差异蛋白构建最优分类模型,再以验证组病例对各分类模型的鉴别效果进行盲法验证。结果乳腺癌与正常对照之间存在14个显着差异蛋白峰（P<0.05）,乳腺癌与良性疾病之间存在12个显着差异蛋白峰（P<0.05）,乳腺癌、正常和良性三组之间存在17个显着差异蛋白峰（P<0.05）。以m/z为4212、5902、7940、11360、4974、5384、6009、7766、8150和8518的10个差异蛋白构建分类模型,鉴别乳腺癌、正常对照和乳腺良性疾病的敏感性分别为85.14%（63/74）,86.11% （31/36）,88% （44/50）,总准确性为86.25%（138/160）,用独立样本进行盲法验证,鉴别敏感性分别为79.09%（34/43）,65.00% （13/20）,77.14% （27/35）,总准确性为75.51%（74/98）。结论乳腺癌与正常对照、乳腺良性疾病之间存在血清蛋白质谱差异,以m/z为4212、5902、7940、11360、4974、5384、6009、7766、8150和8518的10个差异蛋白构建分类模型,可以帮助鉴别乳腺癌、正常对照与乳腺良性疾病病例。三、乳腺癌新辅助化疗相关血清蛋白质谱分析目的研究乳腺癌紫杉醇+表柔比星（TE）方案新辅助化疗不同疗效前后血清蛋白质谱变化,寻找疗效预测蛋白。方法分析新辅助化疗不同疗效组在化疗前后的血清蛋白质谱变化;分析新辅助化疗有效和无效组在化疗前的蛋白质谱差异,筛选特异蛋白,建立鉴别TE方案新辅助化疗前有效组与无效组病例的判别模型。结果TE方案新辅助化疗有效组经过化疗后,有7个蛋白含量显着降低,1个蛋白含量显着增高;无效组无显着变化。新辅助化疗有效和无效组在化疗前有13个蛋白峰的含量存在统计学差异（P<0.05）,筛选出m/z为4974、10517、6338、9282和7766的5个蛋白构建决策树分类模型以鉴别TE方案新辅助化疗前有效组与无效组病例,在训练模式下准确率为96.23%（51/53）,敏感性为97.06% （33/34）,特异性为94.74% （18/19）;测试模式下准确率为75.47%（40/53）,敏感性和特异性分别为79.41% （27/34）和68.42 % （13/19）。结论新辅助化疗有效组化疗前后血清蛋白质谱存在差异;以m/z为4974、10517、6338、9282和7766的5个蛋白构建分类模型可以帮助鉴别TE方案新辅助化疗前有效组与无效组病例,有助于化疗疗效预测。四、乳腺癌相关血清差异蛋白综合分析目的了解乳腺癌不同病程中差异蛋白的表达特征,筛选乳腺癌候选血清标志物。方法比较乳腺癌根治性手术前后血清蛋白质谱的变化;比较乳腺癌复发病例与正常对照之间的血清蛋白质谱差异并构建分类模型。综合乳腺癌与正常、乳腺良性疾病之间,有效新辅助化疗及根治性手术前后,以及乳腺癌复发病例的血清蛋白的变化,分析差异蛋白的表达特征,筛选乳腺癌候选血清蛋白标志物。结果乳腺癌根治性手术后早期,只有一个m/z为4974的蛋白峰含量发生显着变化,术后早期立即即下降。乳腺癌复发组与正常对照组有37个蛋白峰的含量存在统计学差异,以质荷比为8518的差异蛋白构建分类模型即可鉴别复发病例,准确性为100%（50/50）,敏感性为100% （20/20）,特异性为100% （30/30）。与正常对照和乳腺良性疾病相比,m/z为4974、4288和7766的蛋白在乳腺癌中呈高表达,在手术后/有效化疗后表达降低,在乳腺癌复发后又呈高表达,与乳腺癌荷瘤状况呈正相关呈正相关。结论根据m/z为8518的单个蛋白在乳腺癌复发病例的高表达,可以较好鉴别乳腺癌复发病例与正常对照,有待进一步研究其在复发前后的变化和意义。以m/z为4974的蛋白在乳腺癌中呈高表达,在手术后早期表达立即降低,在乳腺癌复发后又呈高表达,与乳腺癌荷瘤状况有关,可作为乳腺癌候选血清标志物,有待进一步鉴定。
二、乳腺癌患者血清蛋白质芯片检测（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、乳腺癌患者血清蛋白质芯片检测（论文提纲范文）
（1）乳腺癌转移的蛋白质组学研究及其关键因子的功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 癌症转移的过程及机制 |
| 1.1.1 癌症转移是个多步骤的复杂过程 |
| 1.1.2 癌症转移的机制假说 |
| 1.2 乳腺癌转移 |
| 1.2.1 乳腺癌转移的器官定向性 |
| 1.2.2 乳腺癌转移的研究材料 |
| 1.3 乳腺癌转移的基因组学研究 |
| 1.3.1 基因组学的主要研究方法 |
| 1.3.2 乳腺癌转移的基因组学研究现状 |
| 1.4 乳腺癌转移的蛋白质组学研究 |
| 1.4.1 蛋白质组学概念 |
| 1.4.2 蛋白质组学的研究技术 |
| 1.4.3 乳腺癌转移的蛋白质组学研究进展 |
| 1.5 论文的主要研究内容 |
| 参考文献 |
| 第二章 蛋白质组学研究平台的建立 |
| 2.1 仪器平台的升级——LC‐MS/MS |
| 2.1.1 主机 LTQ |
| 2.1.2 离子源更换 |
| 2.1.3 液相分离系统更换 |
| 2.1.4 自动进样系统更换 |
| 2.2 LC‐MS/MS 的性能鉴定 |
| 2.2.1 试剂及仪器 |
| 2.2.2 溶液配制 |
| 2.2.3 液相管路连接 |
| 2.2.4 实验步骤 |
| 2.2.5 实验结果与讨论 |
| 2.3 蛋白质组学软件平台建立 |
| 2.3.1 数据库搜索软件 |
| 2.3.2 数据筛选软件 |
| 2.3.3 数据整合和分析方法 |
| 2.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 基于血清蛋白质组学研究乳腺癌早期转移的生物标志物 |
| 3.1 引言 |
| 3.1.1 乳腺癌早期转移 |
| 3.1.2 血清蛋白质组学研究 |
| 3.1.3 2D‐LC‐MS/MS |
| 3.1.4 本章研究目标 |
| 3.2 实验材料及方法 |
| 3.2.1 实验试剂及仪器 |
| 3.2.2 实验步骤 |
| 3.3 实验结果与讨论 |
| 3.3.1 本章血清蛋白质组学研究优势 |
| 3.3.2 白蛋白去除效果分析 |
| 3.3.3 质谱数据总览 |
| 3.3.4 分析组间显着差异表达蛋白质 |
| 3.3.5 ELISA 结果证明 TNXB 是乳腺癌早期转移生物标志物 |
| 3.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 基于细胞分泌组学的乳腺癌骨转移关键因子筛选及其功能研究 |
| 4.1 前言 |
| 4.1.1 乳腺癌骨转移 |
| 4.1.2 分泌蛋白质在乳腺癌骨转移中的重要性 |
| 4.1.3 乳腺癌骨定向转移细胞株 |
| 4.1.4 基于细胞系的分泌组学研究 |
| 4.1.5 本章研究目的 |
| 4.2 实验材料和方法 |
| 4.2.1 实验试剂、仪器与材料 |
| 4.2.2 试剂配制 |
| 4.2.3 实验步骤 |
| 4.3 实验结果与讨论 |
| 4.3.1 蛋白质组学分析乳腺癌 MDA231 系列细胞株的分泌蛋白质组 |
| 4.3.2 数据分析筛选乳腺癌骨转移相关蛋白质 |
| 4.3.3 动物水平验证 CST6 在乳腺癌骨转移中的功能 |
| 4.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第五章 基于细胞分泌组学筛选乳腺癌转移中介导机体免疫抑制的关键因子 |
| 5.1 前言 |
| 5.1.1 肿瘤转移与机体免疫抑制 |
| 5.1.2 乳腺癌 4T1 系列细胞株模型 |
| 5.1.3 本章研究目标 |
| 5.2 实验材料与方法 |
| 5.2.1 实验试剂、仪器与材料 |
| 5.2.2 试剂配制 |
| 5.2.3 实验步骤 |
| 5.3 实验结果与讨论 |
| 5.3.1 免疫抑制细胞 MDSCs 与乳腺癌转移密切相关 |
| 5.3.2 分泌组学筛选转移过程中介导体内免疫抑制的关键因子 |
| 5.3.3 验证 G‐CSF 在机体介导免疫抑制中的作用 |
| 5.4 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 主要结论 |
| 6.2 本研究的创新点 |
| 6.3 研究展望 |
| 附录一 缩写与全称 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表的论文、摘要及参与的科研项目 |
（2）宫颈癌早期预警分子指标的血浆蛋白质组学研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 基于二维液相色谱-质谱技术的宫颈病变患者血浆蛋白质组学研究 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 临床标本 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 1.4 化学试剂与耗材 |
| 1.5 专用试剂及缓冲液的配制 |
| 1.6 实验方法 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 第二部分 基于双向荧光差异电泳-质谱技术的宫颈病变患者血浆蛋白质组学研究 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 临床标本 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 1.4 试剂与耗材 |
| 1.5 特殊试剂的制备 |
| 1.6 实验方法 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 第三部分 宫颈癌及癌前病变特异性候选血浆蛋白标志物的生物信息学分析 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 生物信息学分析研究对象 |
| 1.2 生物信息学分析软件 |
| 1.3 实验方法 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 第四部分 宫颈癌及癌前病变特异性候选血浆蛋白标志物的单一指标验证分析 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 研究对象和临床标本 |
| 1.2 ELISA验证分析的候选标记蛋白 |
| 1.3 主要仪器设备 |
| 1.4 试剂与耗材 |
| 1.5 实验方法 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（3）血清蛋白质组学在乳腺癌研究中的应用进展（论文提纲范文）
| 1 血清蛋白质组学 |
| 1.1 定义 |
| 1.2 血清蛋白质组学研究技术 |
| 2 蛋白质组学与乳腺癌的诊断 |
| 3 蛋白质组学与肿瘤的治疗 |
| 4 蛋白质组学与乳腺癌的预后关系 |
| 5 存在的问题及发展方向 |
| 6 前景与展望 |
（4）新疆地区肾癌血清肿瘤标志物的筛查及其维、汉民族差异的研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 新疆地区肾癌患者血清蛋白指纹图谱诊断模型的建立 |
| 1.实验材料和实验方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 生物信息学处理 |
| 1.5 网上蛋白质数据库的查询 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 第二部分 新疆汉族、维吾尔族肾癌血清蛋白质指纹图谱对比研究 |
| 1.实验材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 生物信息学处理 |
| 1.5 网上蛋白质数据库的查询 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 第三部分 肾癌患者手术前与手术后血清蛋白质指纹图谱变化的研究 |
| 1.实验材料和方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 生物信息学处理 |
| 1.5 网上蛋白质数据库的查询 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 全文结论 |
| 创新性 |
| 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 1 |
| 附录 2 |
| 附录 3 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 个人简历 |
| 导师评阅表 |
（5）新疆维吾尔族食管鳞癌蛋白质图谱研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 新疆维吾尔族食管鳞癌血清SELDI蛋白质图谱诊断模型的建立 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 生物信息学处理 |
| 1.5 差异蛋白质峰的数据库查询 |
| 2. 结果 |
| 3. 讨论 |
| 4. 小结 |
| 第二部分 新疆维吾尔族食管鳞癌淋巴结转移的血清蛋白质图谱分析 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 生物信息学处理 |
| 2. 结果 |
| 3. 讨论 |
| 4. 小结 |
| 第三部分 食管癌患者手术前后血清SELDI蛋白质指纹图谱变化的研究 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 质量控制 |
| 1.4 生物信息学处理 |
| 1.5 差异蛋白质峰的数据库查询 |
| 2. 结果 |
| 3. 讨论 |
| 4. 小结 |
| 附 |
| 全文结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 |
| 个人简历 |
| 新疆医科大学博士研究生学位论文导师评阅表 |
（6）蛋白质指纹图谱在乳腺癌个体化新辅助化疗中的应用（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语 |
| 目次 |
| 1 引言 |
| 参考文献 |
| 2 仪器介绍、试剂配制及生物信息学分析软件原理 |
| 2.1 主要仪器设备 |
| 2.2 蛋白质芯片 |
| 2.3 主要试剂 |
| 2.4 常用试剂的配制 |
| 2.5 本研究所涉及的各种软件介绍 |
| 2.6 本实验所采用的生物信息学方法的理论基础 |
| 参考文献 |
| 3 第一部分 血清蛋白质指纹图谱在乳腺癌新辅助化疗疗效预测方面的研究 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 参考文献 |
| 4 第二部分 血清蛋白质指纹图谱在乳腺癌新辅助化疗过程中的动态监测 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 结论 |
| 参考文献 |
| 5 第三部分 血清蛋白质指纹图谱在乳腺癌患者腋窝淋巴结分期方面的研究 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 结论 |
| 参考文献 |
| 6 总结与展望 |
| 6.1 本研究的主要结论 |
| 6.2 本研究的主要创新性 |
| 6.3 展望 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简历及在学期间主持课题和发表论文 |
（8）蛋白质组学技术在小儿肾母细胞瘤临床中的应用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 应用SELDI—TOF—MS技术对肾母细胞瘤患儿血清蛋白标记物筛查 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 血清蛋白标记物在肾母细胞瘤患儿临床分期及预后中的应用 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 肾母细胞瘤血清蛋白质标记物的鉴定 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 总结 |
| 第一部分 应用SELDI—TOF—MS技术对肾母细胞瘤患儿血清蛋白标记物筛查 |
| 第二部分 血清蛋白标记物在肾母细胞瘤患儿临床分期及预后中的应用 |
| 第三部分 肾母细胞瘤血清蛋白质标记物的鉴定 |
| 综述一 蛋白质组学在肿瘤研究中的新进展 |
| 参考文献 |
| 综述二 肾母细胞瘤研究的新进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）血清蛋白质谱模型的建立及在乳腺癌诊断中的应用（论文提纲范文）
| 1 资料与方法 |
| 1.1 一般资料: |
| 1.2 主要仪器及试剂: |
| 1.3 检测与分析: |
| 1.3.1 样品收集与处理: |
| 1.3.2 芯片处理、上样和洗脱: |
| 1.3.3 芯片监测、数据采集和参数设置: |
| 1.4 统计学分析: |
| 2 结果 |
| 2.1 两组蛋白质谱整体比较: |
| 2.2 血清差异蛋白分类树模型图: |
| 2.3 乳腺癌与健康对照女性血清差异蛋白分类树模型的盲筛试验及其诊断价值: |
| 3 讨论 |
（10）基于SELDI-TOF-MS技术的乳腺癌血清蛋白质谱研究（论文提纲范文）
| 英文缩写对照表 |
| 英文摘要 |
| 中文摘要 |
| 论文正文 基于SELDI-TOF-MS 技术的乳腺癌血清蛋白质谱研究 |
| 前言 |
| 第一部分 用SELDI-TOF-MS 检测血清蛋白质谱 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分 乳腺癌与正常对照、乳腺良性疾病血清蛋白质谱的差异和鉴别 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三部分 乳腺癌新辅助化疗相关血清蛋白质谱分析 |
| 材料和方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第四部分 乳腺癌相关血清差异蛋白综合分析 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 全文结语 |
| 全文结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 文献综述 SELDI-TOF-MS 技术在乳腺癌蛋白质组学研究中的现状及展望 |
| 参考文献 |
| 英文论着 |
四、乳腺癌患者血清蛋白质芯片检测（论文参考文献）
- [1]乳腺癌转移的蛋白质组学研究及其关键因子的功能研究[D]. 张燕. 上海交通大学, 2013(08)
- [2]宫颈癌早期预警分子指标的血浆蛋白质组学研究[D]. 郭霞. 新疆医科大学, 2012(05)
- [3]血清蛋白质组学在乳腺癌研究中的应用进展[J]. 朱乾文,郭丽英. 肿瘤基础与临床, 2012(02)
- [4]新疆地区肾癌血清肿瘤标志物的筛查及其维、汉民族差异的研究[D]. 张涛. 新疆医科大学, 2012(01)
- [5]新疆维吾尔族食管鳞癌蛋白质图谱研究[D]. 朱辉. 新疆医科大学, 2011(12)
- [6]蛋白质指纹图谱在乳腺癌个体化新辅助化疗中的应用[D]. 何海飞. 浙江大学, 2011(12)
- [7]血清蛋白质谱诊断模型在乳腺癌辅助诊断中的价值[J]. 应敏刚,陈强,叶韵斌,陈慧菁,陈夏,郑弘宇,吴凡. 中华肿瘤杂志, 2010(09)
- [8]蛋白质组学技术在小儿肾母细胞瘤临床中的应用研究[D]. 张谦. 郑州大学, 2010(06)
- [9]血清蛋白质谱模型的建立及在乳腺癌诊断中的应用[J]. 郑弘宇,吴凡,黄伟炜,叶韵斌,陈强. 福建医药杂志, 2010(01)
- [10]基于SELDI-TOF-MS技术的乳腺癌血清蛋白质谱研究[D]. 梁燕. 第三军医大学, 2009(05)