一、蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究（论文文献综述）
陈新企,周光现,王慧芳,刘瑞子,贾汝敏,赵志辉[1]（2022）在《狮头鹅ESR1基因SNP位点的筛查及生物信息学分析》文中研究说明为了了解ESR1基因的特性及其在狮头鹅群体内的突变情况,试验采用PCR产物直接测序法检测狮头鹅ESR1基因SNP位点,同时通过PCR扩增和测序获得狮头鹅ESR1基因编码区,并对编码区ESR1蛋白和mRNA二级结构进行生物信息学预测分析。结果表明:在狮头鹅群体中,ESR1基因有1个SNP位点,即g.51528279 T>C,该位点为外显子同义突变,且只发现CT、CC两种基因型。ESR1基因突变前后编码蛋白质未发生变化,属于不稳定非跨膜非分泌型亲水蛋白;有卷曲螺旋结构;不存在信号肽。亚细胞定位于细胞核、线粒体、细胞膜、囊泡的分泌系统和细胞质的概率分别为69.6%、13.0%、8.7%、4.3%、4.3%,主要在细胞核中发挥生物学作用;有73个磷酸化位点,1个N-糖基化位点,2个保守结构分别为ZnFC4和HOLI,二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主。ESR1基因突变前后mRNA的最小自由能二级结构未发生改变,但质心二级结构、含有假结结构的mRNA结构、折叠结构、点-括号结果、山地图发生改变,且自由能降低,结构更加稳定。说明狮头鹅ESR1基因多态位点将为通过分子生物学方法提高狮头鹅的产蛋性能提供理论依据,并可用于育种实践的分子标记。
邹紫雯,罗林,刘娟,韩硕,李鑫丽,宛麟,王斯琦,赵志辉,沈冰蕾[2]（2021）在《中国荷斯坦奶牛GPR120基因SNP位点鉴定及其与产奶性能的关联分析》文中认为为研究GPR120基因单核苷酸多态性及其与中国荷斯坦奶牛产奶性能的相关性,选取518头中国荷斯坦奶牛为试验对象,提取其总DNA后,PCR扩增GPR120的3个外显子基因片段,筛选目的片段SNP（single nucleotide polymorphism）位点,进而利用在线软件（RNA fold web server及SOPMA）对突变前后GPR120 mRNA和蛋白质的二级结构进行功能分析,最后统计学分析遗传多态性位点与奶牛产奶性能的相关性。结果显示,在中国荷斯坦奶牛的目标群体中,在GPR120基因第一外显子中共鉴定获得9个SNP位点,其中T100G、G413A、C428T、C904T 4个位点为错义突变。通过关联分析发现其中的G413A位点与305 d日产奶量及乳脂率显着相关（P<0.05）,与乳蛋白率及体细胞评分呈极显着相关（P<0.01）。T873G位点与305 d日产奶量、乳脂率和乳蛋白率具有极显着相关（P<0.01）。表明GPR120第一外显子处的2个SNP位点G413A和T873G与奶牛产奶性状密切相关,在一定程度上影响牛奶产量、乳脂、乳蛋白含量,其可作为影响奶牛泌乳性能的候选分子辅助选择标记,同时该结果为后续GPR120基因在中国荷斯坦奶牛乳脂合成中的调节机制研究奠定基础。
施凯文[3]（2021）在《人lncRNA稳定性影响因素的全转录组水平研究》文中研究表明新陈代谢对于生物体十分重要,转录本从生成到降解的代谢过程对于生物体而言具有重要意义,但就单个转录本而言,不同转录本之间的稳定性又存在显着差异,并且转录本的稳定性与其生物学功能密切相关。无论是转录本不稳定导致细胞内含量过低,还是转录本过度稳定引起的异常累积,对生物体而言都是不利的。那么,数量如此庞大的转录本,生物体内有哪些因素影响转录本的稳定性呢?目前对mRNA的稳定性有了比较深入的研究,影响mRNA稳定性的因素主要有ARE元件、RNA修饰和NMD介导的降解通路等。但对人的长非编码RNA（lncRNA）来说,其在生物体内的降解方式了解较少。lncRNA作为一类不编码蛋白质的RNA,参与了细胞内X染色体沉默、基因印记、染色质修饰、基因转录激活和抑制等多种生物学过程,其稳定性对于生物体十分重要。所以,研究lncRNA在体内的稳定性对于后续研究lncRNA的调控功能具有重要意义。然而,当前对于人体内lncRNA稳定性方面的研究较少,特别是缺乏大样本量的数据集以及对lncRNA稳定性的系统分析。为了解决这一问题,首先,本文以人肺癌细胞A549为研究对象,通过抑制细胞转录与高通量测序相结合的方法,获得了33285个lncRNA和24710个mRNA的半衰期数据,以及细胞核特异的5758个lncRNA和13093个mRNA、细胞质特异的1515个lncRNA和9833个mRNA和细胞核质共有的491个lncRNA和2496个mRNA的半衰期数据集,并通过三次重复实验以及随机采样策略的计算方法,确保了半衰期数据集的可靠性。然后,利用Spearman相关性分析研究了lncRNA和mRNA稳定性与外显子数、lncRNA分类,转录本二级结构、细胞核质定位、mi RNA-RNA相互作用和蛋白质-RNA相互作用等因素之间的关系,并获得下列结果:（1）lncRNA和mRNA稳定性与外显子个数密切相关;（2）转录本的核质定位对转录本稳定性没有显着影响,导致细胞核内转录本稳定性低于细胞质内转录本稳定性的原因是由转录本本身等因素决定,而非核质定位所致;（3）基于motif的蛋白质-RNA或RNA-RNA相互作用将大概率促进单外显子lncRNA稳定性并降低多外显子mRNA稳定性;（4）转录本二级结构等因素以非线性方式影响lncRNA和mRNA稳定性。最后,为了更好地展示稳定性与各因素之间的相关性,构建了lncRNA和mRNA稳定性与多种影响因素之间的调控网络,清晰地展示了lncRNA与mRNA调控方式的不同。最后,运用线性回归和基于深度学习的非线性回归方法构建了lncRNA和mRNA半衰期预测模型。总之,为系统研究人lncRNA稳定性,本研究首先测定了人全转录组水平的半衰期数据集,并基于多种统计学方法研究了lncRNA和mRNA稳定性与多种影响因素之间的关系。这些工作将有助于了解影响lncRNA稳定性的相关因素,为未来lncRNA的生物学代谢研究提供研究基础。
娄欣宇[4]（2021）在《谷氨酸脱羧酶的分子改造：提高热稳定性和表达水平》文中提出谷氨酸脱羧酶（GAD）是生物法合成γ-氨基丁酸（GABA）的关键酶,其热稳定性和制备成本对酶的应用至关重要。为了提高GAD的热稳定性、降低酶的制备成本,本文以短乳杆菌来源的GAD1407为研究对象,首先采用多重序列比对的方法分析了与GAD热稳定性相关的氨基酸残基,通过定点突变提高了酶的热稳定性和催化活性。然后通过共进化分析识别了与关键位点相关的共进化网络,并考察了网络中其他氨基酸残基突变对酶热稳定性和催化活性的影响。此外,通过同义密码子替换,对GAD mRNA在N端的二级结构进行分子改造,使GAD的表达水平得到了显着提高。主要的研究结果如下:（1）采用ClustalW算法对不同耐热性的GAD1407同源酶进行多重序列比对分析,确定了可能有助于提高GAD热稳定性的分子改造方案,通过定点突变构建了 5个突变酶R94G、T121H、M316F、I318L、H322R。最佳突变酶H322R的半失活温度T5015和半衰期t1/2分别为65.44℃和102.17 min,与父本酶相比分别提高了 4.14℃和73.4 min,而且其比活力较父本酶提升了 20%。分子动力学模拟结果显示,H322R突变不仅增强了辅因子磷酸吡哆醛（PLP）结合域的整体刚性,还提高了由氨基酸残基308-312构成的无规卷曲（loop）的柔性——该loop对催化活性有重要影响,这可能是该突变酶的热稳定性和比活力都得到提高的关键原因。此外,通过分析突变酶局部区域的构象变化发现,在H322位点引入精氨酸增强了周围残基之间的极性相互作用,使它们的空间排布更加紧密,形成了新的氢键与稳定盐桥,这可能是热稳定性得到提高的另一个重要原因。（2）借助EVcouplings服务器,采用plmDCA算法对关键位点H322进行共进化分析,推测该位点的共进化残基为M316和E99。在此基础上,对H322R的316位点进行了定点饱和突变,筛选得到的 M316C-H322R、M316V-H322R、M316I-H322R、M316L-H322R四个突变酶的热稳定性高于父本酶但均低于单突变酶H322R,而且催化活性均有不同程度的下降。这表明316位点对GAD1407的热稳定性有重要作用,也证明了通过共进化网络筛选关键位点的准确性。通过分子动力学模拟分析发现,催化关键区域loop（残基308-312）的柔性下降和整体结构的刚性下降分别是双位点突变酶催化活力和热稳定性较单突变酶下降的主要原因。（3）通过DNAMAN软件分析了 GAD mRNA在N端的二级结构,并以降低N端二级结构自由能为指导思想,通过同义突变构建了一系列氨基酸序列相同、但mRNA的N端序列存在差异的突变体。结果发现,突变体G27A、G27T、A12G/T18A和T18A/G27T对应的GAD蛋白质表达总量得到显着提高,而且最佳突变体G27A的重组表达活性提高了 67%以上,这表明降低mRNA的N端二级结构自由能可以有效提高蛋白质的重组表达水平。
姜涛,秦雅晶,罗皎兰,米小梅,王进千,刘丽霞[5]（2021）在《务川黑牛TLR2基因的单核苷酸多态性（SNP）筛查及生物信息学分析》文中进行了进一步梳理采用DNA混合池扩增后直接测序的方法,对务川黑牛TLR2基因的单核苷酸多态性（SNP）位点进行筛查,并利用生物信息学软件预测各SNP位点对TLR2基因mRNA和蛋白质结构的影响。结果表明,务川黑牛TLR2基因共有18个SNP位点,其中有9个位点是错义突变,分别导致相应的氨基酸发生改变。生物信息学分析发现,T978A、G1010A和G1688A位点导致mRNA自由能升高,降低了mRNA二级结构稳定性,其余位点均导致自由能降低,增加了mRNA二级结构稳定性。预测结果显示,务川黑牛TLR2基因各SNP位点的蛋白质二级结构和三级结构也相应发生了改变。研究结果可为务川黑牛TLR2基因的深入研究提供基础资料,为务川黑牛抗病分子标记筛选提供理论基础。
肇涛澜,张硕,钱文峰[6]（2020）在《翻译延伸的顺式调控机理与生物学效应》文中认为翻译延伸是核糖体将信使RNA （mRNA）蕴含的遗传信息解码为蛋白质的有序过程,是细胞维持基本代谢活动的核心步骤。多种人类疾病（如神经退行性疾病、癌症等）都与翻译延伸的异常有关。翻译延伸作为中心法则的关键步骤曾是现代分子生物学研究的重点内容,然而方法学上的限制却阻碍了对其动态过程以及调控规律的进一步研究。近年来,对翻译延伸调控相关方法的突破让与其相关的生命科学研究获得了长足的发展,尤其是近10年来的研究揭示了翻译延伸的复杂调控机理和多种生物学效应,为理解蛋白表达调控和疾病发生的关联提供了新的理论视角。本文在总结翻译延伸研究方法的基础上,重点探讨了顺式调控元件（mRNA与新生肽链序列）对局部翻译延伸速率的调控作用,同时列举了翻译延伸调控对模板mRNA和蛋白质产物功能的影响,包括mRNA稳定性、蛋白质的合成与降解、蛋白质亚细胞定位以及蛋白质共翻译折叠等,以期吸引生命科学各领域的学者共同参与翻译延伸领域的研究。
陈来运,袁超,孙晓萍,刘建斌,牛春娥,杨博辉[7]（2019）在《4个绵羊品种FSHR基因多态性与生物信息学分析》文中进行了进一步梳理旨在探究4个绵羊品种的多胎性状分子遗传机制,以高山美利奴羊、青海细毛羊、中国美利奴羊和敖汉细毛羊为研究对象,通过分析全基因组测序结果对4个绵羊品种FSHR基因外显子单核苷酸多态性进行筛选,利用专门软件预测单核苷酸多态性对FSHR基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构的影响。研究发现,高山美利奴羊、中国美利奴羊、敖汉细毛羊FSHR基因在外显子上分别存在3个SNPs（T904G、C975T、G1572A）、7个SNPs（G149A、G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A）、6个SNPs（G813A、T817C、T904G、C975T、T1234C、G1572A）,青海细毛羊FSHR基因在外显子上不存在突变位点。生物信息学分析发现,试验所检测到的7个SNPs中T817C、T904G、T1234C导致mRNA的二级结构和最小自由能发生改变,G813A引起最小自由能改变,而未引起mRNA二级结构发生改变,G149A、C975T与G1572A未引起最小自由能与mRNA的二级结构发生改变。5个错义突变位点（G149A、G813A、T904G、C975T、G1572A）均导致编码蛋白质二级结构与三级结构发生改变。
谢卫霞[8]（2019）在《固有无序蛋白无序区分析与识别的研究》文中研究指明在天然状态下,固有无序蛋白是没有稳定的三维空间结构,但依然能行使正常的生物学功能的一类蛋白质,许多具有这种性质的蛋白质在实验中被发现,和蛋白质的传统范式不同,因此被称为天然无序蛋白质。而固有无序蛋白主要在无序区域发挥功能,该区域分布着很多功能位点。因此,预测与分析固有无序蛋白无序区域成为热点问题。本文根据DisProt数据库,其基于分子功能将固有无序蛋白分为分子伴侣、分子组装、分子识别抗氧剂、熵链、位点修饰、分子识别效应器6大类,我们选取6类分子功能的无序区序列作为研究对象,建立了 6个子数据库。然后,在6个子数据库中分别提取氨基酸指数、密码子、蛋白质二级结构、化学位移四种特征信息,并利用支持向量机（SVM）算法,从分子功能角度来预测和分析固有无序蛋白的无序区域。通过jackknife检验,结果如下:1)在以上4种单一特征信息中,化学位移特征信息的预测结果最优,总预测精度达到99.29%;2)在特征融合中,当密码子,二级结构特征信息分别与氨基酸指数特征信息融合时,总预测精度分别达到了 39.92%、42.94%;当二级结构特征信息与氨基酸指数和密码子特征信息融合后,总体预测精度达到了 41.73%。相较于单特征的预测,特征融合后,精度都有所提升。另外,我们也基于DisProt数据库,依据其6类分子功能,选取每一类功能中每条有序与无序区结合区域左右两侧5个氨基酸残基作为研究对象;然后利用方差分析分别统计6类分子功能中有序与无序区结合区域处20种氨基酸以及6类亲疏水性氨基酸分布的差异。结果表明:不同分子功能的固有无序蛋白在有序与无序区结合区域处的氨基酸含量及亲疏水特性都存在着较显着差异。在固有无序蛋白6类分子功能中,氨基酸（D、G、H、I、P、S、T、Y）在有序区的分布存在差异;而氨基酸（D、G、V）在无序区的分布存在差异。而在6类亲疏水性氨基酸中,强疏水性氨基酸（L、I、V、A、M、F）和弱疏水性或弱亲水性氨基酸（S、T、Y、W）以及脯氨酸P和甘氨酸G在有序区的分布存在差异;而甘氨酸G在无序区的分布存在差异。
闫尊强[9]（2019）在《C型产气荚膜梭菌性腹泻仔猪脾脏lncRNA、mRNA和miRNA测序及功能分析》文中研究指明腹泻是导致仔猪死亡的常见传染性肠道疾病,对养猪业造成了极大的经济损失,已成为阻碍养猪业健康发展的绊脚石。C型产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens type C,C.perfringens type C）是引起仔猪细菌性腹泻的常见病原菌之一,该菌经消化道感染仔猪,在其肠道中大量繁殖,所产生的毒素破坏肠道组织并经体液循环系统运输而损害远端器官（如脾脏）,从而引起仔猪腹泻及全身性器官的损伤。接种疫苗和使用抗生素可一定程度上减少并控制仔猪C型产气荚膜梭菌性腹泻的发生,但无抗和绿色健康养殖成为未来养殖业发展的方向之一,养殖过程中需尽可能减少药物对环境的污染以及猪只对疫苗和药物的依耐性。另外,脾脏lncRNA（long non-coding RNA）、mRNA和miRNA（microRNA）在大肠杆菌和沙门氏菌引起仔猪腹泻的过程中起重要调控功能,然而有关脾脏lncRNA、mRNA和miRNA在仔猪感染C型产气荚膜梭菌导致腹泻的调控机制研究较少。因此,从仔猪腹泻的调控机制着手,找出抵抗C型产气荚膜梭菌的相关分子,培育出抵抗C型产气荚膜梭菌的猪品系将成为防治仔猪腹泻的新途径。本研究选取30头7日龄仔猪为研究对象,随机选取5头仔猪作为对照组（SC）,其余25头仔猪进行C型产气荚膜梭菌口服攻毒试验,根据腹泻总评分（由低到高）挑选前5头和后5头仔猪分别作为耐受组（SR）及易感组（SS）,进一步利用RNA-Seq技术对SC、SR和SS三组仔猪脾脏组织进行测序及生物信息学分析,获得SC、SR和SS三组仔猪脾脏差异表达的lncRNA、mRNA和miRNA分子,并对这些差异表达分子进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,对重要的信号通路和关键分子进行系统研究,以期为揭示lncRNA、mRNA和miRNA在C型产气荚膜梭菌性腹泻过程中的调控机制提供参考。主要研究结果如下:（1）对拼接得到的184539条转录本进行后续筛选,在SC、SR和SS三组中共得到2056个新lncRNA（novel lncRNA）,包括1811个基因间型lncRNA（large intergenic lncRNA,lincRNA）和245个反义型lncRNA（antisenselncRNA）,鉴定到了2144个已知lncRNA（annotated lncRNA）和4324个新mRNA（novel mRNA）。（2）鉴定出的新lncRNA与数据库ALDB中已知lncRNA具有非常相似的基因组特征,与已注释的蛋白编码基因相比较,这些新lncRNA具有更少的外显子数、较长的转录本、更短的开放阅读框、较低的表达量、更低的蛋白编码潜能和序列保守性不强等特点。（3）使用miRNA测序方法在15个脾脏样本中共获得338条已知miRNA成熟体（mature miRNA）,对应295条miRNA前体（Pre-miRNA）,得到514条新miRNA成熟体（novel mature miRNA）,对应257条miRNA前体。（4）SC、SR和SS三组仔猪脾脏差异表达lncRNA、mRNA和miRNA的层次聚类图发现感染C型产气荚膜梭菌的SR和SS两组仔猪聚类在一起,说明两组的表达模式较为相近。（5）仔猪C型产气荚膜梭菌抗性和易感性个体间筛选出了19个差异表达lncRNA（上调9个和下调10个）,基于cis和trans机制对这些差异表达lncRNA的靶基因进行了预测,cis机制预测出C型产气荚膜梭菌抗性和易感性仔猪个体间差异表达lncRNA上下游共存在23个靶基因,trans机制预测出93个与差异表达lncRNA存在显着相关性的靶基因;靶基因富集的GO功能主要有自然杀伤性T细胞的激活（NK T cell activation）、2型免疫反应的调控、（Regulation of type 2 immune response）、抵抗细菌（Defense response to bacterium）等,靶基因富集的KEGG信号通路主要包括自噬调控（Regulation of autophagy）、A型流感（Influenza A）、炎症性肠道疾病（Inflammatory bowel disease）等,差异表达lncRNA靶基因富集的这些GO功能和KEGG信号通路与C型产气荚膜梭菌性腹泻密切相关。（6）仔猪C型产气荚膜梭菌抗性和易感性个体间筛选出了123个差异表达mRNA（上调43个和下调80个）,差异表达mRNA主要富集在与免疫应答、疾病相关的GO功能和KEGG信号通路,如GO功能有免疫系统生物学过程（Immune system process）、防御反应（Defense response）、先天性免疫应答（Innate immune response）、抵抗病毒（Response to virus）;KEGG信号通路有阿米巴病（Amoebiasis）、A型流感（Influenza A）、荨麻疹（Measles）、军团杆菌病（Legionellosis）、细胞核因子酉乙蛋白（NF-kappa B）等,这些GO功能和KEGG信号通路可能与仔猪对C型产气荚膜梭菌的易感性和抗性有关。（7）仔猪C型产气荚膜梭菌抗性和易感性个体间筛选出了56个差异表达miRNA（上调21个和下调35个）,这些miRNA靶基因主要富集在免疫T细胞增殖（Immature T cell proliferation）、防御应答调控（Regulation of defense response）等GO功能,这些差异表达miRNA可能调控靶基因在仔猪感染C型产气荚膜梭菌过程中起关键作用。（8）结合靶基因预测和功能分析,筛选出了2个与C型产气荚膜梭菌抗性相关的重要lncRNA,即ALDBSSCT0000006918和ALDBSSCT0000007366,均位于猪第3号染色体上,属于lincRNA类型,这两个lncRNA靶基因（如GADD45G、IL12A）富集的KEGG信号通路有丝裂原活化蛋白激酶（Mitogenactivated protein kinase,MAPK）、Toll样受体（Toll like receptor）等,说明SR与SS组间差异表达的ALDBSSCT0000006918和ALDBSSCT0000007366靶向调控其靶基因参与这些免疫信号通路来抵抗C型产气荚膜梭感染。（9）结合靶基因预测和功能分析,筛选出了4个与C型产气荚膜梭菌密切相关的关键miRNA,即miR-133b、miR-532-3p、miR-339-5p和miR-331-3p,其中SR组下调表达的miR-133b与上调表达的miR-532-3p能调控其靶基因NFATC4的表达水平,SS组上调表达的miR-339-5p和miR-331-3p能调控靶基因TNFAIP8L2的表达量,miR-339-5p靶向调控基因HTRA3的表达量,进而影响下游免疫基因和细胞因子基因的表达,这些腹泻抗性相关miRNA可能调控C型产气荚膜梭菌引起仔猪腹泻的免疫反应,是仔猪抵抗该病菌的关键靶点。总之,我们研究了C型产气荚膜梭菌抗性和易感性仔猪脾脏中差异表达lncRNA、mRNA及miRNA分子,经过生物信息学预测及功能分析,挖掘出了2个关键lncRNA（ALDBSSCT0000006918和ALDBSSCT0000007366）及4个重要miRNA（miR-133b、miR-532-3p、miR-339-5p和miR-331-3p）,它们与抵抗C型产气荚膜梭菌感染仔猪的生物学过程密切相关,今后需在细胞水平进一步验证它们的具体调控机制,该研究为培育出抵抗C型产气荚膜梭菌的猪品系提供了一定的理论依据。
徐亦淳[10]（2021）在《毕赤酵母密码子偏好对蛋白表达、分泌和结构的影响》文中指出生物细胞中的蛋白表达被证明受到多种因素调控,其中密码子偏好一直以来都是决定蛋白翻译速率的重要因素。近年来随着密码子偏好机制的研究的不断深入,编码基因的密码子选择被证明还对翻译以外的多种层面如转录、蛋白共翻译折叠等有重要意义。毕赤酵母（Pichia pastoris）表达系统凭借众多优势,被广泛应用于表达外源重组蛋白。而在工程应用中,外源基因的密码子优化是常见的第一步骤策略。本课题的研究目的在于挖掘毕赤酵母具有何种独特的密码子偏好,以及这些偏好性的生物学意义。本课题首先根据毕赤酵母基因组信息和RNA-seq结果计算了 tRNA适应指数（tRNA adaption index,tAI）,密码子使用频率（Codon usage index,cui）,同义密码子相对使用频率（Relative synonymous codon usage,RSCU）和密码子适应指数（Codon adaption index,CAI）等参数。通过比较多个物种中tAI和cu,的相关性,揭示毕赤酵母基因组相对更偏好使用高翻译速度的密码子。接下来对广泛应用于毕赤酵母分泌表达的α信号肽进行密码子优化与去优化实验,融合表达报告蛋白淀粉酶（aF-AmyA）以比较分泌效率。我们发现N端大量稀有密码子的使用会降低整体蛋白表达量,但是N端前20个密码子若选择最优密码子,对蛋白表达的贡献却不大。此外,α信号肽的密码子选择对分泌效率影响不大。比较毕赤酵母和酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）基因组中稀有密码子的使用频率,发现与酿酒酵母相比,5’端偏好稀有密码子的区域长度较短。除信号肽区域外,我们也分析了非信号肽区域的密码子选择对基因表达及功能的影响。根据毕赤酵母基因组CAI的分布,我们选择了三个低CAI、高二级结构混乱度的基因,PASchr2-20376（EAF7）,PASchr2-10233（RRM）和PASchr2-20432（ATG13）作为研究对象。根据毕赤酵母基因组的CAI参数,设计了密码子优化序列opt-EAF7,opt-ATG13,optC-ATG13,opt-RRM和optC-RRM,并构建PGAP驱动的转基因表达菌株。我们发现密码子偏好不同程度地调控了它们的mRNA水平和蛋白水平,并且对蛋白结构有调控作用。作为一种正在快速发展和兴起的底盘细胞和表达系统,越来越多的学者使用毕赤酵母表达外源蛋白或基因簇,外源基因的密码子优化是基因成功表达的第一步。本课题发现毕赤酵母基因组显着偏好优化密码子,同时,稀有密码子在某些基因中起到了调控基因表达和蛋白结构的作用。本课题对密码子工程基础上的毕赤酵母表达系统优化有重要意义。
二、蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究（论文提纲范文）
（1）狮头鹅ESR1基因SNP位点的筛查及生物信息学分析（论文提纲范文）
| 1 材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要试剂及仪器 |
| 2 方法 |
| 2.1 全基因组DNA的提取及质量检测 |
| 2.2 引物的设计和PCR扩增 |
| 2.3 狮头鹅ESR1基因混池的SNP位点筛查 |
| 2.4 狮头鹅ESR1蛋白编码区的生物信息学分析 |
| 2.5 狮头鹅ESR1基因编码区mRNA二级结构的生物信息学分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 DNA质量检测 |
| 3.2 狮头鹅ESR1基因PCR扩增 |
| 3.3 狮头鹅ESR1基因混池SNP位点筛查 |
| 3.4 狮头鹅ESR1基因个体验证 |
| 3.5 等位基因频率、基因型频率及哈代-温伯格定律数据分析 |
| 3.6 狮头鹅ESR1蛋白编码区的生物信息学分析 |
| 3.6.1 ESR1蛋白的理化性质分析 |
| 3.6.2 ESR1蛋白疏水性分析 |
| 3.6.3 ESR1蛋白卷曲螺旋结构分析 |
| 3.6.4 ESR1蛋白信号肽与跨膜区域分析 |
| 3.6.5 ESR1蛋白亚细胞定位分析 |
| 3.6.6 ESR1蛋白磷酸化位点分析 |
| 3.6.7 ESR1蛋白糖基化位点分析 |
| 3.6.8 ESR1蛋白结构域分析 |
| 3.6.9 ESR1蛋白二级结构预测 |
| 3.6.10 ESR1蛋白三级结构预测 |
| 3.7 ESR1基因编码区mRNA二级结构生物信息学分析 |
| 3.7.1 mRNA最小自由能与质心二级结构分析 |
| 3.7.2 mRNA二级结构山地图分析 |
| 3.7.3 含有假结结构的mRNA二级结构分析 |
| 3.7.4 折叠结构分析 |
| 3.7.5 mRNA二级结构点-括号分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 ESR1基因多态性分析 |
| 4.2 ESR1蛋白编码区生物信息学分析 |
| 4.3 ESR1基因编码区mRNA二级结构生物信息学分析 |
| 5 结论 |
（2）中国荷斯坦奶牛GPR120基因SNP位点鉴定及其与产奶性能的关联分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品采集 |
| 1.2 基因组DNA提取 |
| 1.3 引物设计与PCR扩增 |
| 1.4 序列测定与分析 |
| 1.5 PCR-RFLP分析 |
| 1.6 数据统计分析 |
| 1.7 连锁分析 |
| 1.8 统计分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 中国荷斯坦奶牛GPR120基因PCR扩增结果 |
| 2.2 中国荷斯坦奶牛GPR120基因SNP检测 |
| 2.3 中国荷斯坦奶牛GPR120基因mRNA二级结构预测 |
| 2.4 中国荷斯坦奶牛GPR120基因蛋白二级结构预测 |
| 2.5 PCR-RFLP结果分析 |
| 2.6 GPR120基因SNP位点的基因型频率和等位基因频率分析 |
| 2.7 GPR120基因SNP位点的遗传参数分析 |
| 2.8 GPR120基因SNP位点与产奶性状的关联分析 |
| 2.9 GPR120基因SNP位点连锁分析 |
| 3 讨论 |
（3）人lncRNA稳定性影响因素的全转录组水平研究（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 研究背景 |
| 2 mRNA与 lncRNA稳定性研究现状 |
| 2.1 mRNA稳定性研究现状 |
| 2.1.1 mRNA稳定性的生物学意义 |
| 2.1.2 mRNA降解的三种途径 |
| 2.1.3 核酸酶降解mRNA的多种途径 |
| 2.1.4 多种因素影响mRNA稳定性 |
| 2.2 lncRNA稳定性研究现状 |
| 2.2.1 lncRNA稳定性的生物学意义 |
| 2.2.2 小鼠lncRNA稳定性影响因素 |
| 2.2.3 人lncRNA稳定性影响因素 |
| 3 本文的立项依据 |
| 3.1 lncRNA稳定性对研究转录后调控和功能有重要意义 |
| 3.2 目前尚缺乏人lncRNA大样本量降解谱数据集 |
| 3.3 现有的对lncRNA稳定性影响因素研究具有局限性 |
| 4 研究思路与研究方法 |
| 4.1 基于高通量测序构建lncRNA与 mRNA半衰期数据集 |
| 4.2 系统分析lncRNA半衰期与稳定性影响因素之间的相关性 |
| 5 研究的创新性和理论意义 |
| 第一章 基于高通量测序的lncRNA降解谱数据集构建 |
| 1 概述 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 构建全转录组水平的lncRNA与 mRNA降解谱数据集 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 细胞培养 |
| 2.1.3 抑制转录 |
| 2.1.4 收取细胞 |
| 2.1.5 细胞RNA提取与检测 |
| 2.1.6 高通量测序 |
| 2.2 构建细胞核、细胞质特异lncRNA与 mRNA降解谱数据集 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 细胞培养 |
| 2.2.3 抑制转录 |
| 2.2.4 分离细胞核细胞质 |
| 2.2.5 提取细胞核与细胞质蛋白 |
| 2.2.6 提取细胞核与细胞质RNA |
| 2.2.7 反转录与qPCR检测 |
| 2.2.8 Western blot检测 |
| 2.2.9 高通量测序 |
| 3 结果 |
| 3.1 构建lncRNA与 mRNA降解谱数据集 |
| 3.2 构建细胞核、细胞质特异的lncRNA与 mRNA降解谱数据集 |
| 3.2.1 Western blot和 qPCR鉴定核质分离 |
| 3.2.2 测序结果 |
| 4.总结与讨论 |
| 第二章 多种策略计算获得lncRNA半衰期数据集 |
| 1 概述 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 数据 |
| 2.2 随机采样策略计算RNA半衰期 |
| 2.3 采用两种策略计算细胞核质内RNA半衰期 |
| 3 结果 |
| 3.1 构建lncRNA与 mRNA半衰期数据集 |
| 3.2 不同半衰期的 mRNA编码基因的GO注释分析 |
| 4 总结与讨论 |
| 第三章 系统解析影响lncRNA稳定性因素 |
| 1 概述 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 数据来源 |
| 2.1.1 半衰期数据来源 |
| 2.1.2 lncRNA与 mRNA外显子数据来源 |
| 2.1.3 lncRNA分类数据来源 |
| 2.2 分析方法 |
| 2.2.1 统计学分析 |
| 2.2.2 RNA二级结构预测 |
| 2.2.3 mi RNA靶标预测 |
| 2.2.4 lncRNA-蛋白质结合motif分析 |
| 2.2.5 Kmer组成计算 |
| 2.2.6 半衰期预测模型构建 |
| 3 结果 |
| 3.1 lncRNA半衰期与其表达水平的关系 |
| 3.2 基于外显子数的lncRNA稳定性分析 |
| 3.3 基于lncRNA分类的lncRNA稳定性分析 |
| 3.4 lncRNA半衰期与其长度、GC含量、二级结构之间的关系 |
| 3.5 基于细胞核质定位的lncRNA稳定性分析 |
| 3.6 基于miRNA靶标预测的lncRNA稳定性分析 |
| 3.7 基于蛋白质-lncRNA相互作用的lncRNA稳定性分析 |
| 3.8 基于Kmer组成的lncRNA稳定性分析 |
| 3.9 lncRNA稳定性综合分析 |
| 4 总结与讨论 |
| 第四章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A 数据集 |
| 附录 B 相关代码 |
| 作者在学期间取得的学术成果 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
| 附件 |
（4）谷氨酸脱羧酶的分子改造：提高热稳定性和表达水平（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 致谢 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 γ-氨基丁酸 |
| 1.1.1 GABA的结构和性质 |
| 1.1.2 GABA的生理功能及其应用 |
| 1.1.3 GABA的制备 |
| 1.2 谷氨酸脱羧酶 |
| 1.2.1 GAD的催化机理 |
| 1.2.2 GAD的结构特征 |
| 1.2.3 GAD分子改造进展 |
| 1.3 酶分子改造策略 |
| 1.3.1 非理性设计 |
| 1.3.2 理性设计 |
| 1.3.3 半理性设计 |
| 1.4 大肠杆菌中重组蛋白的表达调控策略 |
| 1.4.1 选择合适的表达宿主 |
| 1.4.2 优化培养条件 |
| 1.4.3 调控转录过程 |
| 1.4.4 调控翻译过程 |
| 1.5 研究目的和主要研究内容 |
| 第二章 基于多重序列比对和定点突变改造GAD热稳定性 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验仪器与材料 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 菌株与质粒 |
| 2.2.3 实验材料 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 同源序列比对 |
| 2.3.2 定点突变引物设计 |
| 2.3.3 突变体的构建 |
| 2.3.4 突变酶的诱导表达及分离纯化 |
| 2.3.5 SDS-PAGE电泳分析 |
| 2.3.6 酶的超滤浓缩 |
| 2.3.7 纯化产物蛋白质浓度测定 |
| 2.3.8 突变酶的初筛 |
| 2.3.9 酶学性质的测定 |
| 2.3.10 分子动力学模拟 |
| 2.4 结果与讨论 |
| 2.4.1 同源序列比对确定突变位点 |
| 2.4.2 突变酶的表达和纯化 |
| 2.4.3 突变酶的初筛 |
| 2.4.4 突变酶H322R酶学性质的进一步考察 |
| 2.4.5 分子动力学模拟及构效关系分析 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 共进化网络分析指导的GAD热稳定性改造 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验仪器与材料 |
| 3.2.1 实验仪器 |
| 3.2.2 菌株与质粒 |
| 3.2.3 实验材料 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 H322位点的共进化网络分析 |
| 3.3.2 饱和突变文库的构建 |
| 3.3.3 饱和突变文库的初筛与复筛 |
| 3.3.4 突变酶的诱导表达及分离纯化 |
| 3.3.5 SDS-PAGE电泳分析 |
| 3.3.6 酶的超滤浓缩 |
| 3.3.7 纯化产物蛋白浓度测定 |
| 3.3.8 酶学性质的测定 |
| 3.3.9 分子动力学模拟 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 H322位点的共进化网络分析 |
| 3.4.2 饱和突变文库的初筛与复筛 |
| 3.4.3 突变酶的SDS-PAGE分析 |
| 3.4.4 酶学性质的测定 |
| 3.4.5 分子动力学模拟及构效关系分析 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 引入同义突变改变mRNA的N端序列提高GAD表达水平 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验仪器与材料 |
| 4.2.1 实验仪器 |
| 4.2.2 菌株与质粒 |
| 4.2.3 实验材料 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 GAD mRNA二级结构自由能计算 |
| 4.3.2 定点突变引物设计 |
| 4.3.3 突变体的构建 |
| 4.3.4 突变体的诱导表达 |
| 4.3.5 突变体的SDS-PAGE分析 |
| 4.3.6 突变体的酶活测定 |
| 4.4 结果与讨论 |
| 4.4.1 N端mRNA二级结构分析 |
| 4.4.2 PCR产物的电泳分析 |
| 4.4.3 N端mRNA序列改造效果 |
| 4.4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
（5）务川黑牛TLR2基因的单核苷酸多态性（SNP）筛查及生物信息学分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 引物设计 |
| 1.3 DNA混合池的构建与PCR扩增 |
| 1.4 序列测定与分析 |
| 1.5 等位基因频率计算 |
| 1.6 生物信息学分析软件 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 务川黑牛TLR2基因PCR扩增结果 |
| 2.2 务川黑牛TLR2基因测序结果 |
| 2.3 SNP位点等位基因频率估算 |
| 2.4 务川黑牛TLR2基因m RNA二级结构预测与分析 |
| 2.5 务川黑牛TLR2基因蛋白二级结构预测与分析 |
| 2.6 务川黑牛TLR2基因蛋白三级结构预测与分析 |
| 3 讨论 |
（6）翻译延伸的顺式调控机理与生物学效应（论文提纲范文）
| 1 翻译延伸的研究方法 |
| 1.1 核糖体结构解析 |
| 1.2 生化动力学研究法 |
| 1.3 报告基因检测法 |
| 1.4 核糖体印迹测序(ribo-seq)法 |
| 2 翻译延伸的调控机理 |
| 2.1 mRNA序列对翻译延伸的调控作用 |
| 2.1.1 同义密码子使用对翻译延伸的调控作用 |
| 2.1.2 mRNA二级结构对翻译延伸的调控作用 |
| 2.2 氨基酸序列对翻译延伸的调控作用 |
| 2.2.1 肽键形成速率对翻译延伸的调控作用 |
| 2.2.2 新生肽链序列对翻译延伸的调控作用 |
| 3 翻译延伸的生物学效应 |
| 3.1 翻译延伸中止的生物学效应 |
| 3.1.1 核糖体关联的蛋白质质量控制RQC |
| 3.1.2 非行进性降解NGD |
| 3.2 翻译延伸暂停的生物学效应 |
| 3.2.1 调控蛋白质表达水平 |
| 3.2.2 调控mRNA稳定性 |
| 3.2.3 调控蛋白质亚细胞定位 |
| 3.2.4 调控蛋白质折叠 |
| 4 结语与展望 |
（7）4个绵羊品种FSHR基因多态性与生物信息学分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 全基因组测序 |
| 1.2.2 FSHR基因多态位点筛选 |
| 1.2.3 FSHR基因多态位点遗传多样性分析 |
| 1.2.4 生物信息学分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 4个绵羊品种FSHR基因外显子SNPs筛选 |
| 2.2 4个绵羊品种多态位点统计学分析 |
| 2.3 FSHR基因的RNA二级结构分析 |
| 2.4 FSHR基因多态位点蛋白质二级结构预测 |
| 2.5 FSHR基因多态位点蛋白质三级结构预测 |
| 3 讨论 |
（8）固有无序蛋白无序区分析与识别的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 固有无序蛋白的研究背景及意义 |
| 1.2 固有无序蛋白国内外研究现状 |
| 1.3 论文的主要的研究内容及成果 |
| 1.4 论文的组织安排 |
| 2 固有无序蛋白无序区的预测研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 数据集 |
| 2.3 特征参数 |
| 2.3.1 氨基酸指数(AAIndex) |
| 2.3.2 蛋白质二级结构(PSS) |
| 2.3.3 密码子序列特征(Codon) |
| 2.3.4 化学位移(ACS) |
| 2.4 预测算法 |
| 2.4.1 支持向量机 |
| 2.4.2 算法评价 |
| 2.5 结果与讨论 |
| 2.5.1 单特征参数的预测 |
| 2.5.2 多特征融合的预测 |
| 2.6 小结 |
| 3 固有无序蛋白有序与无序区结合点的分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 数据集 |
| 3.3 统计方法 |
| 3.3.1 氨基酸含量 |
| 3.3.2 方差分析 |
| 3.4 结果与讨论 |
| 3.4.1 有序与无序区结合处20种氨基酸含量 |
| 3.4.2 有序与无序区结合处6类亲疏水性氨基酸含量 |
| 3.4.3 有序与无序区结合处20种氨基酸分布的差异分析 |
| 3.4.4 有序与无序区结合处6类亲疏水性氨基酸分布的差异分析 |
| 3.5 小结 |
| 4 总结与展望 |
| 4.1 工作总结 |
| 4.2 工作展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（9）C型产气荚膜梭菌性腹泻仔猪脾脏lncRNA、mRNA和miRNA测序及功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 仔猪腹泻的危害及主要原因 |
| 2 产气荚膜梭菌简介 |
| 2.1 产气荚膜梭菌的毒素种类及其分型 |
| 2.2 C型产气荚膜梭菌 |
| 2.3 C型产气荚膜梭菌的致病机理 |
| 3 脾脏在产气荚膜梭菌性疾病中的作用 |
| 4 LncRNA测序概述 |
| 4.1 LncRNA简介 |
| 4.2 LncRNA的来源 |
| 4.3 LncRNA的分类 |
| 4.4 LncRNA的作用方式 |
| 4.5 LncRNA参与的生物学过程 |
| 4.6 LncRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究进展 |
| 5 mRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究进展 |
| 6 miRNA测序概述 |
| 6.1 miRNA简介 |
| 6.2 miRNA的特征 |
| 6.3 miRNA的转录和加工 |
| 6.3.1 miRNA的转录 |
| 6.3.2 miRNA的加工 |
| 6.4 miRNA的作用方式 |
| 6.5 miRNA在宿主抵抗感染性疾病中的研究进展 |
| 7 本研究选题背景、研究内容及目的意义 |
| 7.1 选题背景 |
| 7.2 研究内容 |
| 7.3 目的意义 |
| 第二章 脾脏lncRNA和 mRNA测序及功能分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 实验仪器设备与试剂 |
| 1.2.1 主要仪器设备 |
| 1.2.2 主要试剂 |
| 1.2.3 主要溶液配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 C型产气荚膜梭菌培养 |
| 2.2 仔猪攻毒试验 |
| 2.3 样品采集 |
| 2.4 总RNA提取 |
| 2.5 总RNA质量与浓度检测 |
| 2.5.1 琼脂糖凝胶电泳检测 |
| 2.5.2 核酸蛋白检测仪检测 |
| 2.5.3 毛细管电泳检测 |
| 2.6 LncRNA文库构建及测序 |
| 2.6.1 LncRNA文库构建 |
| 2.6.2 LncRNA文库测序 |
| 2.7 LncRNA测序数据处理及生物信息学分析 |
| 2.7.1 LncRNA测序数据质量检测 |
| 2.7.2 基因组比对 |
| 2.7.3 转录本拼接 |
| 2.7.4 已知mRNA鉴定 |
| 2.7.5 LncRNA鉴定 |
| 2.7.6 新mRNA鉴定和可变剪切分析 |
| 2.7.7 LncRNA和 mRNA表达水平分析 |
| 2.7.8 LncRNA基因组特征分析 |
| 2.7.9 LncRNA靶基因预测 |
| 2.7.10 GO功能和KEGG信号通路富集分析 |
| 2.7.11 LncRNA二级结构预测 |
| 2.7.12 腹泻抗性相关lncRNA筛选 |
| 2.8 RT-qPCR实验 |
| 2.8.1 测序结果的RT-qPCR验证 |
| 2.8.2 腹泻抗性相关lncRNA靶基因信号通路关键基因表达量检测 |
| 2.8.3 LncRNA组织表达谱构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 LncRNA文库构建及测序数据处理结果 |
| 3.1.1 总RNA提取及质量检测结果 |
| 3.1.2 测序数据概述 |
| 3.1.3 测序错误率结果 |
| 3.1.4 基因组比对结果 |
| 3.1.5 样品间相关性分析结果 |
| 3.2 LncRNA筛选及其基因组特征分析结果 |
| 3.2.1 LncRNA筛选结果 |
| 3.2.2 LncRNA基因组特征分析结果 |
| 3.3 LncRNA和 mRNA差异表达分析结果 |
| 3.3.1 差异表达lncRNA和 mRNA数量统计结果 |
| 3.3.2 差异表达lncRNA和 mRNA聚类结果 |
| 3.3.3 差异表达lncRNA和 mRNA染色体分布结果 |
| 3.4 差异表达lncRNA和 mRNA功能分析结果 |
| 3.4.1 差异表达lncRNA功能分析结果 |
| 3.4.2 差异表达mRNA功能分析结果 |
| 3.5 腹泻抗性相关lncRNA筛选结果 |
| 3.5.1 潜在腹泻抗性相关lncRNA信息 |
| 3.5.2 潜在腹泻抗性相关lncRNA二级结构的预测结果 |
| 3.5.3 腹泻抗性相关lncRNA的逐步筛选结果 |
| 3.6 测序结果的RT-qPCR验证结果 |
| 3.7 腹泻抗性相关lncRNA靶基因信号通路关键基因表达量检测结果 |
| 3.8 LncRNA组织表达谱结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 测序质量评估 |
| 4.2 LncRNA筛选及其基因组特征 |
| 4.3 LncRNA组织表达谱 |
| 4.4 LncRNA二级结构 |
| 4.5 脾脏组织lncRNA和 mRNA功能富集 |
| 4.6 C型产气荚膜梭菌性腹泻抗性相关lncRNA |
| 5 小结 |
| 第三章 脾脏miRNA测序及功能分析 |
| 1 试验材料 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 C型产气荚膜梭菌培养 |
| 2.2 仔猪攻毒试验 |
| 2.3 样品采集 |
| 2.4 总RNA提取 |
| 2.5 总RNA质量与浓度检测 |
| 2.6 miRNA文库构建及测序 |
| 2.6.1 miRNA文库构建 |
| 2.6.2 miRNA文库测序 |
| 2.7 miRNA测序数据处理及生物信息学分析 |
| 2.7.1 测序数据的质量检测 |
| 2.7.2 参考序列比对获取已知miRNA和新miRNA |
| 2.7.3 small RNA分类注释 |
| 2.7.4 miRNA家族分析 |
| 2.7.5 miRNA表达水平及差异分析 |
| 2.7.6 miRNA靶基因预测 |
| 2.7.7 miRNA靶基因GO功能和KEGG信号通路富集分析 |
| 2.7.8 腹泻抗性相关miRNA筛选 |
| 2.8 miRNA的 RT-qPCR验证及靶基因表达量检测 |
| 2.8.1 miRNA的 RT-qPCR验证 |
| 2.8.2 miRNA靶基因表达量检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 测序数据质量控制及长度分析结果 |
| 3.1.1 测序数据质量控制结果 |
| 3.1.2 small RNA长度分析结果 |
| 3.2 small RNA基因组定位及分类注释结果 |
| 3.2.1 small RNA基因组定位结果 |
| 3.2.2 small RNA分类注释结果 |
| 3.3 已知miRNA和新miRNA首位碱基及各位碱基偏好性分布结果 |
| 3.4 miRNA家族分析结果 |
| 3.5 miRNA差异表达分析结果 |
| 3.5.1 miRNA表达水平分析结果 |
| 3.5.2 样品间相关性分析结果 |
| 3.5.3 差异表达miRNA统计结果 |
| 3.5.4 差异表达miRNA聚类结果 |
| 3.6 miRNA靶基因预测及富集分析结果 |
| 3.6.1 miRNA靶基因预测结果 |
| 3.6.2 miRNA靶基因GO功能富集分析结果 |
| 3.6.3 miRNA靶基因KEGG信号通路富集分析结果 |
| 3.7 腹泻抗性相关miRNA筛选结果 |
| 3.7.1 潜在腹泻抗性相关miRNA的信息结果 |
| 3.7.2 腹泻抗性相关miRNA的逐步筛选结果 |
| 3.8 miRNA的 RT-qPCR验证及其靶基因表达量检测结果 |
| 3.8.1 miRNA的 RT-qPCR验证结果 |
| 3.8.2 miRNA靶基因表达量检测结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 测序数据质控及small RNA长度 |
| 4.2 猪脾脏miRNA |
| 4.3 猪脾脏miRNA靶基因预测 |
| 4.4 脾脏组织miRNA功能富集 |
| 4.5 C型产气荚膜梭菌性腹泻抗性相关miRNA |
| 5 小结 |
| 第四章 全文结论 |
| 第五章 创新点及展望 |
| 1 创新点 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（10）毕赤酵母密码子偏好对蛋白表达、分泌和结构的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 密码子偏好 |
| 1.1.1 密码子偏好性对蛋白质翻译速度的影响 |
| 1.1.2 密码子偏好性对蛋白功能和结构的影响 |
| 1.1.3 密码子偏好对基因转录的影响 |
| 1.2 毕赤酵母 |
| 1.2.1 毕赤酵母表达系统 |
| 1.2.2 酵母密码子偏好 |
| 1.2.3 毕赤酵母表达系统的优化 |
| 1.3 信号肽 |
| 1.3.1 信号肽与蛋白分泌 |
| 1.3.2 分泌信号肽的密码子使用偏好 |
| 1.3.3 α信号肽 |
| 1.4 课题研究目的以及意义 |
| 第2章 毕赤酵母基因组密码子偏好规律分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验材料和方法 |
| 2.2.1 tAI的计算 |
| 2.2.2 cu_i计算 |
| 2.2.3 高、低表达基因中密码子RSCU的计算 |
| 2.2.4 CAI的计算 |
| 2.2.5 主要数据来源 |
| 2.3 实验结果与讨论 |
| 2.3.1 毕赤酵母tAI |
| 2.3.2 毕赤酵母密码子使用频率 |
| 2.3.3 高、低表达量基因的RSCU |
| 2.3.4 毕赤酵母CAI |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 酵母α信号肽的密码子选择对蛋白表达和分泌的影响 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料和方法 |
| 3.2.1 CAI计算、密码子优化和去优化 |
| 3.2.2 实验菌株、质粒、培养基和培养条件 |
| 3.2.3 基因、引物的设计与合成 |
| 3.2.4 PCR反应、酶切反应和DNA纯化回收 |
| 3.2.5 质粒构建 |
| 3.2.6 毕赤酵母菌株构建 |
| 3.2.7 毕赤酵母总蛋白的提取 |
| 3.2.8 DNS法测还原糖含量和淀粉酶酶活 |
| 3.2.9 蛋白免疫印迹 |
| 3.3 实验结果与讨论 |
| 3.3.1 α信号肽的密码子偏好和优化 |
| 3.3.2 毕赤酵母α信号肽-淀粉酶(aF-AmyA)表达菌株构建 |
| 3.3.3 淀粉酶胞内、外酶活和分泌效率 |
| 3.3.4 α信号肽的密码子偏好对所携带蛋白表达和分泌的影响 |
| 3.3.5 CDS 5’端密码子偏好分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第4章 非信号肽区域的密码子偏好对基因表达的影响 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 实验材料和方法 |
| 4.3 实验结果与讨论 |
| 4.3.1 EAF7,RRM和ATG13的密码子的偏好性 |
| 4.3.2 毕赤酵母表达菌株构建 |
| 4.3.3 密码子偏好对蛋白表达的影响 |
| 4.3.4 密码子偏好对mRNA水平的影响 |
| 4.4 本章小结 |
| 第5章 密码子偏好对蛋白结构稳定性的影响 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 EAF7、RRM和ATG13的蛋白混乱值 |
| 5.3.2 CAI和蛋白混乱值相关性 |
| 5.3.3 密码子偏好和蛋白结构稳定性 |
| 5.4 本章小结 |
| 第6章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
| 附录1 实验中所用的菌株 |
四、蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究（论文参考文献）
- [1]狮头鹅ESR1基因SNP位点的筛查及生物信息学分析[J]. 陈新企,周光现,王慧芳,刘瑞子,贾汝敏,赵志辉. 黑龙江畜牧兽医, 2022
- [2]中国荷斯坦奶牛GPR120基因SNP位点鉴定及其与产奶性能的关联分析[J]. 邹紫雯,罗林,刘娟,韩硕,李鑫丽,宛麟,王斯琦,赵志辉,沈冰蕾. 中国兽医学报, 2021
- [3]人lncRNA稳定性影响因素的全转录组水平研究[D]. 施凯文. 军事科学院, 2021(02)
- [4]谷氨酸脱羧酶的分子改造：提高热稳定性和表达水平[D]. 娄欣宇. 浙江大学, 2021(01)
- [5]务川黑牛TLR2基因的单核苷酸多态性（SNP）筛查及生物信息学分析[J]. 姜涛,秦雅晶,罗皎兰,米小梅,王进千,刘丽霞. 中国奶牛, 2021(03)
- [6]翻译延伸的顺式调控机理与生物学效应[J]. 肇涛澜,张硕,钱文峰. 遗传, 2020(07)
- [7]4个绵羊品种FSHR基因多态性与生物信息学分析[J]. 陈来运,袁超,孙晓萍,刘建斌,牛春娥,杨博辉. 江苏农业科学, 2019(22)
- [8]固有无序蛋白无序区分析与识别的研究[D]. 谢卫霞. 内蒙古农业大学, 2019(01)
- [9]C型产气荚膜梭菌性腹泻仔猪脾脏lncRNA、mRNA和miRNA测序及功能分析[D]. 闫尊强. 甘肃农业大学, 2019
- [10]毕赤酵母密码子偏好对蛋白表达、分泌和结构的影响[D]. 徐亦淳. 华东理工大学, 2021(08)