一、乙型肝炎病毒前S基因区缺失突变发生机制的探讨（论文文献综述）
刘贺[1]（2020）在《青藏高原藏族人群乙型肝炎病毒全基因组突变分析及时空动力学研究》文中指出目的:分析乙型肝炎病毒（HBV）CD重组体的遗传变异情况;探寻藏族人群HBV感染者血清中表面抗原（HBsAg）和抗表面抗原抗体（HBsAb）双阳性发生率及原因;分析HBV/CD重组体的时空动态传播过程和进化遗传学特征（包括基因序列起源、核苷酸替换率和居群动力学等）。方法:利用多阶段随机抽样的方法,在西藏自治区和青海省海南州进行社区藏族人群血清样本采集,西藏七个地市中共收集HBsAg阳性血清样本852例,青海省收集HBsAg 阳性血清样本411例。按照采样地区藏族人群人口分布情况,选取具有代表性的血清样本进行DNA提取,分别对HBV全长和BCP区采用巢式PCR方法进行扩增、测序和拼接,以获得HBV全序列。对获得的全序列进行重组分析,对不同重组型的基线情况、遗传变异、血清型进行比较;对重组体内不同基因型片段进行系统发育分析。以青藏高原藏族人群HBsAg和HBsAb双阳性血清样本做为观察组,并以1:4配比选择年龄、性别、病毒DNA水平和HBeAg状态同质的HBsAg 阳性/HBsAb阴性血清样本作为对照组,对两组间基因序列S区、PreS区氨基酸突变率、缺失和全基因组核苷酸突变位点分布情况进行比较。使用自NCBI中检索、收集的HBV C2亚基因型、D基因型和CD重组体全长序列,合并本研究中获得的185株全长序列,构建数据库。使用BEAST软件包对CD重组体中的D基因型片段和D1-5亚基因型;CD重组体中的C基因型片段和C2亚基因型分别进行系统发生生物地理学分析。同时,对CD1和CD2全长序列单独进行溯祖分析,并使用贝叶斯skyline重建方法推断种群数量的历史变化。结果:共获得185条HBV全长序列,其基因分型主要为CD重组基因型（181/185,97.84%）,包括:132株CD1型,其nt10-799为D基因型,其余部分为C基因型;49株CD2型,其nt10-1499为D基因型,其余部分为C基因型;除CD重组型,还获得了 4株C2亚基因型序列。185株测序样本中,HBeAg阳性组的病毒DNA水平高于HBeAg阴性组（P=0.001）;HBeAg阴性组年龄高于HBeAg阳性组（P=0.006）。CD1和CD2的C基因型区域均与C2亚基因型最为接近;CD重组体的D基因型段（nt10-799）与D4亚基因型最为接近,而CD2型nt800-1499序列在系统发育树中与D1-D3更为接近。CD2型重组体主要分布于与印度接壤的山南地区和日喀则市（P=0）。CD重组体在S区氨基酸aa76、aa120和aa129与D基因型存在差异。HBV/CD重组体的主要血清学型为ayw2型（175/181,96.7%）。与CD1型相比,CD2型存在较多的S207N突变。HBV/CD重组体的T1762/A1764双突变发生率低于C基因型,与D基因型接近。HBV/CD病毒株的 G1896A（11.1%vs 25.6%）和A2189C（11.1%vs 50.0%）突变频率低于 C2基因型,G1613A（8.9%vs 10.3%）突变水平与C2基因型相近。青藏高原1263份HBsAg阳性样本的双阳性率为2.14%（27/1263）。在S蛋白全长、N端,MHR（aa100-169）,“a”决定簇（aa124-147）,茎环结构第一环（aa124-137）,第二环（aa139-147）和C端的氨基酸突变率,双阳性组均显着高于对照组;双阳性组中PreS区缺失显着高于对照组（以上结果中,均为P<0.001）。PreSI和PreS2氨基酸突变率在两组间无显着性差异（P=0.19;P=0.89）。PreC/C区C2002T、A2159G、A2189C、C2198A在两组间的分布均存在显着差异。双阳性组和对照组的核苷酸点突变比较,PreS/S区C3189A和T825C、P区C930A在两组间分布存在显着性差异。其中,PreS区C129T（S155L）仅存在于对照组;PreS区C3189A（D103E）和S区T825C（V224A）突变仅存在于双阳性组。HBVD基因型和CD重组体中的D型区域（nt10-799）可溯祖至271年前（95%HPD 138-477）的亚洲南部,其平均进化速率约为1.26×104（95%HPD 5.92×10-5-1.93×10-4）/位点/年。D4亚基因型是CD1和CD2中最为接近的分支,于1850年左右（95%HPD 1743-1934）进入青藏高原;1911年左右（95%HPD 1845-1971）分化为CD1和CD2内相应片段。CD1型较CD2型出现更早,表明先形成D基因型区段为nt10-799的CD1,后续形成D基因型区段为10-1499的CD2。HBV/CD1和HBV/CD2重组体分别形成三个独立的进化群。HBV/CD1重组体自1980年代开始至2000年,其种群大小保持稳定;HBV/CD2重组体自1997年首次报道以来,其种群大小经过短暂上升之后,随即出现了明显的下降趋势。全球C2亚型片段的传播最先起源于亚洲东部,首先传播到中国西北和亚洲北部,随后东亚分离株又进一步播散到美洲。结论:HBV/CD重组体是高原地区流行的主要基因型。HBeAg阴性组患者体内重组体DNA水平更高,病毒复制速度较快,病情处于进展期。年龄增长是导致HBeAg在感染HBV/CD的藏族人群血清中发生转阴的主要原因。HBV/CD1重组来源为D4和C2亚基因型;HBV/CD2可能经过重组来源为D1-3、D4和C2亚基因型的多次重组。基于各基因型的地理分布,形成CD重组体的主要重组来源可能为中国（C2亚基因型）和印度（D4亚基因型）。与D基因型相比,HBV/CD重组体的主要血清型无明显变化。HBV/CD重组体感染者均在高海拔地区生活,造成这种现象的可能原因是高原居民具有相近的遗传背景特征或长期的高海拔生活导致其具有相同或相似的生活习惯。青藏高原HBV表面抗原阳性人群中HBsAg和HBsAb双阳性的发生率接近大多数不同基因型的既往研究结果。与对照组相比,双阳性组的氨基酸突变率在S区全长及其内的各个区段均显着增加。S区高突并不是血清双阳性病的充分必要条件,并不能完全解释HBsAg/HBsAb共存现象,PreS区的改变可能是导致HBsAg/HBsAb双阳性的因素之一。S区T825C（V224A）、PreS区C3189A（D103E）仅存在于双阳性组中,这些氨基酸变异导致蛋白结构发生变化,可能是双阳性发生的重要条件。HBVD基因型最可能的起源地是南亚地区。D基因型原型株在18世纪中叶逐步从印度传播到中亚进而传播到欧洲、地中海地区和非洲。在此过程中,19世纪中叶先后分化出D1、D3和D2亚基因型。同时19世纪中叶自印度向东北方向传播,逐步形成D4亚基因型并在1910年左右进入青藏高原及周边地区与C2型发生重组,这与英军两次入侵西藏时间相吻合。欧洲主要HBV D亚型的传播可追溯到二十世纪早期,包括第一次世界大战特别是第二次世界大战在内的一段时期。此过程可能与战争中产生的创伤、输血和疫苗注射,以及有组织的大规模人口迁移导致HBV的快速传播和演化有关。C2基因型向美洲等地的播散则与亚洲在二十世纪八九十年代的欧美移民潮有关,随着大量东亚地区亚裔人口向欧美等发达国家移民导致C2亚基因型的世界范围传播。
王童[2]（2020）在《乙肝低水平HBsAg无症状携带者Pre-S/S基因序列分析及相关性研究》文中提出目的:探讨低水平HBsAg感染的乙肝无症状携带者（ASCs）HBV Pre-S/S基因序列特征及氨基酸变异情况,进一步积累和完善低水平HBsAg感染的ASCs分子流行病学资料,为预防HBV传播以及低水平HBsAg有效清除提供理论依据。方法:1.采用化学发光免疫分析法（CMIA）筛选18岁以上成人健康体检23130例（男性10543例,女性12587例）中HBsAg阳性的ASCs病例,回顾性的收集病历资料,对符合入组标准的患者进行乙肝血清标志物（HBsAg、anti-HBs、HBeAg、anti-HBe、anti-HBc）及生化指标测定,采用实时荧光定量PCR测定乙肝DNA水平。以HBsAg 10IU/mL进行高、低水平HBsAg分组,分析低水平HBsAg组的分子流行病学特征。2.276例低水平HBsAg组和100例高水平HBsAg组（以年龄匹配原则随机抽取）,采用巢式PCR分段扩增HBV Pre-S/S区基因并进行Sanger法测序。测序完成后利用DNAstar软件Seqman程序进行序列拼接,使用Blast进行序列比对。3.利用MEAG6.0软件构建系统发育进化树并进行HBV基因分型,分析两组样本的血清学、病毒学、HBV基因型特征之间的相关性。4.通过所得高水平HBsAg组HBV Pre-S/S基因序列构建ASCs Pre-S/S基因参考序列,并与NCBI推荐基因型的参考序列进行同源性分析和验证。最后利用MEAG6.0软件进行序列比对,分析ASCs Pre-S/S区氨基酸的表达情况。结果:1.低水平HBsAg组血清学结果:年龄（55.09±16.45）岁、HBV DNA浓度（1.32±1.60）log10IU/mL、HBV DNA阳性率为45.65%（126/276）,以B基因型（104例,82.54%）,adw血清型（106例,84.13%）,M2（HBsAg/anti-HBe/anti-HBc,97.1%）血清学模式为主。年龄均值高于高水平HBsAg组（P<0.05）,HBV DNA水平及HBV DNA阳性率则低于高水平HBsAg组（P<0.05）,两组间性别构成比、ALT无统计学差异（P>0.05）,年龄、HBV血清学标志物构成比、HBV基因型构成比、HBV血清型构成比在两组之间有统计学差异（P<0.05）。2.低水平HBsAg组HBV Pre-S/S区基因成功测序126例,随机抽取的100例高水平HBsAg组成功测序94例。以高水平组测序结果为基础构建的中国东部地区ASCs的B、C基因型Pre-S/S参考序列与中国大多数地区报道的ASCs的B、C基因型Pre-S/S序列具有较高的同源性。3.低水平HBsAg组Pre-S基因区发现未报告的突变位点包括:30个单位点突变、16个双位点联合突变、5个三位点联合突变、5个Pre-S2缺失突变;以及7个有意义的单位点突变,17个热点突变,且Pre-S（Pre-S1、Pre-S2）基因氨基酸突变位点数目高于高水平HBsAg组（P<0.05）,Pre-S1基因发生特征性氨基酸突变（发生未报告突变及有意义突变）的百分率（B:55.77%,C:72.72%）高于Pre-S2基因（B:38.46%,C:45.45%）（P<0.05）。此外,Pre-S区一些热点突变T76A、P15L、Y21T、V32A;缺失突变Pre-S2Δ2-5、Pre-S2Δ12-14、Pre-S2Δ5-22、Pre-S2Δ9-22、Pre-S2Δ12-22分别位于与病毒复制相关的结构位点和T、B细胞识别表位上。4.低水平HBsAg组S基因区中发现5个单位点突变、40个二位点联合突变、13个三位点联合突变及1个四位点联合突变均为未报告的突变位点;另有19个有意义的单位点突变、6个有意义的二位点联合突变（P<0.05）、25个热点突变,这些特征性氨基酸单位点及多位点联合突变在低水平HBsAg组中所占比例较高（B基因型:82.7%,86/104;C基因型:63.6%,14/22）,且突变热点主要集中分布在MHR的两侧,分别为氨基酸位点40-49和198-220。结论:低水平HBsAg感染的ASCs HBV Pre-S/S基因存在多点未报告突变（含联合突变）、有意义突变以及缺失突变并且突变频率较高,这些特征性的突变可能与低水平HBsAg持续表达密切相关。
任创创[3]（2019）在《广西那坡县乙型肝炎病毒基因型研究》文中研究说明背景:乙肝病毒（HBV）感染是全球严重的公共卫生问题之一,全球60亿人口中约有20亿人感染过HBV,其中慢性HBV感染约有2.57亿人,约占全球人口的4%。由于HBV逆转录酶缺乏校正功能,在宿主免疫压力和抗病毒药物的作用下,病毒本身会不断发生变异、进化,形成新的基因型。目前HBV共可分为A-J10个基因型,每个基因型又可分为多个亚型,随着HBV研究的进一步深入,越来越多的基因型和亚型陆续被发现。同时经生物信息学的不断发展,不同基因型间的重组毒株相继被发现。广西是我国乙肝病毒流行率较高的地区,该地区HBV基因分型相对复杂,其中B型和C型较为常见,基因型I（重组型）在一些地区的流行率也较高。2011年,本课题组研究发现:在广西那坡县863名HBsAg携带者中,有6名利用HBV S区基因序列进行基因分型时无法分型或者两次分型结果不一致,提示该地区可能存在未知基因型的HBV或者重组型毒株。目的:对在广西那坡县发现的未能分型HBV毒株进行全基因组测序和生物信息学分析,确定其基因分型,分析毒株的基因序列特征。方法:查找2011年采集的血清标本及其基本信息,并与当地疾控中心联系,在征集乙肝病毒携带者同意后,于2018年再次采集其血清标本。利用酶联免疫吸附测定（ELISA法）对乙肝病毒血清标志物进行定性检测,采用PCR荧光探针法检测乙肝病毒载量,采用酚、氯仿法提取乙肝病毒核酸,使用巢式PCR扩增HBV全长基因,并将PCR扩增产物进行克隆和测序,使用Sequencher 5.1软件对测序结果进行拼接整理,在NCBI GenBank中检索涵盖A-I的9个基因型的HBV全基因组序列作为参考序列,利用Mega6.0、Bioedit 7.2.6、RDP4等软件对所获得的序列进行生物信息学分析。结果:（1）基本情况:通过查找2011年采集的血液标本以及2018年新采血液样本,收集了6例乙肝病毒携带者共11份血液样本,其中8份标本经PCR扩增、基因测序获得相应的全基因组序列,3份在经PCR扩增全基因组序列时失败,未能获得全基因组序列。（2）NP137病毒携带者:此携带者有2011及2018年采集的两份血清标本,分别为NP137Q和NP137,后者HBV-DNA载量为567.71IU/mL。两份标本的血清学检测结果相同:HBsAg阳性、HBsAb阴性、HBeAg阴性、HBeAb阳性和HBcAb阳性。通过对PCR产物克隆,每份标本分别挑取15个阳性克隆株,全部获得完整的全基因组序列。对获得的全基因组序列进行生物信息学分析发现:该携带者2011年感染的病毒基因型为B型（3株）、D型（8株）以及未知基因型（4株）;2018年感染的病毒基因型仅为D型（15株）。30个克隆株中有23株（2011年8株,2018年15株）单独聚集成簇,且不与D基因型的其他亚型成簇,Bootstrap值为100%。与D1-D10各亚型间的核苷酸差异>4%,提示这是新的基因亚型,因此,将该新基因亚型命名为D11亚型。与其他D基因亚型毒株相比,共发现37个氨基酸为新亚型毒株所特有,其中15个氨基酸在新亚型毒株中均含有。23株新亚型毒株血清型均为ayw2,15株在preC区1896位出现由G到A的突变,导致终止密码子的产生。在所有的毒株中均未有A1762T/G1764A双突变以及C1766T突变和T1768A突变。然而,23个毒株中有18个存在T1753C突变。2011年标本获得的15条克隆株中有3株毒株为B2亚型,4株毒株为B/D重组毒株,其重组亲本为B2亚型和D11亚型毒株。B2亚型以及其中3株重组毒株的血清型为adw2,NP137Q-20毒株的血清型为adw。（3）NP911病毒携带者:此携带者有2011及2018年采集的两份血清标本,分别为NP911Q和NP911,标本NP911Q血清学检测结果:HBsAg阳性、HBsAb阳性、HBeAg阴性、HBeAb阳性和HBcAb阳性。标本NP911血清学检测结果:HBsAg阳性、HBsAb阴性、HBeAg阴性、HBeAb阳性和HBcAb阳性,HBV-DNA载量为3.23?107IU/mL。通过对PCR产物克隆,样本NP911共得到10个克隆株,全部获得完整的HBV全基因序列。NP911Q因在巢式PCR扩增时失败,未能获得该样本的全长基因序列。对标本NP911获得的克隆株进行生物信息学分析发现:10株克隆毒株均存在缺失突变,基因型为I1,前C区存在G1896A突变,10株克隆株均为A1762T/G1764A BCP双突变毒株。（4）NP808、NP872和NP634病毒携带者:前两者有2011及2018年采集的两份血清标本,后者仅有2011年采的标本,它们分别为NP808、NP808Q、NP872、NP872Q和NP634Q病毒携带者,他们感染的乙肝病毒均为C1基因亚型,HBsAg阳性,血清型均为adrq+。未发现G1896A突变及A1762T/G1764A BCP双突变。（5）NP422病毒携带者:有2011及2018年采集的两份血清标本,分别为NP422Q和NP422,但在全基因组PCR扩增时失败,未获得全基因组序列。结论:（1）感染研究对象NP137的部分乙肝病毒株属于新的基因亚型,命名为D11亚型。（2）感染研究对象NP137的部分乙肝病毒株属于新的重组型毒株:B/D重组毒株。（3）当乙肝病毒携带者体内存在不同基因型HBV混合感染时,将PCR产物直接进行测序,用获得的序列进行基因分型,结果不可靠,需用克隆测序获得的序列进行分型。（4）当乙肝病毒携带者体内存在不同基因型HBV混合感染时,因病毒复制存在消长现象,在不同时间点检测病毒基因型,会出现分型结果不一致的现象。（5）当存在基因重组或使用S基因序列不能确定病毒基因型时,要通过全基因组序列进行分型。
李开文[4]（2017）在《HBV/HIV共感染者与HBV单纯感染者肝癌相关HBV1762T/1764A突变及前S基因缺失突变的病例对照研究》文中研究指明目的:对比分析HBV/HIV共感染者与HBV单纯感染者肝癌相关HBV1762T/1764A突变及前S基因缺失突变率。方法:1.采用病例对照研究方法,收集广西桂林市、河池市、广西医科大学第一附属医院、广西壮族自治区疾病预防控制中心、苍梧县疾病预防控制中心、三江县疾病预防控制中心未接受HBV及HIV抗病毒治疗的HBV/HIV共感染者和HBV单纯感染者血清标本。2.首先对两组血清进行HBV血清学标志物和病毒载量检测,用酚氯法提取HBV DNA。3.然后PCR扩增HBV S基因和基本核心基因启动子（BCP）基因,将扩增产物进行测序,利用Mega5.0和Bioedit7.0对测序结果进行分析。4.最后利用SPSS17.0对结果进行统计分析。结果:1.共收集病例和对照61对,其中包括42对男性和19对女性,平均年龄为44.9±2.1岁。2.共发现三个HBV基因型:基因型B、C和I,HBV/HIV共感染者和HBV单纯感染者的主要基因型都是B基因型,分别占63.4%（39/61）和50.8%（31/61）。3.病例组和对照组肝癌相关HBV基因总突变率为37.7%（46/122）,HBV/HIV共感染者肝癌相关HBV基因突变率（52.5%95%CI:40.0–65.0）高于HBV单纯感染者（23.0%95%CI:12.4–33.6）,差异有统计学意义（χ2=11.307,P<0.05）。4.HBV/HIV共感染者BCP双突变率（44.3%95%CI:31.9–56.8）高于HBV单纯感染者,差异有统计学意义（χ2=7.290,P<0.05）。同样,HBV/HIV共感染者前S基因缺失率（23%95%CI:12.4–33.6）高于HBV单纯感染者,差异有统计学意义（χ2=8.270,P<0.05）。5.此外病例组中HBV基因型C和I的BCP双突变及前S基因缺失的突变率高于同基因型的对照组,差异有统计学意义（χ2=5.074 P<0.05、χ2=5.074 P<0.05）。6.HBV基因型C和I的BCP双突变及前S基因缺失突变率高于B基因型组,两基因型组之间的差异并无统计学意义。7.HBV/HIV共感染与高病毒载量有关,但是高病毒载量与肝癌相关HBV突变无关。8.肝癌相关HBV突变率不随CD4+T淋巴细胞计数变化而变化。9.多重回归分析结果显示,HBV/HIV共感染与肝癌相关的HBV 1762T/1764A双突变（相对危险度:2.932（1.325-6.488））及前S基因缺失（相对危险度:5.759（1.562-21.235））突变均有关系。结论:HBV/HIV共感染可增加肝癌相关HBV基因突变率。
胡婷[5]（2017）在《核苷（酸）类药物经治HBV患者耐药突变与疾病进展的关系》文中研究说明目的:用直接测序法检测本地区使用核苷（酸）类似物（nucleoside/nucleotide analogues,NUCs）治疗的慢性乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）感染的患者体内HBV逆转录酶（reverse transcriptase,RT）区基因耐药突变位点,分析其与临床疾病进展的关系;并分析恩替卡韦（entecavir,ETV）耐药突变模式及临床特征。方法:第一部分:收集2014年1月1日至2016年12月31日宁波市第二医院门诊或住院的NUCs经治的慢性HBV感染相关肝脏疾病患者血清标本共414例,扩增HBV全长RT区,纯化PCR产物直接测序后检测14个耐药位点（rtV173、rtL180、rtA181、rtT184、rtS202、rtM204,rtV207、rtS213、rtV214、rtQ215、rtN236、rtP237、rtN/H238和rtM250）的变异情况,进一步分析其流行特点,及与不同临床疾病状态的关系。第二部分:从第一部分收集到的样本中筛选出ETV耐药变异位点（T184、S202和/或M250）耐药的样本,分析其耐药突变模式及与临床特点的关系。结果:414例样本中有143例样本检测到HBV基因组RT区耐药突变,其中B基因型35例（35/143,24.5%）,C基因型107例（107/143,74.8%）,D基因型1例（1/143,0.7%）。14个耐药突变位点中共检测到11个耐药突变位点（rtV173、rtL180、rtA181、rtT184、rtS202、rtM204,rtV207、rtS213、rtV214、rtN236和rtM250）。rtA181位点变异C基因型发生率高于B基因型（p=0.011）,rtS213位点变异B基因型高于C基因型（p=0.017、0.013）。rtV214位点变异发生率肝硬化组发生率高于慢性肝炎组（p=0.004）。在143例耐药的样本中,共筛选出ETV耐药样本17例,共检出8种耐药模式,以rtL180+rtM204V+rtS202G/I和rtL180+rtM204V+rtT184A/G/I/S模式为主,分别占41.18%和11.77%,T184A/G/I/S、S202G/I、M250V/I三个耐药位点在B、C基因型的分布无统计学差异（P=0.128、1.000、0.074）。C基因型患者T184A/G/I/S、S202G/I发生率高于M250V/I（p=0.005）。rtT184A/G/I/S位点突变的患者其ALT水平、肝硬化比例较其他模式高,有统计学意义（p=0.000、0.011）。结论:1、检测标本HBV基因型主要为B基因型和C基因型,以C基因型为主。2、NUCs相关耐药突变以rtM204常见,其次为rtL180;C基因型更易出现rtA181位点突变,B基因型更易出现rtS213位点突变;rtV214位点突变可能与疾病进展有关。3、ETV耐药突变模式以rtS202G/I为主,其次为rtT184A/G/I/S,且多在rtL180+rtM204V基础上发生。ETV耐药位点rtT184A/G/I/S的突变可能与患者炎症程度及疾病进展有关。
李海波,季兆东,郭陈[6]（2015）在《乙型肝炎病毒前S基因突变研究进展》文中提出乙型肝炎病毒感染已成为世界范围内的严重公共卫生事件,可以引起急性、慢性病毒性肝炎,且与肝硬化及细胞性肝癌的发生高度相关。HBV基因的变异与病毒感染所致临床症状密切相关。本文对HBV前S基因的突变,以及该突变与细胞性肝癌的发生、乙型肝炎疫苗免疫失败、抗乙型肝炎药物治疗等的研究进展做一综述。
龙云,杨莉,曹向红,李晓进[7]（2015）在《免疫接种后HBV感染者PreS2基因变异的情况》文中研究指明目的:本课题应用PCR和基因测序等技术,观察免疫接种后慢性乙型肝炎病毒（hepatitis Bvirus,H B V）感染者的PreS2基因变异情况,进而初步探讨乙型肝炎疫苗免疫失败与P r e S2基因变异之间的相互关系;为进一步探索新的HBV抗病毒基因治疗靶点提供理论基础.方法:收集昆明市延安医院和昆明市第三人民医院免疫接种后慢性HBV感染者的血液标本共47例,从血清标本中提取HBV DNA;用PCR法扩增Pre S2基因片段;扩增后的基因片段进行DNA序列分析.扩增出PCR产物的有35例,上海生工测序最终完成测序的有32例,其中男18例,女14例,年龄19-56岁,平均年龄32.75岁±10.22岁.32份样本的HBV Pre S2基因片段测序后,以Gen Bank数据库中登录号为NC003977.1的HBV DNA全基因序列为参照,用Chromas软件分析测序图及BLASTN对测序结果进行比对分析后,采用SPSS11.5统计软件进行统计分析.结果:32例标本中Pre S2基因全部出现点突变（100%）,其中2例出现缺失突变（6.3%）,提示可能存在Ile、Tyr、Phe、Gly、Arg等氨基酸的缺失,32例标本均未发现Pre S2起始密码子ATG的变异,点突变共发生517次,Pre S2基因碱基突变有11种类型:G-A、A-G、T-C、A-T、G-T、C-T、G-C、A-C、C-G、C-A、T-A.11种不同类型的点突变在突变例数率及突变次数率方面均不全相同,其中A-T的突变例数较多,G-A的突变次数较多,差异有统计学意义（P<0.05）.Pre S2基因不同部位点突变比较结果显示Pre S2基因前端、中段、末端点突变率不全相同,其中中段（nt45-99）,即Pre S2基因的56-110位点突变率较高,前端突变率较低,差异有统计学意义（P<0.05）.结论:Pre S2基因变异与免疫失败可能存在相关关系,这将为今后深入研究乙型肝炎疫苗免疫失败的发生机制并用于指导临床实践提供理论基础.同时,进一步确定Pre S2基因变异位点,并针对这些靶点设计相应的基因治疗方法,也可能成为今后乙型肝炎疫苗免疫研究的新方向.
李梵[8]（2014）在《乙型肝炎病毒前S基因突变对慢性乙肝患者肝纤维化进展影响的研究》文中研究说明目的研究HBV基因前S区突变与慢性HBV感染临床进展（肝纤维化、肝硬化）之间的关系，寻找可能有意义的突变位点，进行突变对HBV功能性改变的研究，帮助阐明HBV慢性感染肝纤维化进展的机制。方法⑴横向对比研究：选取慢性HBV感染者469例，其中352例为慢性乙型肝炎（CHB）患者，肝硬化失代偿期（dLC）117人。CHB患者均行肝穿病理检查，纤维化分级（F）0–1有119人，F2–4有233人。提取血清HBVDNA，PCR扩增前S区进行测序比对，寻找与有意义的突变。⑵构建前S2缺失突变株和相应的野生株HBV复制子。选择发生率较高的前S2缺失株（nt16–54）血清样本，构建成pTriEx-preS2缺失株和野生株质粒，转染HepG2细胞，72h后检测细胞中的病毒复制中间体水平评价病毒复制力，检测pgRNA水平评价病毒转录，以及检测上清中的HBsAg、前S2抗原、前S1抗原和HBeAg水平评价病毒蛋白表达。⑶选取6例肝穿患者，进行血清前S扩增、克隆，提取肝组织中HBVcccDNA后进行前S区扩增，并测序比对。结果⑴横向研究提示：①前S基因缺失突变结果：469例患者中，检出前S基因缺失突变者59例（12.6%），其中CHB组34例（9.7%）、dLC组25例（21.4%），差异有显着统计学意义（P=0.002）。CHB组患者中，F0–1组突变者5例（4.2%）、F2–4组29例（12.4%），具有显着统计学差异（P=0.013）。②前S2起始密码子突变结果：检出突变者55例（11.7%），其中CHB组30例（8.5%）、dLC组25例（21.4%），差异有显着统计学意义（P <0.001）。CHB组患者中，F0–1组突变5例（4.2%），F2-4组25例（10.7%），差异有显着统计学意义（P=0.043）。③前S基因点突变分析:共检出常见突变基因位点31个，T2931等突变率在dLC组患者中明显高于CHB患者、基因B型患者中高于C型患者。④多因素分析结果：年龄、基因型、前S基因缺失突变、前S2起始密码子突变，以及T2857、C2931、G2950、C3116、A3120、A109突变等指标是失代偿期肝硬化的独立预测因素；基因型是慢性肝炎重度肝纤维化（F2–4）的独立预测因素。⑵功能学实验表明：pTriEx-preS2缺失株复制子转染的HepG2细胞后上清分泌HBsAg、HBeAg和preS1蛋白的水平与野生株复制子转染的HepaG2细胞相比，差异无统计学意义；上清的HBV DNA载量和细胞内的病毒复制中间体水平略高于野生株，差异无统计学意义；上清分泌preS2蛋白的水平则显着低于野生株，差异有统计学意义。细胞内HBV RNA定量检测显示两者在3.5kbpgRNA、2.4kb mRNA、2.1kb mRNA水平比较差异无明显统计学意义。⑶对6例患者血清HBV前S基因扩增、克隆以及肝组织HBV cccDNA前S基因扩增后测序，显示外周血存在缺失的患者在肝组织中均可检测到。结论随着疾病的进展，HBV前S区缺失频率检出明显增加，前S区缺失可能与慢性HBV感染临床转归（即乙肝肝纤维化）密切相关，前S2缺失株复制子转染HepG2细胞上清前S2抗原水平较野生株复制子转染上清前S2抗原水平显着降低。前S基因缺失可以存在于肝细胞内的HBV cccDNA池中。
姚佩君[9]（2014）在《乙肝病毒前S基因变异与晚期乙肝肝病关联性的临床研究》文中提出[目的]研究昆明地区3家三级甲等医院就诊的乙肝病毒感染患者病毒前S基因变异与晚期乙肝肝病的临床关联性。[方法]收集21例慢性乙型肝炎（CHB）患者（包括发生慢加急性肝衰竭（ACLF）患者5例）、41例乙肝相关性肝硬化（LC）患者（包括发生ACLF患者5例）及9例乙肝相关性肝细胞癌（HCC）患者的血样标本及临床资料,提取所有血清病毒HBV DNA,使用乙型肝炎病毒基因分型检测试剂盒进行HBV基因型分型,PCR扩增HBV DNA前S基因,所得阳性PCR产物进行测序,采用Chromas软件分析测序图,DNAstar软件分析测序结果,使用SPSS软件进行统计分析,了解乙肝病毒前S区变异与晚期乙肝肝病的临床关联性。[结果]一、测序结果1、本实验71例中基因型C49例,基因型B21例,混合基因型B+C1例。基因型C和B在CHB、LC、HCC组分别为14vs7、28vs12、7vs2,三组中基因型C所占比率差异无统计学意义（P>0.05）。PreS区变异检出率为46.48%（33/71）,其中PreS2变异19例,PreS1+PreS2变异12例,PreS1变异2例。PreS变异率在CHB（不包括ACLF）、LC、HCC三组中分别为18.75%、48.78%、66.67%,CHB组PreS区变异率低于LC组（P<0.05）和HCC组（P<0.05）,而LC与HCC组间差异不明显（P>0.05）；并且,ACLF组PreS区变异率（80%）明显高于CHB组（18.75%）（P<0.005）。2、PreS区变异发生组与未发生组的HBV DNA≥104copies/ml比率分别为30（99.9%）,19（50.0%）,两组间HBV DNA≥104copies/ml比率差异显着（P<0.001）,但是,两组间性别、年龄差异及基因型C所占比率相比较差异均无统计学意义（P>0.05）。二、入组患者临床资料1、CHB（不包括ACLF,16例）、LC（41例）和HCC（9例）三组间性别、年龄差异、HBeAg阳性分布及HBV DNA≥104copies/ml比率相比较差异均无统计学意义（P>0.05）。2、在HBV相关性ACLF组（10例）与CHB组（不包括ACLF,16例）间,性别、年龄差异、HBeAg （?）日性分布及HBV DNA≥104copies/ml比率相比较差异均无统计学意义（P>0.05）。3、比较CHB、LC和HCC组的肝功能（ALT、ALB、TBIL）,三组间ALB差异有统计学意义（P<0.001）,CHB组较LC组、HCC组高（P<0.001）,但LC组与HCC组无明显差异（P>0.05）；CHB组TBIL较LC组（P<0.05）、HCC组低（P<0.05）,LC组较HCC组低（P<0.05）,TBIL随着病情加重而升高。ALT在三组中变异度均比较大,在三组间进行比较无意义。4、入组71例患者中,抗病毒治疗率为43.66%（3I/71）,在CHB组（不包括ACLF）、LC组、HCC组分别为62.5%、41.46%、22.22%,三组间差异无统计学意义（P>0.05）。与CHB组（不包括ACLF）相比,HBV相关性ACLF组抗病毒治疗率（40%）差异亦无统计学意义（P>0.05）。[结论]1、昆明地区3家三级甲等医院就诊HBV感染者基因型以B型和C型为主,其中基因型C是优势基因型。2、PreS区变异以PreS2变异最常见,PreS1变异最少。3、PreS区变异可引起高水平病毒复制；在晚期乙肝肝病中,随着病情的进展,PreS区变异检出率逐渐增高；且PreS区变异者可能更易发生ACLF。
李梵,陈国凤,徐东平[10]（2014）在《乙型肝炎病毒基因突变与临床疾病进展的关系》文中认为乙型肝炎病毒感染人体可以引起急性和慢性乙型肝炎病毒感染。慢性乙型肝炎病毒感染后疾病的转归包括慢性肝炎、肝硬化、肝细胞癌以及肝衰竭。宿主、病毒因素及它们相互作用影响着疾病的进程。HBV基因突变导致病毒生物学特性改变是影响乙型肝炎病毒感染转归的重要因素之一。
二、乙型肝炎病毒前S基因区缺失突变发生机制的探讨（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、乙型肝炎病毒前S基因区缺失突变发生机制的探讨（论文提纲范文）
（1）青藏高原藏族人群乙型肝炎病毒全基因组突变分析及时空动力学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略语表 |
| 前言 |
| 第一部分 青藏高原藏族人群HBV基因序列分析 |
| 一、材料与方法 |
| 1.样本来源 |
| 2.引物及扩增条件 |
| 3.主要试剂、耗材及生产厂家 |
| 4.主要仪器设备及生产厂家 |
| 5.HBV生物信息学分析主要软件 |
| 6.实验方法 |
| 7.HBV荧光定量PCR检测 |
| 8.生物信息学分析方法 |
| 9.统计分析 |
| 10.质量控制 |
| 二、结果 |
| 1.青藏高原藏族人群血清HBV全序列扩增结果 |
| 2.HBV DNA全长序列分型分析 |
| 3.青藏地区HBV/CD重组体不同区段系统发育分析结果 |
| 4.青藏高原藏族人群全长序列基本信息及地理分布 |
| 5.HBV/CD重组体全序列基因变异分析结果 |
| 6.HBV血清型分析结果 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第二部分 HBV/CD重组型表面抗原抗体双阳性研究 |
| 一、材料与方法 |
| 1.样本来源 |
| 2.DNA序列拼接与分析 |
| 3.HBV荧光定量PCR检测 |
| 4.统计分析 |
| 二、结果 |
| 1.HBsAg和HBsAb双阳性的发生率 |
| 2.双阳性组和对照组的基本信息 |
| 3.PreS/S区氨基酸突变率分析结果 |
| 4.全序列核苷酸和氨基酸突变位点分析结果 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 第三部分 HBV/CD重组体时空动力学分析 |
| 一、材料与方法 |
| 1.HBV全长基因序列数据库构建 |
| 2.数据库内序列的基因型和重组分析 |
| 3.用于时空动态分析的主要工具和软件 |
| 4.时空动态分析方法 |
| 5.统计分析 |
| 二、结果 |
| 1.HBV全长基因序列数据库构建情况 |
| 2.HBV D基因片段tMRCA分析结果 |
| 3.HBVC基因片段tMRCA分析结果 |
| 4.HBV/CD1重组体tMRCA及种群动态分析结果 |
| 5.HBV/CD2重组体tMRCA及种群动态分析结果 |
| 6.HBVC基因型和D基因型时空动态分析结果 |
| 三、讨论 |
| 四、小结 |
| 全文小结与展望 |
| 参考文献 |
| 综述 乙肝病毒感染者血清表面抗原表面HBsAg/HBsAb双阳性研究进展 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表文章 |
| 致谢 |
（2）乙肝低水平HBsAg无症状携带者Pre-S/S基因序列分析及相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 一、实验材料 |
| 二、实验方法 |
| 三、实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录A 主要英文缩写词对照表 |
| 附录B 个人简历 |
| 附录C 综述 |
| 参考文献 |
（3）广西那坡县乙型肝炎病毒基因型研究（论文提纲范文）
| 个人简历 |
| 主要英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.HBV五项血清学标志物检测 |
| 3.HBV-DNA载量检测 |
| 4.丙氨酸氨基转移酶(ALT)的测定 |
| 5.HBV DNA的提取 |
| 6.巢式PCR扩增HBV DNA及产物凝胶电泳检测 |
| 7.HBV基因克隆及测序 |
| 8.生物信息学分析 |
| 三、结果 |
| 1.一般结果 |
| 2.HBV全基因组序列分析 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 六、综述 乙型肝炎病毒基因型研究进展 |
| 参考文献 |
| 七、致谢 |
| 八、资助项目 |
| 九、攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（4）HBV/HIV共感染者与HBV单纯感染者肝癌相关HBV1762T/1764A突变及前S基因缺失突变的病例对照研究（论文提纲范文）
| 个人简历 |
| 主要缩略词 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 资料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 HBV/HIV共感染与肝癌相关HBV突变研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文目录 |
（5）核苷（酸）类药物经治HBV患者耐药突变与疾病进展的关系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 第一部分：HBV基因型、耐药突变位点与疾病进展的关系 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 研究对象来源 |
| 1.2 实验所用的主要仪器及试剂 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.3.1 HBV-DNA测定 |
| 1.3.2 血清HBV RT区测序 |
| 1.3.3 HBV基因型测定 |
| 1.3.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 耐药突变模式分布情况 |
| 2.2 HBV基因型分布情况 |
| 2.3 HBV基因型与各耐药位点突变发生率的关系 |
| 2.4 HBV基因型与疾病进展的关系 |
| 2.5 耐药位点变异发生与疾病进展的关系 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 第二部分：恩替卡韦耐药位点突变分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 实验所用的主要仪器及试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.3.1 HBV血清标志物和HBV-DNA测定 |
| 1.3.2 血清HBV RT区测序 |
| 1.3.3 HBV基因型测定 |
| 1.3.4 ALT及HBeAg检测 |
| 1.3.5 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 HBV基因型与ETV耐药发生率的关系 |
| 2.2 ETV耐药的突变模式及相关耐药位点突变发生率 |
| 2.3 ETV3个耐药位点在不同基因型中发生率的比较 |
| 2.4 ETV耐药模式与临床特点的关系 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A HBV基因组4个开放读码框常见变异位点及临床意义 |
| 在学研究成果 |
| 致谢 |
（6）乙型肝炎病毒前S基因突变研究进展（论文提纲范文）
| 一、HBV pre S基因结构及突变特点 |
| 二、HBV pre S基因突变与肝癌 |
| 三、HBV pre S基因与免疫失败 |
| 四、HBV pre S基因与抗病毒治疗 |
| 1. 核苷类似物治疗至S基因突变: |
| 2. 免疫球蛋白治疗至S基因突变: |
| 五、展望 |
（7）免疫接种后HBV感染者PreS2基因变异的情况（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| ■背景资料 |
| ■同行评议者 |
| ■研发前沿 |
| ■相关报道 |
| ■创新盘点 |
| ■应用要点 |
| ■名词解释 |
| ■同行评价 |
（8）乙型肝炎病毒前S基因突变对慢性乙肝患者肝纤维化进展影响的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 乙型肝炎病毒基因前 S 区突变对慢性乙肝患者肝纤维化进展的影响的横向研究 |
| 1.材料与方法 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 4.小结 |
| 第二部分 构建前 S2 缺失突变株重组体及其突变株相应功能学改变的研究 |
| 1.材料与方法 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 第三部分 血清样本前 S 突变与对应肝组织样本 cccDNA 前 S 突变的比较 |
| 1.材料与方法 |
| 2.结果 |
| 3.讨论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表文章与国际会议论文交流情况 |
| 致谢 |
（9）乙肝病毒前S基因变异与晚期乙肝肝病关联性的临床研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 一、前言 |
| 二、材料与方法 |
| 1. 研究对象 |
| 2. 材料 |
| 3. 方法 |
| 三、结果 |
| 1. DNA电泳检测 |
| 2. PCR产物电泳检测 |
| 3. 基因型测定 |
| 4. PreS区测序结果 |
| 5. 实验结果 |
| 5.1 入组患者临床资料分析 |
| 5.2 测序结果分析 |
| 四、讨论 |
| 五、结论 |
| 六、不足之处 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附表一 |
| 附表二 |
| 附表三 |
| 在校期间发表论文 |
| 致谢 |
（10）乙型肝炎病毒基因突变与临床疾病进展的关系（论文提纲范文）
| 1 C基因区突变 |
| 2 S基因区突变 |
| 3 P基因区突变 |
| 4 X基因区突变 |
| 5 多基因联合突变 |
四、乙型肝炎病毒前S基因区缺失突变发生机制的探讨（论文参考文献）
- [1]青藏高原藏族人群乙型肝炎病毒全基因组突变分析及时空动力学研究[D]. 刘贺. 中国疾病预防控制中心, 2020(02)
- [2]乙肝低水平HBsAg无症状携带者Pre-S/S基因序列分析及相关性研究[D]. 王童. 蚌埠医学院, 2020(01)
- [3]广西那坡县乙型肝炎病毒基因型研究[D]. 任创创. 广西医科大学, 2019(08)
- [4]HBV/HIV共感染者与HBV单纯感染者肝癌相关HBV1762T/1764A突变及前S基因缺失突变的病例对照研究[D]. 李开文. 广西医科大学, 2017(08)
- [5]核苷（酸）类药物经治HBV患者耐药突变与疾病进展的关系[D]. 胡婷. 宁波大学, 2017(02)
- [6]乙型肝炎病毒前S基因突变研究进展[J]. 李海波,季兆东,郭陈. 中华临床医师杂志(电子版), 2015(11)
- [7]免疫接种后HBV感染者PreS2基因变异的情况[J]. 龙云,杨莉,曹向红,李晓进. 世界华人消化杂志, 2015(04)
- [8]乙型肝炎病毒前S基因突变对慢性乙肝患者肝纤维化进展影响的研究[D]. 李梵. 中国人民解放军医学院, 2014(03)
- [9]乙肝病毒前S基因变异与晚期乙肝肝病关联性的临床研究[D]. 姚佩君. 昆明医科大学, 2014(01)
- [10]乙型肝炎病毒基因突变与临床疾病进展的关系[J]. 李梵,陈国凤,徐东平. 实用肝脏病杂志, 2014(02)